目的 对四川省首起由新型冠状病毒奥密克戎变异株BA.2.12.1引起的本土聚集性疫情进行系统分析,对于了解新变异株的特性具有重要意义;对其感染来源及传播链进行调查分析,为新型冠状病毒肺炎及其他传染病疫情的溯源调查和防控提供参考.方法 收集、录入、整理四川省2022年7月15日至7月25日新型冠状病毒肺炎本土病例的流行病学调查报告、实验室检测结果、大数据追踪的轨迹信息及其他疫情相关数据,进行统计和图表绘制,分析其流行特征、实时再生数Rt值及其趋势、感染途径、病例间传播关系等,判定首例病例及其感染来源.结果 本次疫情共报告本土病例149例,涉及3市16区县,50～59岁组最多(42/149,28.19％),离退人员(34/149,22.82％)居多.确诊病例中87.5％为轻症病例,多数表现为咽痛/咽痒、发热、咳嗽/咳痰、乏力和头痛等症状.病毒基因测序结果属于奥密克戎变异株BA.2.12.1(即BG.2进化分支),是一起新毒株引入引发的本土疫情.平均潜伏期为3 d,共5代病例,平均代间距为2 d;病例呈现家庭、工作场所、公共场所聚集性.推测的首例病例有境外人员密切接触史,发病时间最早,是引发后续疫情传播的第1例病例.结论 本次疫情中新型冠状病毒奥密克戎变异株BA.2.12.1表现出传染性强、传播速度快、引发症状相对较轻、隐匿性强、易呈现聚集性等特征.溯源调查可通过流行病学调查、大数据技术、基因测序、专项调查、血清抗体检测等方面进行,溯源存在不能明确感染源头的情况,疫情处置后期溯源重在过程及方法.

目的 研究淋巴细胞抗原 6 复合物,基因座E(lymphocyte antigen 6 complex,locus E,LY6E)对新型冠状病毒(severe acute respiratpry syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)不同变异株刺突蛋白(spike protein,S蛋白)介导的感染侵入的抑制作用.方法 构建来源于人的血管紧张素转换酶2(angiotensin-converting enzyme 2,ACE2)表达质粒;建立Flp-In T-Rex 293/LY6E诱导表达细胞系和Flp-In T-Rex 293/氯霉素乙酰转移酶(chloramphenicol acetyltransferase,CAT)诱导表达细胞系,转染人ACE2 表达质粒,并通过免疫印迹方法检测ACE2和LY6E在T-Rex 293 细胞中的表达情况;构建SARS-CoV-2(Wuhan-Hu-1 株系、D614G突变株系、Delta突变株系,以及Omicron BA.1、BA.2、BA.2.12.1、BA.3、BA.4/5、BF.7突变株系)和拉沙热病毒(Lassa fever virus,LASV)假病毒感染系统,利用假病毒荧光素酶报告基因检测LY6E对SARS-CoV-2及其突变株刺突蛋白介导侵入的抑制作用;通过Nano-Glo?活细胞检测系统,检测LY6E对SARS-CoV-2突变株刺突蛋白介导的合胞体形成的抑制作用;构建甲型流感病毒(influenza A virus,IAV)假病毒感染系统,经两性霉素B处理后,利用假病毒荧光素酶报告基因检测LY6E对SARS-CoV-2及其突变株刺突蛋白介导侵入的抑制作用.结果 构建的Flp-In T-Rex293/LY6E诱导表达细胞系对SARS-CoV-2(Wuhan-Hu-1株系、D614G突变株系、Delta突变株系,以及Omicron BA.1突变株系)假病毒侵入细胞有明显抑制作用,SARS-CoV-2假病毒感染四环素(tetracycline,Tet)处理组与非处理组的相对感染率差异有统计学意义[SARS-CoV-2 野生型株系假病毒(WTpp):t=33.920,P＜0.001;SARS-CoV-2 突变株系假病毒(D614Gpp):t=31.478,P＜0.001;Deltapp:t=30.257,P＜0.001;Omicronpp:t=21.041,P＜0.001];LY6E对SARS-CoV-2 不同突变株S蛋白介导的合胞体形成有明显抑制作用,LY6E表达组与未表达组的相对荧光单位差异有统计学意义(D614G:t=18.90,P＜0.001;Delta:t=22.28,P＜0.001;BA.1:t=8.995,P＜0.001;BA.2:t=13.57,P＜0.001;BA.2.12.1:t=15.48,P＜0.001;BA.3:t=13.65,P＜0.001;BA.4/5:t=16.74,P＜0.001;BF.7:t=22.29,P＜0.001);两性霉素B处理没有改变Flp-In T-Rex 293/LY6E诱导表达细胞系对SARS-CoV-2(Wuhan-Hu-1株系、D614G突变株系、Delta突变株系,以及Omicron BA.1 突变株系)假病毒侵入细胞的抑制作用,也没有改变LY6E对IAV感染的增强作用,IAV假病毒感染Tet处理组与非处理组的相对感染率差异有统计学意义(t=3.343,P＜0.05).结论 LY6E抑制SARS-CoV-2野生型(Wuhan-Hu-1 株系)及多种突变株(D614G突变株系、Delta突变株系,以及Omicron突变株系)刺突蛋白介导的感染侵入;两性霉素B没有改变LY6E对SARS-CoV-2(Wuhan-Hu-1 株系、D614G突变株系、Delta突变株系,以及Omicron突变株系)的抑制作用.

接种BNT162b2的个体在Omicron BA.1突破性感染后,对Omicron BA.1、BA.2和先前的SARS-CoV-2相关变异株(VOCs)具有较强的血清中和活性,但对取代先前变异株的高传染性Omicron亚系BA.4和BA.5的血清中和活性较低.由于后一种亚系来源于Omicron BA.2,因此研究人员对经历BA.2突破性感染、三次接种COVID-19 mRNA疫苗的个体的血清中和活性进行了表征.结果证明,这些个体的血清对以前的相关变异株以及所有试验的Omicron亚类,包括BA.2衍生的变异株BA.2.12.1、BA.4/BA.5,具有广泛的中和活性.此外,应用抗体耗竭法,证明BA.2恢复期血清对BA.2和BA.4/BA.5亚系的中和,在很大程度上是由靶向刺突糖蛋白N-末端结构域(NTD)的抗体驱动的.然而,Omicron BA.1恢复期血清的中和作用仅取决于靶向受体结合结构域(RBD)的抗体.这些发现表明,与BA.1刺突糖蛋白相比,暴露于Omicron BA.2会在接种个体中触发显著的NTD特异性回忆反应,从而增强对BA.4/BA.5亚系的中和作用.鉴于当前流行病学以BA.2衍生亚系(如BA.4/BA.5)为主且正在迅速演化,这些发现有助于为Omicron BA.4/BA.5适配疫苗的开发提供信息.

The recently discovered SARS-CoV-2 variant Omicron(B.1.1.529)has rapidly become a global public health issue.The substantial mutations in the spike protein in this new variant have raised concerns about its ability to escape from pre-existing immunity established by natural infection or vaccination.In this review,we give a summary of current knowledge concerning the antibody evasion properties of Omicron and its subvariants(BA.2,BA.2.12.1,BA.4/5,and BA.2.75)from therapeutic monoclonal antibodies and the sera of SARS-CoV-2 vaccine recipients or convalescent patients.We also summarize whether vaccine-induced cellular immunity(memory B cell and T cell response)can recognize Omicron specifically.In brief,the Omicron variants demonstrated remarkable antibody evasion,with even more striking antibody escape seen in the Omicron BA.4 and BA.5 sub-lineages.Luckily,the third booster vaccine dose significantly increased the neutralizing antibodies titers,and the vaccine-induced cellular response remains conserved and provides second-line defense against the Omicron.