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33种鱼类微型反向重复转座元件鉴定
编辑人员丨2023/8/6
微型反向重复转座元件(MITEs)是一类短的非自主DNA转座子,其分布的位置会对宿主产生影响.文章使用生物信息学的方法对无颌类、软骨鱼纲、肉鳍鱼纲和辐鳍鱼纲鱼类基因组进行了MITEs预测,最终在33种鱼类基因组中鉴定出243 3个MITEs家族.文章发现鱼类基因组中MITEs含量存在较大差异(0.11％-21.18％),并且MITEs含量与鱼类基因组大小呈正相关关系.根据末端重复序列(TIRs)和靶位点重复序列(TSDs)的特征将MITEs分为10个超家族,其中TC1-Mariner超家族的含量最高.MITEs在鱼类基因组中的插入事件主要发生在4百万年前至今,大多数物种的MITEs在2百万-0.5百万年前发生了爆发式扩增.鱼类基因组中的MITEs多数插入到基因内部或附近,这些转座子可能在基因的表达调控方面存在重要作用.
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编辑人员丨2023/8/6
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毛竹微型颠倒重复序列的鉴定及分子标记开发
编辑人员丨2023/8/5
MITEs(miniature inverted-repeat transposable elements)又称颠倒重复序列,是缺少转座酶序列的非自主型转座子,在真核生物基因组含量丰富,是基因组多态性形成的重要驱动力之一.该研究利用MITE Tracker软件,在毛竹(Phyllostachys edulis)新版基因组中鉴定到1 579个MITEs家族,共包括18 373个全长MITEs,占毛竹基因组的0.34％,被归入到7个超家族.超家族的插入时间跨度为0.5～16.5 mya,其中有3个超家族在2～4 mya经历过一次扩增事件;2个超家族分别在1～2 mya和3～5 mya经历两次扩增事件;2个超家族在0.5～16.5 mya经历一次长期扩增.MITEs偏好插入基因或基因附近,且Micron-like超家族偏好插入ATT与ATA之间.该研究开发了3个分子标记,可从12份雷竹变种变型材料中鉴定出4份.综上所述,该文主要分析了毛竹基因组中MITEs的分布、进化及插入情况,并获得了3对可以区分雷竹变种变型的分子标记,为下一步验证MITEs功能奠定基础.
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编辑人员丨2023/8/5
