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基于RAD-SNPs分析的四川核桃良种资源的遗传多样性研究
编辑人员丨2023/8/6
为了解四川核桃 (Juglans) 种质资源的遗传多样性, 利用RAD二代测序技术对42份核桃良种资源进行测序, 分析其遗传结构和遗传多样性.结果表明, 共获得70G clean data, Q30平均为96.3％, 并获得160 309个多态性SNPs.聚类、遗传结构和主成分分析结果高度一致, 42份种质资源聚为两大类, 基本反映了两个原始祖先血统, 即普通核桃类 (AJR, 33份) 和泡核桃类 (AJS, 9份) , 两类群具较高的遗传分化 (FST=0.285) , 且分类与地理位置分布和种群相关;且修正了'威薄01'、'白龙1号'和'石棉巨核'3个品种的类群认定.AJS和AJR类群中分别有9和14个良种为纯血统且亲缘关系较远, 而其余的良种均为两个血统的混杂.42个核桃良种资源的核苷酸多样性[Pi (π) ]和期望杂合度 (He) 分别为0.029和0.286, 表明这些资源具有丰富的遗传多样性, 相对于AJR类群, AJS类群的杂合率 (He) 与核苷酸多态性更大, 而SNP数更少, AJS遗传多样性更丰富.这些为四川的核桃种质资源保存和杂交育种研究奠定了基础.
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编辑人员丨2023/8/6
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