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目的 筛选并鉴定多房棘球蚴感染的小鼠脾淋巴细胞中差异表达的微小RNA(miRNA),分析其可能涉及的生物学过程及信号通路,为进一步研究miRNA在寄生虫感染中的作用提供实验依据.方法 将12只小鼠随机分为两组,每组6只,感染组小鼠每只腹腔注射600个多房棘球蚴原头节,对照组注射等量PBS.感染后90d,将小鼠安乐死后取脾组织,采用密度梯度离心法分离各组小鼠脾淋巴细胞,使用TRIzol法提取两组小鼠脾淋巴细胞的总RNA.利用高通量测序技术鉴定并筛选差异表达的miRNA;随机选取5个差异表达的miRNA进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证;利用miRanda和RNAhybrid两个数据库对差异表达的miRNA进行靶基因预测,并进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;利用Cytoscape软件构建miRNA-mRNA相互作用网络图.结果 通过高通量测序对照组和感染组分别获得12 104 631和10 856 249个纯净序列,其序列主要集中在20~24 nt.共筛选出69个差异表达2倍以上的miRNA,其中40个为上调表达的miRNA,29个为下调表达miRNA.随机选取的5个差异表达miRNA经qRT-PCR验证结果显示,miR-150-5p、miR-181a-5p、miR-467a-5p、miR-467b-5p表达下调,miR-223-3p表达上调,与高通量测序结果相一致.GO功能和KEGG通路分析结果显示,69个差异表达miRNA的靶

作者:仲顺虎;孙玥;郭小腊;郑亚东;陈轶霞

来源:中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2022 年 40卷 3期

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作者:
仲顺虎;孙玥;郭小腊;郑亚东;陈轶霞
来源:
中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2022 年 40卷 3期
标签:
多房棘球绦虫 微小RNA 脾淋巴细胞 高通量测序 生物信息学
目的 筛选并鉴定多房棘球蚴感染的小鼠脾淋巴细胞中差异表达的微小RNA(miRNA),分析其可能涉及的生物学过程及信号通路,为进一步研究miRNA在寄生虫感染中的作用提供实验依据.方法 将12只小鼠随机分为两组,每组6只,感染组小鼠每只腹腔注射600个多房棘球蚴原头节,对照组注射等量PBS.感染后90d,将小鼠安乐死后取脾组织,采用密度梯度离心法分离各组小鼠脾淋巴细胞,使用TRIzol法提取两组小鼠脾淋巴细胞的总RNA.利用高通量测序技术鉴定并筛选差异表达的miRNA;随机选取5个差异表达的miRNA进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证;利用miRanda和RNAhybrid两个数据库对差异表达的miRNA进行靶基因预测,并进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;利用Cytoscape软件构建miRNA-mRNA相互作用网络图.结果 通过高通量测序对照组和感染组分别获得12 104 631和10 856 249个纯净序列,其序列主要集中在20~24 nt.共筛选出69个差异表达2倍以上的miRNA,其中40个为上调表达的miRNA,29个为下调表达miRNA.随机选取的5个差异表达miRNA经qRT-PCR验证结果显示,miR-150-5p、miR-181a-5p、miR-467a-5p、miR-467b-5p表达下调,miR-223-3p表达上调,与高通量测序结果相一致.GO功能和KEGG通路分析结果显示,69个差异表达miRNA的靶

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