2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)具有高度传染性。随着2019-nCoV在世界范围内的持续传播，病毒已出现多种变异株，其中，阿尔法(Alpha)、贝塔(Beta)、伽马(Gamma)、德尔塔(Delta)和拉姆达(Lambda)变异株表现出更高的传播性和致病性，严重威胁着人类生命健康。现对2019-nCoV的结构特征、变异机制，以及上述5种主要变异株的相关特性和流行病学进行阐述。

目的:对引发2022年5月山东省荣成市COVID-19疫情的SARS-CoV-2进行全基因组测序，分析核苷酸和氨基酸变异情况并进行溯源。方法:应用高通量测序技术对15份来源于某水产进口公司相关COVID-19聚集性病例鼻咽拭子样本和3份环境样本进行病毒全基因组测序。使用病毒序列和变异分析软件，对测序原始数据进行全基因组序列拼接和变异位点分析并对病毒进行分型，利用进化分析软件构建系统发育树，并结合病例流行病学调查结果，追溯病毒的潜在来源。结果:成功获得13条来源于病例样本的SARS-CoV-2全基因组序列，长度为29 653~29 780 bp，平均测序深度为1 756~6 565 X，基因组覆盖度为99.20%~99.63%；Pangolin分型结果显示13个SARS-CoV-2基因组均属于VOC/Gamma(P.1.15)分支；与武汉参考株(NC_045512.2)相比，13条SARS-CoV-2全基因组序列分别存在40~41个核苷酸突变位点；在7个蛋白质结构域(ORF1a、ORF1b、S、ORF3a、ORF8、ORF9b及N蛋白)，存在23~24个氨基酸变异位点。进化分析显示该病毒序列与来自阿根廷的参考株(EPI_ISL_4082233)共处于同一子分支上。结论:本研究从荣成市一起冷链进口水产关联的COVID-19聚集性疫情病例样本中测序获得13个Gamma变异株全基因组序列，及时将病毒来源指向于2021年的南美进口海鲜。本研究所采用的测序方法和分析结果可以为SARS-CoV-2的变异分析和病例溯源提供参考，也提示我们SARS-CoV-2在冷链物品表面的存活与传播能力不容小觑，有待进一步探索。

新型冠状病毒（SARS-CoV-2）在流行中不断变异，病毒传播力、致病力和免疫逃逸能力也随之变化，再感染病例增多。SARS-CoV-2初次感染对阿尔法、贝塔、伽马病毒株的再感染具有较强的预防作用。当前主要流行的奥密克戎病毒株免疫逃逸显著，不仅可拮抗中和抗体，并能逃逸自然感染后的免疫保护效应，具有更高的再感染威胁。既往自然感染SARS-CoV-2和（或）接种疫苗是新型冠状病毒肺炎（COVID-19）重症的保护因素，但再感染SARS-CoV-2仍会累积增加全因死亡、住院、肺及肺外器官后遗症的风险。疫苗接种可一定程度上控制SARS-CoV-2传播，且其预防严重疾病和减少住院率、入住重症监护病房（ICU）率、病死率等效应得到了全球公认。但疫苗接种未能明显改善再感染和重复感染带来的累积影响。

目的:估算新型冠状病毒Omicron变异株感染者的潜隐期和潜伏期并分析其相关因素。方法:以2022年1月1日至6月30日在我国五起Omicron变异株感染疫情中的467例感染者和其中335例确诊病例为研究对象，采用对数正态分布和伽马分布模型估计潜隐期和潜伏期，采用加速失效时间模型（AFT）分析其相关因素。结果:467例Omicron变异株感染者中位年龄 M（ Q1， Q3）为26（20，39）岁，男性253例（54.18%）；无症状感染者132例（28.27%），确诊病例335例（71.73%）。467例感染者的潜隐期均值为2.65（95% CI：2.53~2.78）d，98%的感染者在感染后6.37（95% CI：5.86~6.82）d内核酸检测阳性。335例确诊病例的潜伏期均值为3.40（95% CI：3.25~3.57）d，97%的确诊病例在感染后6.80（95% CI：6.34~7.22）d内出现症状。AFT模型分析结果显示，与18~49岁年龄组相比，0~17岁感染者的潜隐期［exp（ β）值为1.36（95% CI：1.16~1.60）， P<0.001］和潜伏期［exp（ β）值为1.24（95% CI：1.07~1.45）， P=0.006］均有所延长，50岁及以上感染者的潜隐期［exp（ β）值为1.38（95% CI：1.17~1.63）， P<0.001］和潜伏期［exp（ β）值为1.26（95% CI：1.06~1.48）， P=0.007］也有所延长。 结论:大部分Omicron变异株感染者的潜隐期和潜伏期在7 d之内；年龄可能是潜隐期和潜伏期的影响因素。

严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2引起的新型冠状病毒肺炎(COVID?19)大流行严重威胁人类生命健康及社会经济发展,为了应对这一公共卫生事件,全球各科研机构迅速研发疫苗并投入紧急使用,为战胜疫情带来了曙光.然而,随着新冠病毒在世界范围内的不断传播,病毒基因组发生突变,形成多种变异株.其中,阿尔法(Alpha)、贝塔(Beta)、伽马(Gamma)、德尔塔(Delta)、奥密克戎(Omicron)变异株表现出更高的传染性,且对疫苗和中和抗体的抵抗力更高,给COVID?19的预防和治疗带来新的挑战.目前,变异株对已获批疫苗的有效性的影响已成为全球研究的热点.本文就上述新冠病毒变异株新进展及其对疫苗免疫保护作用的影响作简要综述.

自新型冠状病毒肺炎(COVID-19)爆发以来,新冠病毒在传播的过程中发生了进化和变异,已经形成了多个变异株,目前有5种"关切变异株(variant of concern,VOC)",分别是阿尔法(Alpha)、贝塔(Beta)、伽马(Gamma)、德尔塔(Delta)和奥密克戎(Omicron).2021年11月9日,南非首次从病例样本中检测到1种新冠病毒变异株(B.1.1.529),11月26日,世界卫生组织将其命名为奥密克戎(Omicron)变异株,目前奥密克戎变异株已经成为了全球主要流行株.Omicron由几个亚型组成,包括BA.1、BA.2和BA.3,Omicron变异株的亚型具有不同的突变位点、传播力,本文将对奥密克戎变异株各亚型的特点和免疫逃逸的机制做一简要综述.

目的 对全国32个省市级疾控机构新冠监测网络实验室新型冠状病毒(新冠病毒)变异株核酸检测能力进行室间质评,同时对常规所用新冠病毒核酸检测试剂性能进行评价.方法 制备新冠病毒武汉株及4个关切变异株、人冠状病毒OC43(HCoV-OC43)和H3亚型流感病毒(H3N2)核酸样本,发放给全国31个省、自治区及直辖市和新疆生产建设兵团疾病预防控制中心新冠监测网络实验室进行室间质评.每个实验室的考核样本盘包括两种不同Ct值(～35、～30)的新冠病毒武汉株、关切变异株(α和γ或β和δ)、HCoV-OC43、流感病毒核酸样本共10支.根据反馈结果计算检测符合率并对检测结果进行深入分析.同时,收集各考核实验室常用的新冠病毒核酸检测试剂盒进行检测性能验证.结果 全国省市级疾控机构新冠监测网络实验室室间质评总体达标率为100％(32/32),总体优秀率72％(23/32);初测中,新冠病毒、HCoV-OC43核酸样本检测总符合率为99.7％(319/320)、89％(57/64).对32个考核实验室送检的新冠病毒核酸检测试剂盒进行性能验证,66％(33/50)的试剂盒检测限与说明书相符,92％(11/12)的受检试剂盒特异性达标.结论 32个省市疾控机构实验室新冠病毒核酸检测能力全部达标,均能检测新冠病毒武汉株及阿尔法、贝塔、伽马和德尔塔变异株;送检的部分核酸检测试剂检测限与说明书不符,检测性能有待改进.

目的 利用湖北省荆州市2起由奥密克戎BA.5.2变异株引起的局部疫情数据,估算奥密克戎BA.5.2变异株的传播动力学参数,为认识奥密克戎BA.5.2变异株传播能力提供科学依据.方法 采用自行设计表格收集2起疫情中感染关系明确的感染者与被感染者的感染时间、发病时间及首次核酸阳性采样时间等数据.对获得数据分别拟合对数正态分布、伽马分布和伽马分布计算潜伏期、世代间隔(GT)、代际间隔(SI).分别采用指数增长模型(EG)和极大似然估计法(ML)计算基本再生数(R0),取R2较大者作为R0估算值.结果 荆州市2起疫情中,疫情A为外市来荆人员在荆州市进行社交活动引起,主要通过同住、同餐、同娱乐和同工作传播,为常见社交传播情形;疫情B涉及人群聚集的批发市场,首发病例进入后停留3 h后随即离开,在农贸市场快速传播并外溢至同住人员,为人群密集场所传播情形.2起疫情共计纳入感染者与被感染者39对52例的数据用于潜伏期、GT和SI估算.潜伏期中位数为2.52 d(44例,1.32～4.84d),SI中位数为2.13 d(37例,1.63～2.64d),GT中位数为1.91 d(21例,1.05～3.15 d).疫情A、疫情B最优拟合模型均为EG模型,对应R2分别为0.62、0.88.疫情A、疫情B拟合的R0分别为5.33(95％CI:2.08～13.44)、22.58(95％CI:7.23～91.36).单次暴露感染者观察到暴露至检出最短时间为20～21 h.结论 奥密克戎BA.5.2变异株具有潜伏期短、传播速度快、传染性强的特点.在人群密集场所,奥密克戎BA.5.2变异株传播能力极强.