利用反相高效液相色谱(RP-HPLC)和电喷雾串联质谱(ESI-MS/MS)联用技术直接对模式蛋白分子(牛血清白蛋白,BSA)的胰蛋白酶酶解产物进行分离和测定.获得的一系列BSA酶解片段的一级(MS)和二级(MS/MS)质谱数据经分析软件处理后,分别在不同处理和不同参数条件下,用3种不同的方法通过网上蛋白质数据库进行蛋白质搜寻鉴定.结果显示,3种搜寻法都能正确地鉴定该蛋白质,其中以利用MS数据的肽质量指纹谱搜寻法(PMF法)较为快捷方便,但鉴定结果易受数据处理和数据库搜寻鉴定时参数设置等因素的影响;利用未解析MS/MS数据(raw MS/MS data)的搜寻法可在较宽的搜寻参数变化范围内获得明确的鉴定结果;而借助从头测序(de novo sequencing)结果的序列搜寻法(sequence query)则显示出更高的专一性,利用较少酶解片段数据就能得到稳定和明确的鉴定结果,搜寻参数变化的影响很小.就酶解条件、数据处理和搜寻参数设置对蛋白质鉴定结果的影响展开详细的讨论,为蛋白质组学研究中的数据处理和库搜寻鉴定积累了可借鉴的资料.
作者：王贤纯；范春明；唐新科；陈平；梁宋平
来源：中国生物化学与分子生物学报 2004 年 20卷 3期
