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目的 基于生物信息学分析原发性中枢神经系统淋巴瘤(primary central nervous system lymphoma,PCNSL)中海马钙素类 1(hippocalcin like 1,HPCAL1)的表达水平及临床意义,进而推断HPCAL1 在PCNSL中的作用.方法 通过基因表达数据库(Gene Expression Omnibus database,GEO)GSE25297 数据集下载7 例PCNSL组织和7 例正常脑组织的表达数据和临床信息,绘制HPCAL1 表达水平诊断价值的受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC);从GSE34771 数据集中下载 34例PCNSL患者的表达数据及临床信息,并以HPCAL1 表达量的中位值分为高低表达两组,绘制高低表达组的生存曲线、HPCAL1表达量及临床信息的多因素预后分析、高低表达两组差异表达基因的火山图以及热图、差异表达基因的基因本体(Gene Ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析以及前20 个上下调差异基因的蛋白互作网络(protein-protein interaction networks,PPI)分析.结果 HPCAL1 的表达量是独立预后因素且可以作为是否患病的依据;与HPCAL1 低表达组相比,高表达组的总生存期更长;通过GO分析可知,差异基因主要集中于维持细胞稳态、促进细胞分化、抑制细胞无限增殖和迁移、抑

作者:于建宇;郑义;李文斌

来源:首都医科大学学报 2023 年 44卷 5期

知识库介绍

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于建宇;郑义;李文斌
来源:
首都医科大学学报 2023 年 44卷 5期
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海马钙素类1 原发性中枢神经系统淋巴瘤 生物标志物 hippocalcin like 1 primary central nervous system lymphoma biomarker
目的 基于生物信息学分析原发性中枢神经系统淋巴瘤(primary central nervous system lymphoma,PCNSL)中海马钙素类 1(hippocalcin like 1,HPCAL1)的表达水平及临床意义,进而推断HPCAL1 在PCNSL中的作用.方法 通过基因表达数据库(Gene Expression Omnibus database,GEO)GSE25297 数据集下载7 例PCNSL组织和7 例正常脑组织的表达数据和临床信息,绘制HPCAL1 表达水平诊断价值的受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC);从GSE34771 数据集中下载 34例PCNSL患者的表达数据及临床信息,并以HPCAL1 表达量的中位值分为高低表达两组,绘制高低表达组的生存曲线、HPCAL1表达量及临床信息的多因素预后分析、高低表达两组差异表达基因的火山图以及热图、差异表达基因的基因本体(Gene Ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析以及前20 个上下调差异基因的蛋白互作网络(protein-protein interaction networks,PPI)分析.结果 HPCAL1 的表达量是独立预后因素且可以作为是否患病的依据;与HPCAL1 低表达组相比,高表达组的总生存期更长;通过GO分析可知,差异基因主要集中于维持细胞稳态、促进细胞分化、抑制细胞无限增殖和迁移、抑

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