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MiR-3609通过靶向调控CCND1抑制成骨细胞分化介导骨质疏松症发生
编辑人员丨1天前
目的 通过生物信息学分析和体外实验结合的方式验证miR-3609 在骨质疏松症发病中的可能作用机制,为骨质疏松症的治疗提供新靶点.方法 通过miRDB、miRWalk、TargetScan三大miRNA靶点分析数据库进行miR-3609 下游靶点分析.双荧光素酶实验验证miR-3609 和下游靶基因之间的靶向关系,RT-qPCR实验和WB实验验证miR-3609 对下游靶基因表达的影响及WB实验检测miR-3609 对抗凋亡基因Bcl2 和成骨相关蛋白Runx2、OPG表达的影响.碱性磷酸酶实验及茜素红实验检测分析miR-3609 对成骨细胞成骨分化、矿化的影响.结果 首先,数据库靶点预测结果显示,CCND1 可能是miR-3609 导致骨质疏松发病的潜在靶点.其次,双荧光素酶实验验证了二者之间的靶向关系:miR3609 的激活会下调成骨细胞中的CCND1表达.同时,碱性磷酸酶和茜素红实验结果表明miR3609 的激活抑制成骨细胞向成骨分化及矿化.此外,miR3609 的激活下调了成骨细胞成骨相关蛋白Runx2、OPG的表达,下调了抗凋亡蛋白Bcl2 的表达.结论 miR-3609 可以通过靶向抑制CCND1表达抑制成骨细胞成骨分化、矿化,这可能是其导致骨质疏松发病的机制,靶向抑制miR-3609 有望成为治疗骨质疏松症的新方向.
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编辑人员丨1天前
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牙髓和牙周韧带间充质干细胞成骨能力差异分析研究
编辑人员丨1天前
目的 探究牙髓间充质干细胞(dental pulp stem cells,DPSCs)和牙周韧带间充质干细胞(periodontal ligament stem cells,PDLSCs)在成骨能力上的差异机制.方法 培养人牙髓干细胞和牙周干细胞(分为DPSCs组和PDLSCs组),比较两种干细胞诱导成骨分化能力的差异,通过实时荧光定量PCR检测成骨分化过程中关键转录因子的转录表达差异.同时,从GEO官网下载牙组织单细胞测序数据(GSE161267_RAW),通过比较干细胞亚群占比差异、调控成骨分化基因表达差异及生物学功能富集等揭示两种组织干细胞成骨分化功能差异的原因.结果 成骨诱导分化结果显示,DPSCs组茜素红着色较PDLSCs组更深,运用RT-PCR检测成骨分化关键转录因子骨钙素(osteocalcin,OC)、Runt相关转录因子 2(runt-related transcription factor 2,RunX2)、碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,ALP)、破骨细胞抑制因子(osteoprotegerin,OPG)和骨形态发生蛋白-2(bone morphogenetic protein-2,BMP-2).结果 显示,与PDLSCs组相比,DPSCs组Osteocalin、ALP、RunX2、OPG和BMP-2 基因转录水平显著升高(??P<0.01,?P<0.05).单细胞测序数据分析结果显示,牙周和牙髓组织中干细胞构成比例不同,其中牙周组织中MSC2 和MSC3 亚群占比多,牙髓组织中MSC1 亚群占比多;MSC1 中调控成骨分化基因表达显著高于MSC2 和MSC3.差异基因生物学功能富集结果显示,MSC1 亚群主要表现为成骨分化及参与成骨分化的信号通路.结论 DPSCs较PDLSCs有更高的成骨分化功能,是由于DPSCs中成骨分化功能强大的细胞亚群含量高于PDLSCs.
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编辑人员丨1天前
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基于生物信息学筛选唐氏综合征胎儿脑病变相关基因及信号通路
编辑人员丨1天前
目的:基于生物信息学分析,筛选唐氏综合征(DS)胎儿脑病变相关基因及信号通路,探究其在DS神经病变发生发展中的潜在作用机制。方法:回顾性研究。2021年12月从基因表达数据库下载数据集GSE59630,利用R软件筛选DS和正常胎儿脑组织之间的差异表达基因(DEGs),并对其进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析和基因集富集分析(GSEA)。利用基因相互作用检索工具在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络,确定核心模块及核心基因。采用实时定量聚合酶链反应在3对22~33周龄DS和正常胎儿脑组织中验证神经退行性变相关核心基因的表达变化。结果:从DS和正常胎儿脑组织中共筛选出225个DEGs,其中18个为上调基因,207个为下调基因。GO功能富集分析显示DEGs主要富集在神经发生、神经元凋亡、转录调控、线粒体能量代谢等过程,KEGG通路富集分析显示DEGs与多种神经退行性疾病有关,GSEA提示细胞凋亡、炎症反应在DS神经病变发生中发挥重要作用。根据PPI网络筛选出10个核心基因,主要与组蛋白乙酰化和转录调控相关。经组织验证,其中 RAB8A、TBP、TAF6表达变化趋势与芯片数据相一致。 结论:通过胎儿脑组织转录组学分析筛选出的核心基因及关键信号通路,有助于全面了解DS神经病变发生的分子机制,为探索DS神经发育异常和智力低下的临床诊断及治疗靶点提供了新的方向。
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编辑人员丨1天前
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脓毒血症患者急性肺损伤的差异基因表达分析
编辑人员丨1天前
目的:借助生物信息学分析脓毒血症患者急性肺损伤(ALI)的差异基因,为临床的进一步研究提供理论支持。方法:首先下载基因芯片数据集GSE10474,并使用limma包对数据进行了标准化处理,接着利用贝叶斯算法筛选脓毒血症和ALI的差异靶点基因并对其结果进行可视化处理,之后利用R的ClusterProfile包对所筛选出的差异基因进行功能注释(GO)和通路分析(KEGG),最后借助string数据库和cytoscape软件对差异基因进行蛋白互作网络分析并构建及识别网络中的核心驱动基因。结果:脓毒血症合并ALI组( n=13)和单纯脓毒血症组( n=21)数据经标准化处理前,其基线较为紊乱,而在进行标准化处理后,基线基本趋于一致。初步筛选出73个差异基因(45个上调基因和28个下调基因)。前10个差异基因中,上调基因为BTNL8、CDKN1A、TREM1、TAK1、H4FH,下调基因为CYBRD1、HOPX、UPB1、NME8、FAR2;且前10个差异基因在脓毒血症患者和脓毒血症合并ALI患者中的表达差异有统计学意义。GO富集分析可见这些差异基因主要富集在反式高尔基网络膜、细胞膜腔侧以及IRE1介导的未折叠蛋白反应中。KEGG分析其通路信号有3条,即ZAP-70酪氨酸激酶、CD3和TCR Zeta链的磷酸化以及PD-1信号通路。string数据库和cytoscape软件分析发现FCGR2B、HLA-DQB1、HLA-DRA、CD74、CD86、CD4、SEC31A与其他基因存在较强的互作关系。 结论:应用生物信息学可有效分析脓毒血症患者合并ALI的差异基因,为研究脓毒血症的发病机制提供一定方向。
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编辑人员丨1天前
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乳腺癌扩增基因1与雄激素受体表达与乳腺癌他莫昔芬耐药的关系
编辑人员丨1天前
目的:探讨乳腺癌扩增基因1(AIB1)和雄激素受体(AR)表达在雌激素受体(ER)阳性乳腺癌他莫昔芬(TAM)疗效中的意义。方法:本研究为回顾性病例研究,收集天津医科大学肿瘤医院2008年6月至2013年7月188例病理诊断ER阳性乳腺癌组织,均为女性,年龄25~87岁,采用免疫组化方法(IHC)检测AIB1及AR在188例乳腺癌患者组织中的表达情况,分析二者与TAM疗效及耐药的关系,并通过基因表达研究交互式分析(GEPIA)数据库验证本研究的结果。结果:TAM治疗的总有效率为80.3%。TAM治疗有效率在AR阳性组、阴性组中分别为79.6%(109/137)、82.4%(42/51),差异无统计学意义( P=0.669)。TAM治疗有效率在AIB1高表达组为68.4%(67/98),AIB1低表达组为93.3%(84/90),差异有统计学意义( P<0.001),显示AIB1高表达患者容易对TAM产生耐药。TAM在AR阴性AIB1低表达、AR阴性AIB1高表达,AR阳性AIB1低表达以及AR阳性AIB1高表达四组中的治疗有效率分别为89.7%(26/29)、71.4%(15/21)、96.7%(59/61)、66.2%(51/77),低表达组与高表达组比较差异有统计学意义( P<0.001)。 结论:AIB1表达与乳腺癌TAM疗效具有相关性,其高表达易产生TAM耐药,而AR阳性且AIB1高表达更易引起TAM耐药,并且AIB1可作为乳腺癌TAM治疗疗效的影响因素。
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编辑人员丨1天前
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miR-4695-5p在结直肠癌患者血清中的表达及其对结直肠癌细胞增殖和侵袭的作用机制研究
编辑人员丨1天前
目的:探讨微小RNA(microRNA)-4695-5p在结直肠癌患者血清中的表达及其对结直肠癌CACO-2细胞增殖与侵袭的影响。方法:选取2018年3月—2021年11月郑州大学附属洛阳市中心医院胃肠外科收治的结直肠癌患者血清标本43例,以43例门诊体检健康者的血清为对照。采用实时定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测结直肠癌患者血清和体检健康者血清中的相对表达量。将miR-4695-5p过表达质粒或阴性对照质粒转染CACO-2细胞,即miR-4695-5p组和对照组,qRT-PCR验证转染效率。CCK8法及Transwell实验分别检测过表达miR-4695-5p对CACO-2细胞增殖及侵袭能力的影响。双荧光素酶报告基因实验验证miR-4695-5p与Ras相关的C3肉毒素底物1(RAC1)的靶向结合关系。qRT-PCR和Western blotting分别检测过表达miR-4695-5p对 RAC1基因及Wnt/β-Catenin信号通路蛋白表达的影响。采用SPSS 28.0软件进行统计分析。正态分布的计量资料以均数±标准差( ± s)表示,组间比较采用 t检验,多组间比较采用方差分析。 结果:结直肠癌患者血清中miR-4695-5p表达水平明显低于体检健康者( P<0.01)。对照组和miR-4695-5p组中miR-4695-5p相对表达量分别为1.09±0.65和8.83±2.03,miR-4695-5p组CACO-2细胞中miR-4695-5p表达水平是对照组的8.10倍,过表达miR-4695-5p的CACO-2细胞构建成功( P<0.01)。与对照组比较,miR-4695-5p组CACO-2细胞的增殖能力明显下降( P<0.05),CACO-2细胞的侵袭能力明显降低( P<0.01)。生物信息学工具和双荧光素酶报告基因实验证实miR-4695-5p能够与RAC1靶向结合( P<0.01)。与对照组相比,miR-4695-5p组 RAC1基因表达明显下降( P<0.01),Wnt/β-Catenin信号通路蛋白Wnt3a、β-catenin、c-MYC表达显著下降。 结论:miR-4695-5p在结直肠癌患者血清中呈低表达状态,miR-4695-5p通过靶向抑制 RAC1基因表达下调Wnt/β-Catenin信号通路活性,从而抑制结直肠癌CACO-2细胞的增殖与侵袭。
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编辑人员丨1天前
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宫颈腺癌中ProEXC和PRMT5的表达及其临床意义
编辑人员丨1天前
观察ProEXC蛋白和PRMT5蛋白在宫颈腺癌及癌旁组织中的表达,探讨ProEXC和PRMT5的表达与宫颈腺癌辅助诊断及临床病理参数间的关系。收集苏州大学附属第二医院2015—2020年确诊的宫颈腺癌标本88例,采用免疫组化的方法分别检测宫颈腺癌及癌旁组织中ProEXC和PRMT5的表达并进行分析。利用肿瘤基因组图谱数据库(TCGA)分析ProEXC和PRMT5与宫颈腺癌患者的预后相关性及其相关的基因通路。选取基因表达数据库(GEO)中GSE39293数据集,对宫颈腺癌细胞株(HELA)经抗病毒药物处理前后ProEXC和PRMT5的表达量进行了对比分析。在宫颈腺癌组织中,ProEXC蛋白表达率(95.5%比4.6%, P<0.001)和PRMT5蛋白表达率(81.8%比26.1%, P<0.001)均高于癌旁组织,且其表达均与肿瘤的T分期、有无淋巴结转移及有无人乳头瘤病毒(HPV)感染相关( P<0.05)。TCGA数据库分析显示,PRMT5和ProEXC中MCM2高表达患者的总体生存率较低表达患者低(均 P<0.05)。在GSE39293数据集中,经西多福韦处理后细胞中MCM2的表达减少(9.34比9.68, P<0.001),PRMT5表达量下降,但差异无统计学意义(8.16比8.26, P=0.087),TOP2A表达无明显改变(8.54比8.42, P=0.056)。耐药组中PRMT5(8.42比8.16, P=0.002)和MCM2(9.51比9.34, P=0.029)表达增加,而TOP2A表达下降(8.06比8.54, P<0.001)。GSEA分析提示ProEXC高表达主要影响细胞周期通路,而PRMT5高表达主要影响RNA剪接体通路。本研究发现,ProEXC蛋白和PRMT5蛋白在宫颈腺癌组织中呈高表达且高表达组预后更差,与宫颈腺癌临床病理特征有一定相关性,可能与其影响细胞周期和RNA合成通路有关,提示其可能在宫颈腺癌的进展中发挥重要作用。
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编辑人员丨1天前
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不同剂量率 60Co γ射线照射对人外周血辐射敏感基因表达变化的影响
编辑人员丨1天前
目的:探讨不同剂量率 60Co γ射线照射对辐射诱导的基因表达水平改变的影响。 方法:60Co γ射线照射3例正常人离体外周血,剂量率分别为0.2、1.0和2.0 Gy/min,照射剂量为0、1、2、4和6 Gy,照射后24 h收集细胞,实时荧光定量(PCR)法对11个基因(CDKN1A、MDM2、PCNA、FDXR、GADD45A、PHPT1、ASTN2、TNFSF4、POLH、GDF-15和PPM1D)mRNA表达水平进行相对定量检测;逐步回归法构建不同剂量率基因组合表达模型。 结果:不同剂量率0.2、1和2 Gy/min 60Co γ射线照射后,辐射诱导的11个基因的相对表达量随照射剂量增加而升高,具有显著的剂量依赖性( R2=0.744~0.998, P< 0.05);0.2 Gy/min 60Co γ射线照射2 Gy后,CDKN1A、FDXR、PHPT1和TNFSF4基因的表达量明显高于1和2 Gy/min剂量率组,差异具有统计学意义( t=3.73、5.73、2.44、2.77、3.53、2.68、2.43、2.05, P< 0.05);2 Gy/min 60Co γ射线照射6 Gy后,PPM1D基因表达量明显高于其他两个剂量率组( t=3.82、2.54, P< 0.05);不同剂量率基因组合表达模型由2~3个基因组成,回归方程的 R2值为0.951~0.976( P< 0.05)。 结论:在0.2~2 Gy/min剂量率范围内,不同剂量率 60Co γ射线照射可能会影响辐射诱导人外周血基因表达水平的改变。
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编辑人员丨1天前
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外泌体在卵母细胞发育及相关疾病中的研究进展
编辑人员丨1天前
外泌体是源自细胞膜系统的囊泡,起源于内体多囊泡体,释放到组织液中。外泌体作为细胞间通信的载体,含有蛋白质、脂质、源自其供体细胞质的编码或非编码RNA。卵泡是卵母细胞发育的重要微环境,在卵母细胞发育过程中,物质通过细胞外囊泡进行卵母细胞与卵泡周围卵丘和颗粒细胞之间的物质传递,从而调节卵母细胞的基因表达。在正常和病理条件下,外泌体由多种细胞释放,参与多种疾病的发生发展,可作为疾病的候选生物标志物及治疗干预的潜在目标。本文阐述了外泌体中的微小RNA、长链非编码RNA及环状RNA等成分在卵母细胞发育状态中的作用机制及其在卵巢、子宫相关生殖系统疾病如多囊卵巢综合征、卵巢癌、子宫内膜异位症中的变化。针对外泌体的检测可以深入了解卵母细胞发育状态,有助于疾病的预防、诊断和治疗。
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编辑人员丨1天前
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单细胞测序技术在自身免疫病中的研究进展
编辑人员丨1天前
单细胞测序技术是新近生物学领域一项前沿技术,能够揭示单个细胞的基因序列和表达修饰,反映细胞间的异质性,正成为生命科学领域的焦点研究方法。免疫系统的单细胞测序研究作为细胞形态学和功能学等传统方法的补充,通过分析免疫细胞的基因表达状态,获取其中的可变剪切和特异转录本,从而发现新的细胞类型,揭示免疫细胞发育谱系,鉴定决定免疫反应的基因模块和调控程序,从单细胞生物学水平更深层次阐明自身免疫病的发病机制,从而探寻新的治疗策略。本文对单细胞测序在自身免疫病研究中的最新进展予以综述。
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编辑人员丨1天前
