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疏叶骆驼刺中包含一种新杆状DNA病毒
编辑人员丨2023/8/6
目的:新杆状DNA病毒的分离与鉴定.创新点:首次在高寒地区代表性植物——疏叶骆驼刺中发现杆状DNA病毒,为研究杆状DNA病毒的进化、地理分布及寄主范围提供了新证据.方法:利用分段聚合酶链式反应(PCR)克隆疏叶骆驼刺杆状病毒(Alhagi bacilliform virus,ABV)的基因组序列;通过基因组分析、序列比对和进化树分析阐明ABV的进化地位;用Southern印迹杂交和反向PCR分析ABV序列与宿主基因组的关系;并通过PCR检测确定ABV在我国西北地区疏叶骆驼刺中的分布.结论:本研究获得了7068 nt的ABV基因组序列,根据基因组结构、保守序列比对及进化树分析,推测ABV是一种新杆状DNA病毒.分子检测证据表明,ABV基因组序列已整合进入疏叶骆驼刺基因组中,但没有产生游离病毒.此外,对我国西北11个不同地区的疏叶骆驼刺进行PCR检测,结果显示其中9个地区的疏叶骆驼刺均含有ABV序列,由此表明ABV在我国西北地区的疏叶骆驼刺中广泛存在.
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编辑人员丨2023/8/6
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利用小RNA深度测序技术检测分析小黄姜病毒
编辑人员丨2023/8/6
对贵州省六盘水市田间发病小黄姜进行病毒检测,分析小黄姜病毒种类.采用小RNA高通量测序技术结合生物信息学方法对小RNA数据库进行拼接组装,预测小黄姜病毒种类.设计特异性引物,采用反向PCR及分段克隆测序方法验证小黄姜病毒的存在.检测发现有3条拼接序列与DNA杆状病毒属Badnavirus)中的薯蓣杆状病毒(Dioscorea bacillifrom virus,DBV)相似,氨基酸相似度均高于80％.并在小黄姜样品中扩增得到1 883 bp病毒序列.RT和RNase H基序核苷酸序列与来自古巴的Banana streak virus (GenBank登录号:KF386733)相似性最高,为74％.根据目前的国际病毒分类委员会(the international committee on taxonomy of viruses,ICTV)病毒分类方案,Badnavirus病毒中RT和RNase H核苷酸基序相似度低于80％的可划为不同病毒种,该病毒可能是Badnavirus中的一种新病毒,暂命名为小黄姜杆状病毒(Zingiber bacilliform virus).小黄姜杆状病毒在30个田间小黄姜样品中存在且存在多态性,该病毒可能是一个古老的病毒,在小黄姜进化过程中将病毒基因组整合到小黄姜基因组中来防御杆状病毒属病毒的侵染.
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编辑人员丨2023/8/6
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甘蔗杆状病毒及其启动子功能的研究进展
编辑人员丨2023/8/6
甘蔗杆状病毒(SCBV)是侵染甘蔗的重要病原物之一,属于花椰菜花叶病毒科杆状DNA病毒属(Badnavirus).该病害在多数种植甘蔗的国家和地区普遍发生,可导致甘蔗品质和产量下降,对甘蔗产业构成潜在威胁.SCBV基因组为环状双链DNA,长度为7.3～8.0 kb.不同地理来源的SCBV分离物遗传多样性丰富,全球至少存在18种系统进化组群或基因型(SCBV-A～R),其中,来自摩洛哥的SCBMOV、澳大利亚的SCBIMV及瓜德罗普岛的SCBGAV和SCBGDV被国际病毒分类委员会(ICTV)认定为杆状DNA病毒属下的4个不同病毒种.SCBV基因组编码3个开放阅读框(ORF),其中ORF3的3'端和ORF1的5'端之间基因间隔区域为病毒启动子区域.本文主要综述了SCBV生物学和基因组特性、遗传多样性、检测方法、病毒启动子的功能及应用等方面的最新研究进展,旨在为SCBV的进一步研究提供参考.
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编辑人员丨2023/8/6
