目的:通过生物信息学与功能研究,探讨新的抑癌非编码RNA(ncRNA)及确定其功能。方法:通过对癌症基因组图谱(TCGA)数据库泛癌RNA-seq数据中ncRNA进行全基因组meta分析,筛选出新的下调表达泛癌ncRNA。以细胞增殖、迁移、侵袭、凋亡等体外功能实验确证该ncRNA的泛癌抑制功能。组间比较采用双侧
t检验。
结果:全基因组meta分析发现1 615种差异表达ncRNA,其中由ENSG00000231246编码的ncRNA未见报道,我们将其命名为泛癌非编码RNA246(PANC246)。相对于未转染组和转染pcDNA3.1空质粒组,过表达PANC246质粒转染的食管癌、肝癌、胃癌、结直肠癌等癌细胞株,其细胞增殖(
t=7.252,
P<0.01)、迁移(
t=15.073,
P<0.01)和侵袭能力(
t=11.003,
P<0.01)显著降低,而细胞凋亡显著增加(
t=23.293,
P<0.01)。与未转染组和空质粒组比较,PANC246高表达可显著抑制CDK2(
t=19.301,
P<0.01)、KRAS(
t=14.682,
P<0.01)、MUC16(
t=22.581,
P<0.01)等原癌基因mRNA表达。
结论:PANC246是一种新的泛癌抑制ncRNA,有望作为广谱抗癌治疗的新靶点。
作者:常仁安;曹桂莲;张健锋;叶敬新;郭士成;丁伟峰
来源:中华实验外科杂志 2021 年 38卷 8期