目的:基于生物信息学方法筛选急性髓系白血病(AML)发生、发展及预后相关的关键基因,并对其所涉及的功能进行分析。方法:从基因表达综合(GEO)数据库下载AML患者芯片表达谱GSE84881数据集,包含19例AML样本和4例正常组织样本。利用GEO在线分析工具GEO2R筛选差异表达基因。利用DAVID在线网站对差异表达基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;使用STRING在线数据库对差异表达基因进行蛋白质互作网络(PPI)分析,并利用Cytoscape软件筛选得到关键基因;利用加权基因共表达网络分析工具(WGCNA)构建共表达网络得到中心基因。利用联川生物云平台构建韦恩图,将PPI中的关键基因和中心基因进行交叉,获得真正的关键基因。从GEO数据库下载并分析人体组织的转录组测序(RNA-seq)数据集GSE2191和GSE90062,验证筛选出来的关键基因。利用GEPIA数据库中的数据,采用Kaplan-Meier法分析关键基因对AML总生存(OS)的影响。结果:GSE84881数据集中共识别出247个差异表达基因,包括112个上调基因和135个下调基因。GO富集分析结果显示,247个差异表达基因在生物学过程(BP)中主要富集在信号转导和细胞增殖的调控,在细胞成分(CC)中主要富集在细胞质和外泌体,在分子功能(MF)中主要
作者:盛新歌;黄美娇;王佳琦;范凯雯;鹿全意
来源:白血病·淋巴瘤 2023 年 32卷 3期