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割手密SnRK2基因家族全基因组鉴定及干旱胁迫表达分析
编辑人员丨2024/6/22
[目的]探究割手密SnRK2基因家族成员在干旱胁迫中的调控机制,为抗旱性甘蔗品种的选育提供侯选基因.[方法]以全基因组数据为基础从割手密中鉴定SnRK2基因,并对其进行生物信息学分析和干旱胁迫下的表达分析.[结果]在割手密基因组中共鉴定出11个SnRK2基因家族成员,命名为SsSnRK2.1-SsSnRK2.11,且这些基因不均匀地分布于8条染色体上.SnRK2蛋白的氨基酸残基数为227～580,分子质量为25 683.53～64 695.8 kD,等电点为4.62～8.94,且均为亲水性蛋白.系统发育树可将其分为3个亚组,且同亚组中的保守基序基本相似,外显子数量以7～9个为主.SsSnRK2基因家族成员的启动子中含有多种激素类和逆境胁迫响应类的作用元件.割手密SsSnRK2基因家族成员的表达具有组织特异性.所有的SsSnRK2基因均能不同程度地响应干旱胁迫.[结论]割手密SnRK2基因家族在响应干旱胁迫过程中发挥重要作用,可为割手密的抗逆性研究提供一定的理论依据.
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编辑人员丨2024/6/22
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太子参SnRK2I基因的克隆及在水分胁迫条件下的响应
编辑人员丨2023/8/6
目的:获取太子参蔗糖非酵解型蛋白激酶2(SnRK2)基因,分析该基因在水分胁迫条件下的响应情况.方法:基于对SnRK2基因的同源性及太子参转录组数据库的分析,以不同水分胁迫处理的太子参鲜品为材料,利用基因克隆技术克隆得到太子参SnRK2基因序列,采用实时荧光定量PCR技术分析该基因与水分胁迫的相关性.结果:从太子参中克隆得到1条PhSnRK2,基因,cDNA全长为1261 bp,编码305个氨基酸,分子量为47.27 kDa.该蛋白具有与SnRK2家族相似的ATP结合位点和Ser/Thr激酶活化环.实时荧光定量PCR分析结果表明,PhSnRK2I在土壤相对含水量为86％和44％时表达量较高.结论:成功克隆得到太子参PhSnRK2I基因序列,分析结果表明PhSnRK2I在中度水分胁迫下响应最积极.在太子参水分胁迫信号转导中发挥着重要作用.该研究可为进一步研究太子参PhSnRK2I基因在水分胁迫响应过程中的调控机理研究提供实验基础.
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编辑人员丨2023/8/6
