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一株Ⅲ型WU多瘤病毒的分离培养和全基因组进化分析
编辑人员丨1天前
目的:分离培养WU多瘤病毒(WU polyomavirus，WUPyV)并分析全基因组系统进化、同源性及种群动态特征。方法:采用实时荧光定量PCR检测2020—2022年间北京友谊医院呼吸道感染住院患儿鼻咽抽吸物样本，利用气液两相的原代人呼吸道上皮细胞模型对WUPyV阳性样本进行病毒分离培养，Sanger测序获得全基因组，结合GenBank数据库中已公布的全基因组信息进行系统发育和进化动力学研究。结果:WUPyV在2020—2022年的检出率为4.7%(31/659)，并成功分离1株Ⅲc型WUPyV临床病毒株BJ0593。WUPyV全基因组及各基因片段同源性较高，VP2基因的平均进化速率约为每年1.256×10 －4个氨基酸替换/位点，种群动态在近十年内趋于平缓。 结论:本研究首次成功分离Ⅲ型WUPyV临床病毒株，为WUPyV的分子进化及致病性研究提供基础。
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编辑人员丨1天前
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H1N1流感病毒感染原代人视网膜色素上皮细胞的转录组学研究
编辑人员丨1天前
目的:利用高通量转录组测序技术研究H1N1流感病毒感染原代人视网膜色素上皮(retinal pigment epithelial，RPE)细胞后的差异表达基因(differential expressed genes，DEGs)及其参与的相关调控信号通路。方法:H1N1流感病毒分别感染原代人RPE细胞2 h或12 h，以H1N1未感染为对照组，提取总RNA，构建文库，进行转录组测序。利用DESeq2软件筛选DEGs，DEGs进行基因本体(gene ontology, GO)功能注释与京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG)通路分析。结果:与对照组相比，H1N1流感病毒感染2 h组共鉴定出1 830个DEGs，感染12 h组共鉴定出2 847个DEGs；H1N1流感病毒感染动力学过程中(2 h: 12 h)，共鉴定出1 213个DEGs。对H1N1流感病毒感染12 h组的DEGs进行GO功能注释分析，结果表明DEGs广泛存在多种细胞组分中，并参与细胞过程、生物调节、代谢过程等多种生物学过程。KEGG通路富集分析表明，在H1N1流感病毒感染2 h组中，DEGs主要富集在PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、癌症MicroRNAs、细胞因子-细胞因子受体相互作用；在H1N1流感病毒感染12 h组中，DEGs主要富集在PI3K-Akt信号通路、癌症MicroRNAs、AGE-RAGE信号通路以及免疫炎症通路；在H1N1流感病毒感染动力学过程中(2 h: 12 h)，DEGs主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用、TGF-β信号通路。结论:H1N1流感病毒感染导致RPE细胞的转录组发生显著改变，这些数据为阐明流感病毒等呼吸道病毒感染眼部的分子机制提供了科学参考。
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编辑人员丨1天前
