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基于蛋白质-蛋白质相互作用网络的燃煤污染型氟暴露人群血浆微小RNA靶基因模块化分析
编辑人员丨5天前
目的:建立燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个微小RNA(microRNA,miRNA)靶基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选具有重要作用的基因及基因模块。方法:将本课题组前期筛选的燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个miRNA(hsa-miRNA-3131、hsa-miRNA-4516、hsa-miRNA-6501-5p、hsa-miRNA-10b-5p、hsa-miRNA-4683)的靶基因定位到STRING在线数据库(https://string-db.org),筛选PPI网络。使用Cytoscape v3.6.0软件对PPI网络可视化,通过NetworkAnalyzer插件得到拓扑属性值度和拓扑属性值介数,筛选PPI网络的中心节点(度和介数均最高的节点)。同时,采用CytoHubba插件中的最大团中心(MCC)分析方法来确定PPI网络中的重要节点。通过MCODE插件进行聚类分析,筛选PPI网络的基因模块。将基因模块所包含的蛋白质名称在线提交KOBAS v3.0数据库(http://kobas.cbi.pku.edu.cn/),对MCODE插件筛选出的基因模块进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析。结果:靶基因的PPI网络由1 035个节点和4 346个边组成。泛素蛋白A-52残基核糖体蛋白融合产物1(UBA52)的度(101)和介数(0.010 723 89)均最高,为PPI网络的中心节点。经MCC分析,UBA52为PPI网络中的重要节点。从PPI网络中选择排名前5的基因模块,5个基因模块的KEGG通路富集分析中高度富集的基因通路分别为泛素介导的蛋白水解、剪接体、内吞作用、神经活性配体-受体相互作用、囊泡转运。结论:成功建立了燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个miRNA靶基因的PPI网络,筛选出UBA52基因和5个基因模块主要通路。
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编辑人员丨5天前
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清肾颗粒通过miR-4516/SIAH3/PINK1调节线粒体自噬而减轻大鼠肾纤维化
编辑人员丨1周前
目的:明确清肾颗粒(QSG)通过微小RNA-4516(miR-4516)/SIAH3/PINK1调节线粒体自噬而减轻大鼠肾纤维化的作用机制.方法:将雄性SD大鼠随机分为3组,包括正常组、模型组和QSG组,每组10只,予QSG水溶液灌胃,每天1次,每次4 mL,连续给药8周.检测各组大鼠血肌酐水平;苏木精-伊红(HE)和Masson染色检测各组大鼠肾脏病理损伤程度;Werstern blot检测各组大鼠肾脏组织中β-actin、PINK1、Parkin、SIAH3、VDAC1、Mfn1、Mfn2、OPA1、LC3B和P62蛋白表达水平;RT-qPCR检测大鼠肾脏组织中SIAH3的mRNA表达水平;透射电镜观察肾脏组织中线粒体损伤情况.制备QSG含药血清,转化生长因子β1(TGF-β1)诱导HK-2细胞纤维化模型,细胞分为:正常对照(NC)组、模型(MC)组、MC+miR-4516 mimics组、MC+miR-4516 NC+QSG组、MC+miR-4516 mimics+QSG组和MC+QSG组.CCK-8法检测各组细胞活力;Western blot检测各组细胞中E-cadherin和α-SMA蛋白表达水平;双萤光素酶报告基因实验验证miR-4516对SIAH3的调节;RT-qPCR检测miR-4516、SIAH3 mRNA和PINK1 mRNA的表达.结果:与模型组比较,QSG干预后大鼠肾组织及HK-2细胞纤维化减轻,SIAH3的mRNA表达水平显著降低(P<0.05),PINK1表达水平显著升高(P<0.05),肾组织自噬活跃,体外结果证实QSG可以提高miR-4516的表达水平,抑制SIAH3的mRNA表达进而促进HK-2细胞中PINK1表达,降低纤维化标志蛋白α-SMA蛋白的表达水平.结论:QSG可通过干预miR-4516水平而靶向调节SIAH3/PINK1轴,增强线粒体自噬,从而延缓大鼠肾纤维化的进展.
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编辑人员丨1周前
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芯片技术分析卵巢子宫内膜异位症外泌体microRNA表达差异
编辑人员丨2023/8/6
目的:探讨卵巢子宫内膜异位症(ovarian endometriosis,OEM)外泌体微小RNA(microRNA,miRNA)的表达谱.方法:采用芯片技术对3例OEM患者及3例健康对照者的在位内膜间质细胞外泌体miRNA进行分析,筛选出组间差异miRNA.结果:获得存在差异表达miRNA共12条,其中hsa-miR-6829-5p、hsa-miR-5188、hsa-miR-4430、hsa-miR-584-5p、hsa-miR-4485-5p、hsa-miR-4257在实验组表达上调,hsa-miR-188-5p、hsa-miR-4741、hsa-miR-4516、hsa-miR-1229-5p、hsa-miR-7150、hsa-miR-5787表达下调.对表达差异较大的外泌体miRNA进行靶基因预测及其基因功能(gene ontology,GO)分析和信号通路(pathway)分析,发现靶基因聚集的生物学功能多数参与生物进展过程的调控.结论:OEM患者与健康对照者的在位内膜间质细胞外泌体miRNA存在着差异性表达.差异性表达的miRNA特异性很高,对进一步阐明该疾病的发病机制和寻找新的诊断标记物具有重要意义.
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编辑人员丨2023/8/6
