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基于GEO数据库呼吸机相关性肺损伤小鼠基因芯片数据的生物信息学分析及关键基因验证
编辑人员丨6天前
目的:利用生物信息学方法挖掘呼吸机相关性肺损伤(VILI)小鼠的差异表达基因(DEG),并通过构建VILI小鼠模型对关键基因进行验证。方法:①实验1(生物信息学分析):从基因表达数据库(GEO)下载VILI与自主呼吸对照组小鼠的肺组织基因芯片数据GSE9368和GSE11662,通过统计分析获得DEG,运用韦恩图获得两个数据的共同DEG,然后使用DAVID在线数据库对共同DEG进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科(KEGG)通路富集分析,最后利用基因与蛋白质相互作用检索在线数据库(STRING)对共同DEG进行基因编码蛋白相互作用(PPI)分析,并运用CytoScape软件、分子复合物检测分析插件(MCODE),以及CytoHubba插件中最大团中心性(MCC)、最大邻居连通度(MNC)与度(degree)算法进行拓扑分析,筛选出关键基因。②实验2(相关基因编码蛋白验证):构建C57BL/6小鼠大潮气量(20 mL/kg)VILI模型,并设自主呼吸对照组。取小鼠肺组织进行苏木素-伊红(HE)染色,观察肺组织病理学改变;并对实验1中筛选出的关键基因编码蛋白进行免疫组化验证。结果:①实验1结果:GSE9368数据中筛选出114个DEG,其中上调99个,下调15个;GSE11662数据中筛选出258个DEG,其中上调188个,下调70个;获得共同DEG 66个,其中上调61个,下调5个。GO功能注释结果表明,共同DEG参与炎症反应、免疫应答、白细胞及中性粒细胞趋化浸润等过程;KEGG通路富集分析提示共同DEG主要富集于细胞黏附、细胞因子-细胞因子受体相互作用及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。通过STRING及CytoScape构建差异基因PPI网络图和重要子模块,并获得拓扑分析MCC、MNC及degree算法得出的交集基因,分别为细胞因子信号转导抑制因子3(SOCS3)、白细胞介素-1β(IL-1β)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、整合素Itgam、CXC型趋化因子配体2(CXCL2)、CXC型趋化因子受体2(CXCR2)、L-选择素Sell及CC型趋化因子受体1(CCR1)。②实验2结果:构建大潮气量VILI小鼠模型结果显示,与自主呼吸对照组相比,机械通气结束后0 h小鼠肺组织有所损伤;通气结束后6 h肺组织结构受损明显,肺泡腔可见不同程度出血和塌陷,肺泡壁明显增厚,肺泡腔及间质还可见炎症细胞浸润。对拓扑分析交集前3位基因IL-1β、SOCS3、MMP-9的编码蛋白进行免疫组化染色,结果显示,随通气时间延长,小鼠肺组织中IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白表达逐渐上调,6 h时与自主呼吸对照组比较差异均有统计学意义〔IL-1β(积分 A值):8.40±2.67比5.10±0.94,SOCS3(积分 A值):9.74±1.80比5.95±1.31,MMP-9(积分 A值):11.45±6.20比5.36±1.28,均 P<0.05〕。 结论:基于GSE9368和GSE11662数据的生物信息学分析发现,VILI与炎症损伤、细胞因子及免疫细胞浸润相关;IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白可能为VILI生物标志物。
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编辑人员丨6天前
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沿Blaschko线分布的Pinkus纤维上皮瘤1例
编辑人员丨6天前
患者女,17岁,因左侧躯干密集黑褐色丘疹5个月于2021年1月7日就诊。5个月前无明显诱因左侧腹部皮肤出现米粒大小黑褐色丘疹,沿Blaschko线缓慢增多增大,无痒痛等自觉症状。既往体健,否认恶性肿瘤及放化疗病史,否认家族遗传病史。体检:各系统检查未见明显异常。皮肤科检查:左侧腋前、躯干及腹股沟见沿Blaschko线散在或密集分布的直径1 ~ 6 mm黑褐色丘疹,见图1。实验室检查:血尿常规、肝肾功能、肿瘤标志物等未见明显异常。左侧躯干皮损组织病理检查:肿瘤由2 ~ 3层细胞组成的基底样上皮细胞索或基底样细胞团块构成,基底样上皮细胞索由多点自表皮向真皮深部延伸形成,并吻合成网,网中见黏液样纤维基质;肿瘤细胞及纤维间质内散在分布少许色素颗粒及噬色素细胞;肿瘤细胞大而深染,胞质少,呈嗜碱性,细胞无明显异型性,过碘酸-希夫染色(PAS)阴性,见图2。免疫组化染色:肿瘤细胞弥漫阳性表达Bcl-2,多数表达雄激素受体,其中散在少许CK20 + Merkel细胞,肿瘤细胞中约20%阳性表达Ki-67,CD34在近表皮的纤维间质中阳性表达,见图3。诊断:Pinkus纤维上皮瘤(fibroepithelioma of Pinkus,FEP)。治疗:暂未给予治疗,密切随访中。
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编辑人员丨6天前
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第5版WHO睾丸肿瘤新分类解读
编辑人员丨6天前
第5版WHO泌尿及男生殖器官肿瘤分类已于2022年5月出版,与2016年第4版WHO分类相比,睾丸肿瘤虽然在基础研究方面已经取得了不少进展,但第5版分类仍然植根于形态学,保留了第4版的框架结构和主要命名法。本文将就第5版分类中睾丸生殖细胞肿瘤、性索-间质肿瘤以及睾丸附属器官肿瘤相关的主要更新内容进行解读。
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编辑人员丨6天前
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放射后肿瘤细胞恶性潜能增加的研究进展
编辑人员丨6天前
放射治疗是针对不同类型实体肿瘤的有效抗肿瘤手段,超过50%的肿瘤患者会在病程的不同阶段接受放射治疗。传统的放射生物学研究认为,放射治疗主要是通过辐照引起肿瘤细胞DNA损伤而导致细胞发生增殖性死亡,从而达到杀灭肿瘤细胞的目的。但临床数据表明,不少患者在接受放射治疗后仍出现肿瘤复发及转移。目前有研究发现,放射后的肿瘤细胞可能出现上皮-间质转化、昼夜节律紊乱、衰老、肿瘤细胞干性增加等变化,影响细胞的生物学行为,如侵袭、迁移等改变,造成肿瘤的复发及转移。本文拟对放射后肿瘤细胞的此类变化及分子机制进行综述,探索放射后肿瘤细胞生物学行为变化的相关机制,为肿瘤复发转移的防治提供依据。
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编辑人员丨6天前
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子宫间叶源性肿瘤进展:基于分子遗传学发现的新类型和新亚型
编辑人员丨6天前
二代测序等分子生物学技术的应用使得人们对子宫间叶源性肿瘤有了新的认识。本文将介绍延胡索酸水合酶-缺陷型平滑肌瘤、PGR重排上皮样平滑肌肉瘤、PLAG1重排黏液样平滑肌肉瘤、SMARCA4缺失未分化子宫肉瘤、血管周上皮样细胞肿瘤、类似卵巢性索间质肿瘤的子宫肿瘤、炎性肌纤维母细胞肿瘤、伴NTRK融合或COL1A1-PDGFB融合的子宫肉瘤等新近认识的子宫间叶源性肿瘤,重点讨论其临床病理学及分子遗传学特征。相关分子遗传学改变对肿瘤的精准诊断、预后评估和靶向治疗有重要应用价值。
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编辑人员丨6天前
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内镜活检胃肠间质瘤病理诊断和基因检测的临床意义
编辑人员丨6天前
目的:探讨胃肠间质瘤(gastrointestinal stromal tumor,GIST)活检病理诊断和基因检测的临床意义。方法:收集复旦大学附属中山医院病理科2016年1月1日至2021年8月1日内镜活检确诊GIST病例,复阅HE切片、整理免疫组织化学、基因检测结果,记录临床治疗经过。结果:共计检索出GIST诊断记录4 095例,其中内镜活检发现肿瘤组织67例,占比1.6%。男性48例,女性19例,男女比2.5∶1.0;年龄31~90岁,平均61岁;胃59例,十二指肠8例。梭形细胞型47例,上皮样型14例,混合细胞型6例。免疫组织化学DOG1阳性100.0%(64/64),CD117阳性98.4%(62/63),CD34阳性87.5%(56/64),S-100蛋白阳性3.6%(2/56),α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)阳性12.1%(7/58),结蛋白阳性12.3%(7/57),广谱细胞角蛋白(CKpan)阳性4.0%(2/50)。依据形态学评估34例可归为恶性GIST。初诊考虑为低分化癌3例,均为上皮样型GIST,另有4例梭形细胞型GIST由于肿瘤细胞数量较少,初诊时无法明确或漏诊。在67例病例中,26例活检组织行基因检测,检测率38.8%(26/67),活检后2例患者失访;33例直接手术,手术患者仅2例活检组织行基因检测,检测率6.1%(2/33);16例行甲磺酸伊马替尼治疗及手术,这部分患者10例活检组织行基因检测,检测比例10/16;16例持续甲磺酸伊马替尼治疗患者中,14例活检组织行基因检测,检测比例14/16。结论:内镜活检诊断GIST的比例很低,对于绝大多数的活检材料是能够完成准确的病理诊断和辅助检查以指导临床治疗。上皮样型GIST有迷惑性,梭形细胞型GIST少数易漏诊,了解病史、查看内镜记录有助于避免陷阱。行分子靶向治疗者,完善基因检测,可为临床治疗决策提供更多有价值的信息。
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编辑人员丨6天前
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双表型肝细胞癌六例临床病理学分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨双表型肝细胞癌(DPHCC)的临床病理学特点、免疫表型、诊断和鉴别诊断。方法:收集福建医科大学附属协和医院病理科2018年1月至2019年12月诊断的6例DPHCC的临床病理资料及随访结果,并复习相关文献。结果:该组患者均为男性,年龄40~68岁(中位年龄45.5岁)。临床表现主要为右上腹闷痛,均有饮酒史及乙型肝炎病毒感染病史。影像学检查5例为肝脏单发结节,1例为肝脏多发结节。组织学表现为肿瘤细胞排列呈梁状、腺泡状及实体型,梁索间有血窦相隔,纤维间质少。6例中有4例脉管内可见瘤栓。肿瘤细胞均表达Glypican-3、CK19,6例中4例表达AFP、Heppar-1、CK7,CD34均显示肝窦毛细血管化。所有病例均经手术切除病灶,4例术后辅以化疗,术后随访6~24个月,未见复发及转移。结论:DPHCC是肝细胞癌的一种特殊亚型,由于DPHCC与肝细胞癌的病理形态学特征相重叠,诊断DPHCC主要依靠免疫组织化学染色,而CK19可以通过各种途径参与调控DPHCC的发生、发展,因此CK19可常规应用于肝细胞癌的病理诊断借以筛查DPHCC。
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编辑人员丨6天前
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原发于椎管内的黏液型孤立性纤维性肿瘤1例
编辑人员丨6天前
回顾性分析1例原发于椎管内硬脊膜的黏液型孤立性纤维性肿瘤(SFT)的临床病理学特点、诊断、鉴别诊断及临床预后等。患者女,39岁。右侧背部疼痛、右小腿麻木伴行走不稳3个月;磁共振成像(MRI)提示胸椎椎管内占位,考虑神经鞘瘤可能,手术完整切除病灶。显微镜下于黏液背景中见肿瘤细胞弥漫性生长,瘤细胞体积中等大小,呈短梭形或星芒状,胞质淡染,细胞核轻微不规则;间质内可见薄壁、扩张的血管。免疫组织化学染色肿瘤细胞表达STAT6和CD34,不表达脑膜瘤标志物SSTR2,不表达神经鞘瘤标志物S-100蛋白、SOX10和脊索瘤标志物Brachyury,Ki-67阳性指数约5%。二代测序检测提示其存在NAB2基因的第6号外显子和STAT6基因的第17号外显子融合。术后随访1年无肿瘤复发和转移。中枢神经系统黏液型SFT罕见,预后较好,诊断过程中需注意与黏液样神经鞘瘤、脊索瘤、脊索样脑(脊)膜瘤、原发或者转移性黏液样单相型滑膜肉瘤以及原发或者转移性低度恶性纤维黏液样肉瘤等疾病相鉴别。
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编辑人员丨6天前
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喉癌组织的细胞异质性及其上皮细胞演化轨迹分析
编辑人员丨6天前
目的:分析喉癌及转移淋巴结的细胞亚群分类及功能,探索上皮细胞向肿瘤细胞演化的轨迹。方法:对2019年10月22日至12月16日宁波市医疗中心李惠利医院收治的5例喉癌组织、配对的转移淋巴结及3例癌旁正常组织进行单细胞转录组测序,患者均为男性,年龄53~70岁,使用Seurat软件分析上述组织的细胞亚群,功能富集分析探讨各类细胞亚群的生物学功能。运用拷贝数变异(copy number variation,CNV)情况区分上皮细胞恶性与否,通过拟时序分析揭示正常上皮细胞和肿瘤细胞的演变轨迹,并识别癌变的过渡态细胞。经Seurat软件FindAllMarker函数分析得到过渡态细胞中高表达的基因,并用免疫组化进行验证。结果:通过多重质控,共获得66 969个高质量单细胞,分为9个主要细胞簇:上皮细胞、T细胞、B细胞、成纤维细胞、内皮细胞、髓系细胞、肥大细胞、浆细胞样树突状细胞和神经细胞,前5类细胞簇分别有8、6、4、3和2类亚群。4个上皮细胞亚群(C0、C1、C2、C5)来源于肿瘤组织和转移淋巴结,具有较高的CNV水平和肿瘤细胞含量。拟时序分析发现上皮细胞演变轨迹为正常上皮细胞亚群C4向早期癌变细胞群C0转化,C0继续分化为3个主要恶性肿瘤细胞亚群C1、C3和C5。上皮细胞C0可能代表癌变的过渡态细胞群,功能富集于上皮间质转化、血管生成等生物学过程,其高表达萝卜硫素(sulforaphane, SFN)可能与肿瘤发生发展相关。免疫组化验证发现SFN在肿瘤组织和转移淋巴结中高表达,而在癌旁组织中低表达。 结论:本研究利用单细胞测序技术阐述了喉癌组织及转移淋巴结中细胞和功能的多样性,同时C0在肿瘤细胞演化中起到关键作用。
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编辑人员丨6天前
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SMARCB1(INI1)缺失的鼻腔鼻窦癌六例临床病理学特征
编辑人员丨6天前
目的:探讨SMARCB1(INI1)缺失的鼻腔鼻窦癌临床病理特征及其诊断和鉴别诊断。方法:收集2016至2018年复旦大学附属眼耳鼻喉科医院手术切除SMARCB1(INI1)缺失的鼻腔鼻窦癌标本/活检病例6例,观察其临床特点、影像学特征、组织形态、免疫组织化学特征以及预后,并结合文献进行复习。结果:5例男性,1例女性;年龄37~75岁(平均约56岁)。1例患者属于T2期,5例患者属于T4期,CT及MRI示鼻腔鼻窦占位伴骨质破坏。镜下观察:肿瘤境界不清,基底样细胞型4例,肿瘤细胞形态较单一,高核质比,细胞质稀少,呈巢状或片状分布于间质中;横纹肌样细胞型2例,肿瘤细胞呈巢状或条索状排列,细胞胞质丰富,嗜酸性,核偏位。免疫组织化学染色示6/6 INI1完全缺失,6/6弥漫强阳性表达广谱细胞角蛋白(CKpan),6/6均不表达S-100蛋白,6/6 EB病毒编码的小RNA(EBER)原位杂交阴性,4/6部分表达p63,1/5部分表达突触素,1/5部分表达p16,Ki-67阳性指数范围30%~70%。5例患者随访1~26个月,其中1例因广泛转移死亡,1例复发,2例淋巴结转移,1例无复发和转移。1例失访。结论:SMARCB1(INI1)缺失的鼻腔鼻窦癌恶性程度高,病程进展快,预后差,组织形态主要为基底样细胞型和横纹肌样细胞型,细胞核INI1完全缺失有助于诊断及鉴别诊断。
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编辑人员丨6天前
