目的:利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)及实验验证寻找RA相关的关键基因。方法:从GEO数据库下载了RA患者基因芯片数据,构建基因网络,利用WGCNA将基因划分为不同的模块,将与RA临床症状相关的模块中的关键基因进行了基因本体论分析。随后使用GEO不同的数据集用受试者工作特征曲线(ROC)评价关键基因对RA诊断的准确性。此外,还通过实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)及蛋白质印迹法验证关键基因在RA中的表达,分析其与DAS28的关系。采用配对样本
t检验和Pearson相关性分析对结果进行分析。
结果:共筛选出5 413个基因构建了加权基因共表达网络,将基因分为23个模块。其中,黑色模块与RA临床症状密切,包含346个基因。富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析显示其要富集于对IL-6的正调控、IL-1β分泌、破骨细胞分化、NOD样受体信号通路、辅助性T细胞(Th)17细胞分化等多个与RA密切相关的通路。其中运动性精子结构域包含蛋白2(MOSPD2)与临床症状具有明显相关性,在血液单核细胞、骨髓单核细胞中高表达(
t=2.238,
P=0.032;
t=3.153,
P=0.006),在RA关节滑膜液中与血液中表达呈正相关(
r=0.683,
P=0.03)。ROC曲线分析表明,
作者:肖剑伟;蔡旭;汪荣盛;郭粉莲;陈新鹏;尹志华;叶志中
来源:中华风湿病学杂志 2021 年 25卷 2期