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该文测序了湾鳄的线粒体基因组全序列,全长为16,917 bp.湾鳄mtDNA结构与其他脊椎动物相似,由22个tRNA,2个rRNA和13个蛋白质编码基因及1个非编码的控制区(D-loop)所组成.除NADH6和tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAGlu、tRNAPro在L-链上编码之外,其余基因均在H-链编码.基因排列顺序与己测序的鳄类一致,这显示了鳄类线粒体基因排列顺序上的保守性.但鳄类线粒体基因排列顺序与脊椎动物的典型排列方式相比,有较大的差异,尤其是tRNAPhe基因的重排、tRNASer-tRNAHis-tRNALeu基因族的排列方式等.湾鳄mtDNA和已测序的鳄类一样,缺失轻链复制起始点(OLR).基于17种鳄mtDNA控制区保守区,采用PAUP4.0最大简约法(Maximum parsimony,MP)构建MP树,邻接法(Neighbor-joining method,NJ)构建NJ树,结果显示:食鱼鳄(Gavialis gangeticus)和假食鱼鳄(Tomistoma schlegelii)聚为一支后再与鳄科(Crocodylidae)的其他物种形成姐妹群,这与基于食鱼鳄和假食鱼鳄的线粒体全序列的分析结果一致,支持将食鱼鳄并入鳄科的观点.结果还支持非洲窄吻鳄(Crocodylus cataphractus)与鳄属(Crocodylus)构成姐妹群,可以单独划分为属的观点.

作者:李艳;吴孝兵;季学峰;晏鹏;George Amato

来源:遗传学报 2007 年 34卷 2期

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作者:
李艳;吴孝兵;季学峰;晏鹏;George Amato
来源:
遗传学报 2007 年 34卷 2期
标签:
湾鳄 线粒体基因组 系统发生 Crocodylus porosus mitochondrial genome phylogeny
该文测序了湾鳄的线粒体基因组全序列,全长为16,917 bp.湾鳄mtDNA结构与其他脊椎动物相似,由22个tRNA,2个rRNA和13个蛋白质编码基因及1个非编码的控制区(D-loop)所组成.除NADH6和tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAGlu、tRNAPro在L-链上编码之外,其余基因均在H-链编码.基因排列顺序与己测序的鳄类一致,这显示了鳄类线粒体基因排列顺序上的保守性.但鳄类线粒体基因排列顺序与脊椎动物的典型排列方式相比,有较大的差异,尤其是tRNAPhe基因的重排、tRNASer-tRNAHis-tRNALeu基因族的排列方式等.湾鳄mtDNA和已测序的鳄类一样,缺失轻链复制起始点(OLR).基于17种鳄mtDNA控制区保守区,采用PAUP4.0最大简约法(Maximum parsimony,MP)构建MP树,邻接法(Neighbor-joining method,NJ)构建NJ树,结果显示:食鱼鳄(Gavialis gangeticus)和假食鱼鳄(Tomistoma schlegelii)聚为一支后再与鳄科(Crocodylidae)的其他物种形成姐妹群,这与基于食鱼鳄和假食鱼鳄的线粒体全序列的分析结果一致,支持将食鱼鳄并入鳄科的观点.结果还支持非洲窄吻鳄(Crocodylus cataphractus)与鳄属(Crocodylus)构成姐妹群,可以单独划分为属的观点.

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