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蛋白质序列图形变换及其相似性聚类分析
编辑人员丨2023/8/6
基于氨基酸的疏水性和相对分子质量,先把20种氨基酸分为8类,按不同间隔角度放置于圆周上.根据z轴坐标的划分,建立一个坐标空间.将蛋白质序列中的氨基酸按排列顺序映射到空间坐标系中,得到序列的3D模型.将3D模型转换为20维矩阵图,分析序列中氨基酸对数量特征及相似性.进一步将空间坐标转换为数值序列,进行离散傅里叶变换(discrete Fourier transform,DFT),得到原蛋白质序列的功率谱,将不同长度的功率谱扩展到数据集中最长序列的长度m维.再通过计算功率谱序列间的欧氏距离来度量序列相似性,构建系统发育树.最后对不同数据集进行验证,结果显示:聚类结果与矩阵图的分析相符,且优于其他算法的效果,表明此算法对蛋白质相似性研究具有一定的有效性.
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编辑人员丨2023/8/6
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