-
中国白内障-小角膜综合征一家系突变基因及表型分析
编辑人员丨4天前
目的:分析白内障-小角膜综合征(CCMC)一家系的临床特征和分子遗传学特点。方法:采用家系调查研究方法,收集2019年7月于厦门大学附属厦门眼科中心确诊的汉族CCMC一家系。详细询问病史,对家系中部分成员进行眼部检查,包括视力、眼压、裂隙灯显微镜、彩色眼底照相、眼部B型超声、角膜直径、眼前节光相干断层扫描、超声生物显微镜、角膜内皮镜及角膜地形图检查等。采集部分患者及家系成员外周血,提取DNA。对先证者DNA进行靶向高通量测序,所用芯片包含188个与晶状体异常相关的已知致病基因,在家系其他成员中应用Sanger测序对可疑位点进行检测,验证突变是否与临床表型共分离,明确该家系致病基因。采用蛋白功能预测软件REVEL对发现的变异位点进行生物信息学分析,评估该变异的致病性;采用InterPro分析蛋白保守结构域;采用ProtParam工具分析突变蛋白物理化学性质;采用PolyPhen-2在线软件预测突变蛋白的有害性;通过NCBI网站对致病基因的突变位点进行同源性分析,比较其在不同物种中的保守性。结果:该家系共4代39人,其中患者11例,符合常染色体显性遗传。临床表现为先天性白内障合并小角膜,其他眼部检查及全身系统性检查结果未见明显异常。基因检测结果显示先证者存在 CRYAA基因杂合变异c.61C>T,导致第21位氨基酸由精氨酸变异为色氨酸(p.Arg21Trp),Sanger测序验证结果证实该杂合变异与疾病共分离。ProtParam分析显示该位点变异后蛋白产物阳离子基团总数减少,且亲水性及稳定性下降;PolyPhen-2在线软件预测为有害变异;同源性分析显示该变异位点对应的氨基酸序列在多物种中高度保守。 结论:CRYAA基因c.61C>T p.Arg21Trp可能是导致该家系发病的原因,为国内首次报道。
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
大豆异黄酮抑制Slit2/MAPK信号通路对牙周炎大鼠牙槽骨吸收和炎症反应的影响
编辑人员丨2024/7/20
目的:基于Slit同源物2(Slit2)/P38丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路探讨大豆异黄酮(SIF)对牙周炎大鼠牙槽骨吸收和炎症反应的影响.方法:将大鼠分为对照组(Control)、模型组(Model)、SIF低剂量组(L-SIF,25 mg/kg)、SIF高剂量组(H-SIF,75 mg/kg),每组10只,除对照组外,其余各组使用丝线结扎大鼠上颌第一磨牙的牙颈部建立牙周炎模型.L-SIF组和H-SIF组大鼠灌胃相应剂量SIF,Control组和Model组灌胃等量生理盐水,1次/d,连续4周.给药结束后,ELISA检测大鼠血清Slit2、TNF-α、IL-6、IL-1β水平;Micro-CT扫描检测釉牙骨质界至牙槽骨嵴顶(CEJ-ABC)距离和骨矿物质密度(BMD)、骨体积分数(BV/TV),评估牙槽骨丢失情况;HE染色和抗酒石酸酸性磷酸酶(TRAP)染色评估组织炎症反应、骨吸收和破骨细胞活性;免疫组织化学法(IHC)检测牙周组织骨保护素(OPG)和核因子κB受体活化因子配体(RANKL)表达;Western blot检测牙周组织Slit2、P38 MAPK、p-P38 MAPK蛋白表达.结果:与Control组相比,Model组大鼠血清Slit2和TNF-α、IL-1β、IL-6水平、CEJ-ABC距离、牙周组织病理学损伤评分、破骨细胞数量、RANKL阳性表达、Slit2蛋白水平和p-P38 MAPK/P38 MAPK显著升高,BMD和BV/TV、牙周组织OPG阳性表达显著降低(均P<0.05);与Model组相比,L-SIF组和H-SIF组大鼠血清Slit2和TNF-α、IL-1β、IL-6水平、CEJ-ABC距离、牙周组织病理学损伤评分、破骨细胞数量、RANKL阳性表达、Slit2蛋白水平和p-P38 MAPK/P38 MAPK显著降低,BMD和BV/TV、牙周组织OPG阳性表达显著升高(P<0.05),且H-SIF组上述指标变化显著优于L-SIF组(P<0.05).结论:SIF可抑制牙周炎大鼠牙槽骨吸收和炎症反应,改善牙周炎,其作用机制可能与抑制Slit2/P38 MAPK信号通路有关.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2024/7/20
-
糖尿病足溃疡的hub基因及其生物学功能的生物信息学分析
编辑人员丨2023/8/5
目的 通过对转录组测序数据的生物学分析探寻与糖尿病足溃疡发病以及愈合相关的关键(hub)基因及其生物学功能.方法 从GEO数据库筛选糖尿病足溃疡的数据集,数据标准化后再分组并进行生物信息学分析.分别对糖尿病足溃疡患者与非糖尿病足溃疡患者,以及糖尿病足溃疡部位创缘皮肤与糖尿病足患者非溃疡部位皮肤转录组测序数据进行组间差异表达基因鉴定、通路富集和蛋白质互作(PPI)分析,通过节点分析找到hub基因,并在测试集中以受试者工作特征(ROC)曲线验证筛选出的hub基因对糖尿病足溃疡的诊断效能.通过两组分析的交集基因再次进行通路富集以及PPI分析,筛选与糖尿病足溃疡创面愈合相关hub基因.最后对相关样本进行GSEA分析寻找全转录组基因在糖尿病足溃疡中可能的作用.结果 从糖尿病足溃疡与非糖尿病患者皮肤的测序分析中,得到上调的差异基因620个,下调的差异基因196个.这些基因的功能集中在萜类化合物和聚酮类化合物的代谢、分子和相互作用、磷脂酶D信号通路、丙酸酯代谢、PI3K-Akt信号通路、Toll样受体信号通路、嘧啶代谢、IL-17信号通路、Rap1信号通路等.PPI网络确定了10个hub基因,其中BGN、CCND1在测试集的ROC分析的曲线下面积为0.714、0.712.在糖尿病足溃疡部位创缘皮肤与糖尿病足患者非溃疡部位皮肤的测序分析中筛选出了上调基因4072个,下调基因911个,与糖尿病溃疡的差异基因有交集的基因372个.这些差异基因的功能集中在磷脂酶D信号通路、异种生物降解和能量代谢、谷胱苷酸代谢、嘧啶代谢、ErbB信号通路以及黑色素生成等信号通路.从PPI网络确定了7个hub基因.在GSEA分析中,戊糖和葡萄糖醛酸相互转化、同源重组、烟酸和烟酰胺代谢、神经活性配体受体相互作用、青少年发病的成年型糖尿病、丁酸代谢、赖氨酸降解、泛酸和辅酶A的生物合成、核黄素代谢、类固醇激素生物合成、缬氨酸亮氨酸和异亮氨酸降解等通路在糖尿病足溃疡与非糖尿病足溃疡患者中表现出了较大的表达差异.结论 生物信息学结果提示,BGN、CCND1是预测糖尿病足溃疡发生的潜在生物学标志物,CXCL12、TLR4、JAK2、PPARA、UBC、DCN、KDR、ARNTL是糖尿病足溃疡的hub基因,而CXCL8、CXCL12、TXN、SLIT3、KRT14、KIT、NEO1是糖尿病足慢性溃疡愈合相关的hub基因.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/5
