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目的 探讨前列腺癌中核纤层蛋白A/C(lamin A/C,LMNA)基因第七外显子点突变与LMNA表达差异的相关性.方法 采用高通测序分析了永生化正常前列腺上皮细胞(RWPE-1)、低侵袭力前列腺癌上皮细胞(PC-3M-2B4)及高侵袭力前列腺癌上皮细胞(PC-3M-1E8)LMNA基因的12个外显子,识别出在RWPE-1与PC-3M-1E8细胞系中C.1159C> CA(p.L387LI)点突变,定位在1号染色体156106006.为了验证点突变在前列腺癌患者中的分布情况,PubMed GEO数据库下载了3组数据,分别是100例前列腺癌患者石蜡包埋标本的总RNA测序数据、20例前列腺癌和10例配对正常组织的转录组数据及21种前列腺正常及癌细胞株的测序数据.在1号染色体上选取156105950到156106055范围,设置比对序列CTACGCCTG或者NTACGCCTGTCCCCCAGCCC,每次分析比对长度为50 nt.同时,利用GEO数据库分析了突变点周围序列的特点与功能.最后,转染突变质粒,蛋白质电泳分析LMNA点突变对LMNA蛋白质表达的影响.结果 在所有分析的样品中,1号染色体LMNA外显子7从156106006到156106011的区域内,存在2种错义突变形式:C/CA(p.L387LI)、C/CG (p.L387LV)和4种同义突变形式:C/CT (p.L387L)、C/CA(p.R388R)、C/CT(p.R388R)、C/CG(p.R388R).前列腺癌按格里森(Gleason score,GS)评分系统分组,错义突变的总发

作者:左灵坤;阳荣辉;马慧;周萍;孔璐

来源:首都医科大学学报 2017 年 38卷 6期

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左灵坤;阳荣辉;马慧;周萍;孔璐
来源:
首都医科大学学报 2017 年 38卷 6期
标签:
前列腺癌 核纤层蛋白A/C 突变 生物信息分析 prostate cancer lamin A/C (LMNA) mutation bioinformatics analysis
目的 探讨前列腺癌中核纤层蛋白A/C(lamin A/C,LMNA)基因第七外显子点突变与LMNA表达差异的相关性.方法 采用高通测序分析了永生化正常前列腺上皮细胞(RWPE-1)、低侵袭力前列腺癌上皮细胞(PC-3M-2B4)及高侵袭力前列腺癌上皮细胞(PC-3M-1E8)LMNA基因的12个外显子,识别出在RWPE-1与PC-3M-1E8细胞系中C.1159C> CA(p.L387LI)点突变,定位在1号染色体156106006.为了验证点突变在前列腺癌患者中的分布情况,PubMed GEO数据库下载了3组数据,分别是100例前列腺癌患者石蜡包埋标本的总RNA测序数据、20例前列腺癌和10例配对正常组织的转录组数据及21种前列腺正常及癌细胞株的测序数据.在1号染色体上选取156105950到156106055范围,设置比对序列CTACGCCTG或者NTACGCCTGTCCCCCAGCCC,每次分析比对长度为50 nt.同时,利用GEO数据库分析了突变点周围序列的特点与功能.最后,转染突变质粒,蛋白质电泳分析LMNA点突变对LMNA蛋白质表达的影响.结果 在所有分析的样品中,1号染色体LMNA外显子7从156106006到156106011的区域内,存在2种错义突变形式:C/CA(p.L387LI)、C/CG (p.L387LV)和4种同义突变形式:C/CT (p.L387L)、C/CA(p.R388R)、C/CT(p.R388R)、C/CG(p.R388R).前列腺癌按格里森(Gleason score,GS)评分系统分组,错义突变的总发

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