掌叶覆盆子Rubus chingii和甜茶R.chingii var.suavissimus是优质的"药食同源"特色植物,经济效益显著,发展前景广阔.为探讨掌叶覆盆子及其变种甜茶的遗传结构及进化特征差异,该研究利用Illumina HiSeq XTen测序平台对 2 物种质体全基因组进行测序、组装、注释和特征分析,并采用生物信息学方法对其进行比较基因组分析和系统发育分析.结果表明,掌叶覆盆子和甜茶质体基因组呈现典型的环状四分体结构,由 1 个大单拷贝区(large single copy region,LSC)、1 个小单拷贝区(small single copy region,LSC)和1 对反向重复序列区(inverted repeat regions)组成.经比较分析,共鉴定出56 个SSR位点,大部分由A和T组成.2 个物种IR区边界基因结构保守,仅个别碱基差异.同时识别出 3 个高变区域:rps16-trnQ-psbK、trnR-at-pA和trnT-trnL,可作为潜在鉴定标记在未来进一步开发利用.基于最大似然法(maximum likelihood)与贝叶斯算法(Bayesian inference)所构建的系统发育分析结果显示,掌叶覆盆子和甜茶聚为一支,支持率达 100%,两者最近缘物种为三花悬钩子R.trianthus.该研究从质体基因组层面上明确了两者间的遗传差异,以上结果将为后续的物种保护与开发利用奠定基础.

目的 克隆表达人腺病六邻体高变区片段,了解其结构和功能,为研发腺病毒基因工程重组疫苗奠定基础.方法 根据生物信息学软件预测的腺病毒六邻体的高变区域,选择目标基因,设计其对应的引物,并以团队保存的人腺病毒六邻体核酸序列为模板,聚合酶链反应扩增目标基因,定向插入载体pQE32中构建工程质粒.通过酶切和基因测序鉴定阳性工程质粒,并诱导其在大肠杆菌M15中高效表达带有组氨酸标记的靶蛋白,应用镍树脂亲和层析的方法分离纯化靶蛋白.结果 构建了含有人腺病毒六邻体高变区片段的重组质粒,同时探索出其在大肠杆菌M15中高效表达的条件,纯化目标蛋白,其分子量约为188000,与应用生物信息学分析预测的结果相同.结论 成功地克隆、表达和纯化了人腺病毒六邻体高变区片段.

目的 探索结肠腺瘤患者和健康人肠液菌群结构的差异性,并找到特定的差异分类.方法 选取2019年1月至2019月9年上海电力医院消化内科结肠腺瘤患者10例(腺瘤组)和健康人12例(对照组),内镜下取其肠液样本,对基因组DNA完成精准提取,对细菌16SrRNA基因序列所属的V3-V4高变片段进行系统的PCR扩增,对PCR产物加以检测,将纯化后的混合DNA产物于实验用lluminaMiSeq平台放置,进行高通量测序操作.结果 两组之间微生物群OTU(Operational Taxonomic Unit,可操作分类单元)分布存在明显差异.腺瘤组变形菌门水平(33.98％)显著高于对照组(17.31％),P<0.05,腺瘤组厚壁菌门水平(36.29％)显著低于对照组(46.5％),P<0.05.腺瘤组假单胞菌属、杆菌属丰度显著增加(P<0.05).结论 结肠腺瘤患者肠液菌群结构呈明显改变,形成了易于腺瘤生长的肠道微生态环境.

目的 以藜芦属药用植物蒙自藜芦Veratrum mengtzeanum、大理藜芦V.taliense、狭叶藜芦V.sstenophyllum和毛叶藜芦V.grandiflorum为材料,对其叶绿体基因组进行组装和序列分析.方法 采用高通量测序技术对4种植物叶绿体基因组进行测序,并且使用NOVOPlasty和Geneious R11软件分别组装和注释序列,在此基础上进行基本结构和系统发育分析.结果 藜芦属4种植物叶绿体基因组具有典型的环状四分体结构,全长151 875～153 711 bp,总GC含量37.7％～37.8％.藜芦属叶绿体基因组均注释到135个基因,其中蛋白质编码基因83～84个,rRNA基因8个和tRNA基因38个.通过比较发现,4种植物IR区边界未出现明显的扩张或收缩;毛叶藜芦叶绿体基因组序列较保守,变异位点少;蒙自藜芦、大理藜芦和狭叶藜芦序列变异较大,种间差异较小;此外,在一个大单拷贝区(large single copy region,LSC)和小单拷贝区(small single copy region,SSC)区筛选到13个高变片段.系统发育研究表明,毛叶藜芦与蒙自藜芦、大理藜芦和狭叶藜芦亲缘关系较远,后两者亲缘关系最近.结论 对藜芦属4种植物叶绿体基因组结构和系统发育关系进行了分析,为后续开展分子鉴定及群体遗传学研究提供了数据资料.