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绵羊肺腺瘤病毒Gag蛋白的生物信息学分析及抗原表位预测
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨绵羊肺腺瘤病毒(jaagsiekte sheep retrovirus,JSRV) Gag蛋白的组成结构及生物学功能.方法 从NCBI数据库中获取JSRV的gag基因序列及其编码蛋白的氨基酸序列,利用ExPASy,ProtScale,Signal 5.0,TM-HMMServer,NetPhos Server,NetNGlyc,SOPMA,Prediction,Swiss Model和DNAStar等生物信息学软件分析Gag的氨基酸序列组成、理化性质、亲疏水性、信号肽、跨膜区、磷酸化位点、糖基化位点、蛋白功能区域、二、三级结构和B、T细胞抗原表位等.结果 Gag蛋白是由611个氨基酸构成富含脯氨酸的亲水蛋白,分子式为C3024H4708N834O898S27,相对分子质量为67.981×103,理论等电点为7.14;二级结构以无规则卷曲居多,占48.77％;无信号肽且无跨膜区,存在33个磷酸化位点,1个糖基化位点,含有2个超级家族保守结构域和1个锌指结构.预测该蛋白含有17个B细胞优势抗原表位和25个优势CTL表位.结论 生物信息学分析JSRV Gag蛋白属于亲水蛋白,含有多个抗原表位,可能具有免疫原性,可作为潜在抗原用于诊断方法的建立与疫苗的研制.
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编辑人员丨2023/8/5
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外源性绵羊肺腺瘤病毒新疆株env囊膜蛋白生物信息学分析
编辑人员丨2023/8/5
目的 采用生物信息学方法分析外源性绵羊肺腺瘤病毒新疆株env囊膜蛋白的结构和功能.方法 利用NCBI数据库查询外源性对绵羊肺腺瘤病毒新疆株env囊膜蛋白基因序列,采用在线软件ProtParam、Prot Scale、DNAS-TAR、SOPMA、SWISS MODEL、 SOSUI、TMHMM2.0、Signal 4.1、Bepipred Linear Epitope Prediction、PROSITE SCAN、PSOTR分析预测env蛋白的理化性质、亲疏水性、二级结构、三级结构、跨膜区、信号肽、B细胞表位、结构域、亚细胞定位.结果 env蛋白由615个氨基酸组成,分子式为C3144 H4924 N840 O870S29,相对分子质量为69.5×103,理论等电点为8.48,不稳定系数为37.04(为稳定蛋白),脂肪系数平均为99.56,总平均亲水性为-0.048.二级结构以α-螺旋为主,占42.769,无规卷曲占38.7％,延伸链占16.59％,β-转角占1.59％.三级结构env蛋白序列与同源模板的序列在408～540区域存在21％的同源性,只能进行部分同源建模.env蛋白存在2个跨膜区,无信号肽.env蛋白包含有20个线性表位,其中356-442、490-555、104-131、206-230、448-469区段是env蛋白的优势抗原表位区段.env蛋白包含9个N-糖基化位点,4个蛋白激酶C磷酸化作用位点,4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点,4个N-豆蔻酰基化位点,1个酰胺化位点,1个细胞附着序列位点.亚细胞定位分析预测env蛋白为细胞膜蛋白,env蛋白绵羊肺腺瘤病毒的囊膜蛋白.结论 外源性绵羊肺腺瘤病毒新疆株env囊膜蛋白存在多个B细胞抗原表位及1个细胞附着序列位点,可作为潜在抗原用于env蛋白绵羊肺腺瘤病毒感染疫苗的研制.
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编辑人员丨2023/8/5
