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基于公共数据库筛选淋巴特异性解旋酶过表达肺腺癌细胞的差异微小RNA及其关键基因对预后的影响
编辑人员丨2024/6/22
目的 分析淋巴特异性解旋酶(LSH)在肺腺癌PC9细胞过表达后微小RNA(miRNA)的表达差异,并预测其潜在调控基因.方法 采用高通量测序技术检测LSH过表达的PC9细胞系中的总miRNA,并筛选核质比有差异的候选miRNA,采用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)对候选miRNA的核质比进行验证,应用生物信息学方法对调控基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析及基因本位(GO)功能富集分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络对miRNA核靶点进行筛选,利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库探究候选靶基因对肺腺癌患者预后的影响.结果 通过对LSH过表达PC9细胞进行测序及基因差异分析,共筛选出5个核质比差异的miRNA:hsa-miRNA-30e-5p、hsa-miRNA-378i、hsa-miRNA-378f、hsa-miRNA-423-5p、hsa-miRNA-4284,其中核内miRNA-4284增加最为显著.经KEGG与GO富集分析发现这些miRNA可能通过结合靶基因参与了RAS信号通路的调控.通过PPI网络及肺癌预后预测发现,差异miRNA可下调CXC趋化因子受体4(CXCR4)表达,增加肺腺癌患者的死亡风险.结论 LSH过表达的肺腺癌PC9细胞核和细胞质中出现多个显著差异表达的miR-NA,以核内miRNA-4248变化最为明显,生物信息学分析发现差异miRNA可能通过下调CXCR4的表达增加肺腺癌患者的死亡风险.
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编辑人员丨2024/6/22
