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目的 应用生物信息学方法筛选和分析非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)差异表达关键基因,为NAFLD的预防和治疗提供新的思路.方法 从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载2个NAFLD相关的表达矩阵,分别是GSE48452和GSE63067,利用GE02R在线分析工具分别筛出健康样本和NAFLD样本差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)(P<0.05,|log2FC |>0.5).采用 R4.1.0 软件分别筛选出差异表达上下调基因,做出火山图和热图,对共同的差异表达上下调基因做出Venn图.为了了解DEGs的生物学功能和通路,使用DAVID在线工具分别进行基因本体功能(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析,以P<0.05为判定标准.使用String 11.5网站对DEGs进行蛋白质相互作用分析,使用Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白质相互作用网络图,筛选功能模块和关键基因.结果 经筛选共获得25个DEGs,其中上调基因7个,下调基因18个.基因本体分析提示,DEGs在中性粒细胞激活、对细胞外刺激的反应、核受体辅助因子的活性、ATP酶活性、细胞-基质交界处、细胞-细胞交界处、细胞周期、内吞作用等方面富集.利用Cytoscape筛选出的关键基因分别

作者:王士宁;程书平;杨丽洁;俞媛洁;吴鹏波;李明;谭诗云

来源:医学研究杂志 2023 年 52卷 8期

知识库介绍

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作者:
王士宁;程书平;杨丽洁;俞媛洁;吴鹏波;李明;谭诗云
来源:
医学研究杂志 2023 年 52卷 8期
标签:
非酒精性脂肪性肝病 非酒精性脂肪性肝炎 生物信息学分析 GEO数据库 Non-alcoholic fatty liver disease Non-alcoholic steatohepatitis Bioinformatics analysis GEO database
目的 应用生物信息学方法筛选和分析非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)差异表达关键基因,为NAFLD的预防和治疗提供新的思路.方法 从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载2个NAFLD相关的表达矩阵,分别是GSE48452和GSE63067,利用GE02R在线分析工具分别筛出健康样本和NAFLD样本差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)(P<0.05,|log2FC |>0.5).采用 R4.1.0 软件分别筛选出差异表达上下调基因,做出火山图和热图,对共同的差异表达上下调基因做出Venn图.为了了解DEGs的生物学功能和通路,使用DAVID在线工具分别进行基因本体功能(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析,以P<0.05为判定标准.使用String 11.5网站对DEGs进行蛋白质相互作用分析,使用Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白质相互作用网络图,筛选功能模块和关键基因.结果 经筛选共获得25个DEGs,其中上调基因7个,下调基因18个.基因本体分析提示,DEGs在中性粒细胞激活、对细胞外刺激的反应、核受体辅助因子的活性、ATP酶活性、细胞-基质交界处、细胞-细胞交界处、细胞周期、内吞作用等方面富集.利用Cytoscape筛选出的关键基因分别

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