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目的 研究提取人类粪便中细菌基因组DNA的影响因素.方法 采用溶菌酶和十二烷基磺酸钠(SDS)+石英砂+酚-氯仿抽提法提取粪便标本中细菌DNA,用PCR扩增细菌16S rDNA.比较不同粪便量,不同放置时间,不同放置温度下的粪便细菌DNA浓度及纯度改变;用Chao index评测高通量测序的结果.结果 采用20 mg粪便量提取出的细菌DNA的浓度最高;常温下放置3h后,提取的细菌DNA的浓度开始下降;在-20℃放置12 h后,细菌DNA的浓度开始下降;-70℃放置48 h后细菌DNA的浓度开始下降;样品纯度均在1.8以上;Chao index曲线趋于平缓表明测序数据量足够大.结论 提取肠道细菌基因组DNA时,粪便标本取样量以20 mg为宜,常温下粪便标本放置不超过2h,本研究所使用的方法所提取的DNA浓度可以达到高通量测序的样本要求.
作者：吴倩倩；王劲松；李湘鸣
来源：中国微生态学杂志 2016 年 28卷 3期
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