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基于ChIP-seq技术分析心肌成纤维细胞中KDM5A调控的下游靶基因网络
编辑人员丨2023/10/21
目的 探讨KDM5A调控心肌成纤维细胞生物学功能的潜在机制.方法 获取2019年1 月—2020年3月于蚌埠医学院第一附属医院心脏外科就诊的扩张型心肌病患者的心室肌组织.分离培养心肌纤维化患者的心肌成纤维细胞,采用染色质免疫共沉降测序(ChIP-seq)对细胞中KDM5A富集的DNA序列进行分析,对筛选出的差异基因进行基因本体论(GO)分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果 KDM5A 的结合峰在基因启动子区、内含子区和外显子区所占的比例分别为14.59％、44.14％和1.84％.其中,≤1 kb、＞1～2 kb和＞2～3 kb 的启动子区比例分别为5.91％、4.56％和4.12％.KDM5A结合在第一内含子区和其他内含子区的比例分别为12.19％和31.95％.KDM5A结合峰相对于转录起始位点(TSS)的分布主要集中在-3～3 kb,在TSS坐标-1.0 kb和2.5 kb处的reads计数频率最大.利用Homer软件分别识别出KDM5A结合的motif保守序列包括FOXE1、PB、ZNF460等20个.GO功能注释分析提示,与KDM5A结合的基因涉及细胞形态发生的调控、轴突发育、神经元投射发育的调节、细胞质膜蛋白复合物、阳离子通道、肌动蛋白骨架、金属离子跨膜转运蛋白活性、阳离子跨膜转运蛋白活性、GTP酶结合等.KEGG信号通路富集结果显示,KDM5A相关基因显著富集在磷脂酶D信号通路、胆碱能突触、钙信号通路、Wnt信号通路、生长激素的合成、分泌和作用、胰岛素分泌、ErbB 信号通路、Rap1 信号通路等通路.结论 KDM5A通过调节基因的转录表达,调控信号通路表达,进而影响心肌成纤维细胞功能,参与心肌纤维化的发生与发展.
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编辑人员丨2023/10/21
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端粒相关蛋白PinX1和磷酸化激酶Aurora A的相互作用
编辑人员丨2023/8/5
目的:鉴定端粒相关蛋白PinX1与有丝分裂期极光激酶(Aurora A)的相互作用及其功能,进一步研究PinX1调控参与细胞有丝分裂期的具体机制.方法:以pGBKT7-PinX1为诱饵对人HeLa细胞cDNA文库进行筛选,对筛选到的结果进行测序分析;构建Aurora A原核及真核表达质粒;采用免疫共沉淀及蛋白质体外沉降实验进行相互结合研究;采用体内磷酸化实验验证Aurora A是否能磷酸化修饰PinX1;免疫荧光染色实验检测Aurora A与PinX1是否存在共定位.结果:酵母双杂交结果发现了3个新的PinX1相互作用蛋白;免疫共沉淀及体外沉降实验证实PinX1与Aurora A存在相互结合;免疫荧光染色实验证实PinX1与Aurora A在细胞内存在共定位;磷酸化实验证实Aurora A能够磷酸化修饰PinX1.结论:Aurora A是一个新的PinX1结合蛋白;Aurora A能够磷酸化修饰PinX1;PinX1可能通过Aurora A磷酸化修饰参与细胞有丝分裂期调控.
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编辑人员丨2023/8/5
