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杧果Whirly基因鉴定及其在病菌侵染过程中的表达分析
编辑人员丨2023/8/5
Whirly家族是一类植物特异的转录因子,无论在细胞核还是在细胞器内都有着广泛而复杂的生物学功能.该研究以杧果全基因组数据为基础,采用生物信息学的方法对杧果Whirly家族基因进行序列分析,并通过qRT-PCR技术分析杧果胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides,Cg)和细菌性黑斑病菌(Xanthomonas campestris pv.mangiferaeindicae,Xcm)侵染过程中杧果Whirly家族基因的相对表达量.结果表明:(1)从杧果基因组中鉴定了3个Whirly基因家族成员,分别命名为MiWHY1、MiWHY2和MiWHY3.(2)杧果Whirly蛋白均为不稳定亲水碱性蛋白;系统发育树显示,杧果Whirly基因与木薯、毛果杨、番茄Whirly基因亲缘关系最近,杧果与木薯、毛果杨、番茄Whirly家族共有1个高度保守的基序Motif1;杧果Whirly家族均含有Whirly超家族保守域,主要结构元件为无规则卷曲和α-螺旋;保守结构域的四聚体结构与马铃薯Whirly蛋白四聚体结构具有高度相似性.(3)qRT-PCR结果显示,Cg侵染过程中,杧果Whirly基因的相对表达量均显著上调;Xcm侵染12 h时,MiWHY1和MiWHY3相对表达量显著上调,初步确定杧果Whirly基因表达响应胶孢炭疽菌和细菌性黑斑病菌的侵染.研究认为,杧果中有3个Whirly基因家族成员,病菌侵染过程中可激发其表达活性,为后续研究杧果Whirly基因家族成员的功能和机制奠定基础.
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编辑人员丨2023/8/5
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杧果CPP转录因子家族基因的鉴定及表达分析
编辑人员丨2023/8/5
为了探索杧果(Mangifera indica L.)CPP(cysteine-rich polycomb-like protein)基因家族的序列特征与表达特征,通过生物信息学的方法对杧果CPP基因家族进行序列分析,并通过qRT-PCR技术研究杧果细菌性黑斑病菌(Xcm,Xanthomonas campestris pv.mangiferaeindicae)和胶孢炭疽菌(Cg,Colletotrichum gloeosporioides)侵染过程中杧果CPP家族基因的转录水平和组织特异性表达水平.结果 表明,从杧果基因组中鉴定了10个CPP基因家族成员,均含有保守的CRC结构域,均为不稳定疏水蛋白.与梨、长春花、胡杨、水稻、葡萄和拟南芥等6个物种69个CPP转录因子成员构建系统进化树,分为7个进化分支,杧果的10个CPPs基因分布在5个进化分支中,多和梨的CPP家族成员聚类在一起.qRT-PCR分析表明,在杧果细菌性黑斑病菌(Xcm)侵染过程中,MiCPP1和MiCPP2在侵染3h、6h、12h时上调表达;杧果胶孢炭疽菌(Cg)侵染的0～72 h时,MiCPP8呈上调表达,而MiCPP9则为下调表达;为后续开展杧果CPP基因家族成员响应病原菌侵染的机制研究奠定基础.qRT-PCR分析表明,MiCPP8在幼叶、花、芽中的相对表达量均很高,而MiCPP7在幼叶、花、芽中的相对表达量很低,MiCPP4与MiCPP9在幼叶、花中的相对表达量高而在芽中的表达量却很低,MiCPP6在花中的相对表达量很低,说明杧果MiCPPs基因家族成员在不同组织中具有表达的特异性.
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编辑人员丨2023/8/5
