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生物信息学及实验验证分析SPRR2A基因在肺鳞癌中的表达和临床意义
编辑人员丨5天前
目的:探讨富含脯氨酸小蛋白2A(SPRR2A)在肺鳞癌中的表达及其可能的作用机制。方法:实验性研究。采用生物信息学方法,在GTEx数据库和TCGA数据库中检索分析SPRR2A在多种肿瘤组织和肺鳞癌中的表达,用ROC曲线分析SPRR2A诊断肺鳞癌的价值。收集2018年1月至2020年12月间于成都医学院第一附属医院外科手术的肺鳞癌标本及癌旁正常组织标本,通过RT-qPCR和Western blot技术进行实验验证,并进一步在4种肺鳞癌细胞株中再次验证。收集TCGA数据库中486例肺鳞癌患者基因表达谱数据及临床资料,根据SPRR2A表达水平的中位值,分为高、低表达组,采用GSEA4.1.0软件对差异基因富集的信号通路进行分析。采用Kaplan-Meier法分析SPRR2A高表达组和SPRR2A低表达组肺鳞癌患者的无疾病进展生存期和总生存期的差异。选用肺鳞癌SK-MES-1,构建SPRR2A表达载体shRNA SPRR2A质粒,应用Transwell方法验证干扰SPRR2A基因表达后,SK-MES-1细胞迁移和侵袭能力是否受到影响。结果:与癌旁正常组织比较,SPRR2A基因mRNA在肺鳞癌组织中的表达水平明显升高,且有较高的诊断价值(AUC=0.899%);临床标本及肺鳞癌细胞株验证结果与生物信息分析结果一致。肺鳞癌组织SPRR2A mRNA和SPRR2A蛋白均高于癌旁正常组织,分别为(128.45±12.44)和(36.88±2.77)比(10.11±1.32)和(1.46±0.04),差异有统计学意义( P<0.05)。TCGA数据库中,SPRR2A高表达组和SPRR2A低表达组患者差异基因共有528个,包括348个下调的基因和180个上调的基因,这些基因主要富集于细胞黏附分子和囊泡运输的相互作用两个信号通路。预后分析显示,肺鳞癌患者SPRR2A mRNA高表达组的总生存时间和无疾病进展生存时间明显短于低表达组。Transwell实验结果显示,敲减了SPRR2A基因的肺鳞癌SK-MES-1的细胞迁移和侵袭能力均受到显著抑制( P<0.05)。 结论:肺鳞癌组织中SPRR2A基因的表达水平明显上调,高表达SPRR2A与肺鳞癌患者的预后不良有关,靶向敲减SK-MES-1细胞中的SPRR2A后能抑制其迁移和侵袭。
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编辑人员丨5天前
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人突变Lumican转基因小鼠角膜组织中小分子亮氨酸蛋白聚糖成员表达改变的研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨人突变Lumican转基因小鼠角膜组织中小分子亮氨酸蛋白聚糖(SLRP)成员mRNA水平表达变化.方法 实验研究.选取10只(雌雄各5只)人突变Lumican转基因小鼠作为实验组,选取10只(雌雄各5只)同周龄野生型C57BL/6J小鼠作为对照组.转基因小鼠Lumican基因突变位点为cDNA 569T>C,使第199位氨基酸由亮氨酸突变为脯氨酸(L99P).8周龄时脱颈法处死入组小鼠,摘取双侧眼球后获得双眼角膜组织,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-Q-PCR)技术分别检测两组小鼠角膜组织中Lumican、Decorin、Biglycan、Keratocan、Fibromodulin基因在mRNA水平的表达.采用两独立样本均数t检验对两组小鼠基因表达差异进行统计学分析,差异以倍数变化法表示.结果 实验组转基因小鼠角膜组织中Lumican基因mRNA表达升高,是对照组野生型小鼠的1.497倍,差异具有统计学意义(t=4.34,P<0.05).实验组小鼠角膜组织中Keratocan基因mRNA表达降低,是对照组的0.323倍,差异具有统计学意义(t=-95.94,P<0.05).实验组中Decorin基因mRNA表达降低,是对照组的0.648倍,差异均具有统计学意义(t=-9.98,P<0.05).实验组较对照组Biglycan基因mRNA表达降低,是对照组的0.522倍(t=-7.74,P<0.05),Fibromodulin基因mRNA表达升高,是对照组的1.193倍,差异无统计学意义(t=1.66,P>0.05).结论 人突变Lumican转基因小鼠与野生小鼠相比,角膜组织中SLRP成员mRNA水平表达发生改变,提示Lumican基因突变(cDNA 569T>C)可能导致该基因结构破坏,调控角膜组织中其他SLRP成员基因表达的功能受损.此外,该基因位点的突变导致Lumican核心蛋白中第199位氨基酸由亮氨酸突变为脯氨酸(L199P),提示Lumican基因突变可能阻碍了Lumican与胶原蛋白分子结合,进而影响了SLRP成员的表达.
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编辑人员丨2023/8/6
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PRRT2基因突变致病机制与相关疾病的研究进展
编辑人员丨2023/8/5
富含脯氨酸的跨膜蛋白2 (Proline-rich transmembrane protein 2,PRRT2)是位于16 号染色体的一个小基因,内部包含4 个外显子,2~4 号外显子编码包含 340 个氨基酸的多域蛋白, 是由国内学者鉴定出的第一个发作性运动诱发性运动障碍的致病基因[1]. 越来越多的研究发现,PRRT2基因突变与多种发作性疾病相关.PRRT2存在多样突变类型,包括移码突变、 错义突变、 无义突变, 多数突变可导致PRRT2截短蛋白的出现, 这种短截蛋白极易被细胞中的蛋白酶体降解,造成功能缺失,从而致病[2].无论是在散发性还是家族性病例中, 对发作性运动诱发性运动障碍(paroxys-mal kinesigenic dyskinesia,PKD)、良性家族性婴儿癫痫(be-nign familial infantile epilepsy,BFIE)、 发作性舞蹈动作性婴儿惊厥(infantile convulsions with paroxysmal choreoathetosis, ICCA )等患者基因筛查都可见PRRT2 突变,这三种综合征是PRRT2相关疾病最常见和最主要的表型[3].鉴于PRRT2基因突变多样性、蛋白功能多样性、疾病表型多样性,尽可能阐明其致病机制对于相关疾病诊治具有重大意义.
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编辑人员丨2023/8/5
