目的 通过对人铁氧化还原蛋白1(ferredoxin 1,Fdx1)的氨基酸序列进行分析,预测其蛋白结构、蛋白翻译后修饰以及组织表达等性质.方法 利用各类数据挖掘工具,分析从UniProt中获取的人Fdx1蛋白氨基酸序列,从而预测其基本性质(ProtParam等)、特征结构(SMART等)、空间结构(SOPMA等)、翻译后修饰(NetPhos 3.1等)、生物学功能(STRING等)以及组织表达(ProteomicsDB等)等各类生物学信息.结果 基本性质:氨基酸序列全长有184 aa,分子质量是19 kDa,分子式为C819H1341N2510275S9.氨基酸组成中丙氨酸和甘氨酸占比最高(10.9％);属亲水性蛋白.未发现跨膜结构和信号肽;线粒体是定位几率最高的亚细胞结构.特征结构:第72～157位存在高度保守的结构功能域—Fer2.空间结构:人Fdx1蛋白二级结构最多的形式是α-螺旋(36.96％).翻译后修饰:磷酸化、糖基化和甲基化等十种翻译后修饰预测出了位点.生物学功能:与铁硫簇组装酶等多个蛋白存相互作用(P=0.0008).涉及超过二十种信号通路,与疾病和代谢的关系尤甚.组织表达:正常机体里蛋白表达前高的是内脏系统鼻腔呼吸上皮组织(log10 650 ppm);模式生物细胞株中表达最高的为脑癌U251细胞(log10 557 ppm).结论 对人Fdx1蛋白结构和功能的生物信息学分析,为探究其在新的细胞程序性死亡——"铜
作者：关蕴良
来源：河北医药 2024 年 46卷 8期
