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目的:利用生物信息学分析方法挖掘三叉神经痛(trigeminal neuralgia, TN)的关键基因并探索其重要免疫相关生物标志物。方法:从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)获取与TN相关的基因表达谱数据集GSE186505,数据集中包含20个样本的芯片数据,其中10个是TN样本,10个是健康对照(healthy controls, HC)样本。用生物信息学方法对高通量测序数据进行标准化、归一化和显著性检验筛选与TN相关的差异表达基因(differentially expressed genes, DEG),并进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析探索DEG的潜在生物学功能,通过蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络进一步筛选TN相关的关键基因,利用CIBERSORT分析不同样品中免疫细胞的浸润程度。结果:共筛选出56个DEG,其中包括23个上调基因和33个下调基因。在PPI分析中鉴定了两个必要的PPI模块,基于STRING数据库筛选出ANXA5、ENO1、CA2、FBP1、CD9、SMPD3、VSTM1、SPNS3、PRSS33、FAS、LENG8这11个关键基因可能参与TN的发生机制。富集分析表明,TN与细胞对肿瘤坏死因子的反应、半胱氨酸型内肽酶活性的调节、膜的外在成分、磷

作者:包萌萌;李妍霜

来源:国际麻醉学与复苏杂志 2023 年 44卷 8期

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作者:
包萌萌;李妍霜
来源:
国际麻醉学与复苏杂志 2023 年 44卷 8期
标签:
三叉神经痛 生物信息学 差异表达基因 富集分析 免疫细胞浸润 Trigeminal neuralgia Bioinformatics Differentially expressed genes Enrichment analysis Immune cell infiltration
目的:利用生物信息学分析方法挖掘三叉神经痛(trigeminal neuralgia, TN)的关键基因并探索其重要免疫相关生物标志物。方法:从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)获取与TN相关的基因表达谱数据集GSE186505,数据集中包含20个样本的芯片数据,其中10个是TN样本,10个是健康对照(healthy controls, HC)样本。用生物信息学方法对高通量测序数据进行标准化、归一化和显著性检验筛选与TN相关的差异表达基因(differentially expressed genes, DEG),并进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析探索DEG的潜在生物学功能,通过蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络进一步筛选TN相关的关键基因,利用CIBERSORT分析不同样品中免疫细胞的浸润程度。结果:共筛选出56个DEG,其中包括23个上调基因和33个下调基因。在PPI分析中鉴定了两个必要的PPI模块,基于STRING数据库筛选出ANXA5、ENO1、CA2、FBP1、CD9、SMPD3、VSTM1、SPNS3、PRSS33、FAS、LENG8这11个关键基因可能参与TN的发生机制。富集分析表明,TN与细胞对肿瘤坏死因子的反应、半胱氨酸型内肽酶活性的调节、膜的外在成分、磷

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