目的:探讨线粒体DNA（mtDNA）控制区D环（D-loop）的突变与瘢痕疙瘩的相关性。方法:收集2016—2019年昆明医科大学第一附属医院皮肤科门诊瘢痕疙瘩患者216例，提取患者外周血总DNA及25例患者的瘢痕疙瘩组织、瘢痕疙瘩旁正常组织的总DNA。以云南大学附属医院体检中心无瘢痕疙瘩的健康体检者299例外周血样本数据作为对照。对mtDNA D-loop区进行PCR扩增及Sanger测序，并与修正后的剑桥参考序列（rCRS）比对，获得每个样本的突变位点。根据Phylotree-mtDNA tree Build 17，对2组人群进行单倍型类群划分。比较瘢痕疙瘩组织、瘢痕疙瘩旁正常组织及自身外周血mtDNA的D-loop区突变。使用network 5.0软件制作中介网络图，采用二元logistic回归分析单倍型类群频率与瘢痕疙瘩发病的相关性， χ2、 t及 t′检验分析临床数据。 结果:216例瘢痕疙瘩患者mtDNA可划分为10个单倍型类群：A、B、D、R9、G、M*、M7、M8、M9、N9，其中R9分布频率最高（21.3%，46/216），M9分布频率最低（0.9%，2/216）。瘢痕疙瘩患者的单倍型类群M7和N9的分布频率均显著低于对照人群（ P=0.040， OR=0.248，95% CI：0.066~0.937； P=0.048， OR=0.191，95% CI：0.037~0.986）。中介网络图显示，瘢痕疙瘩患者和对照人群的单倍型类群M7具有不同的分布模式。单倍型类群M7患者的发病部位数比非M7患者少（ P=0.000 1），且发病年龄比非M7患者小（ P=0.045）。 结论:单倍型类群M7与瘢痕疙瘩的发生具有相关性，可能是瘢痕疙瘩发生的潜在保护性因素。

线粒体作为独立存在于细胞核外唯一具有DNA的代谢性细胞器，在结直肠癌的发生发展过程中起到重要的作用。而结直肠癌与线粒体DNA(mtDNA)的相关性研究亦层出不穷，mtDN控制区(D-loop)作为其转录与复制的起始位点成为该研究领域的热点之一。本文试从D-loop区的突变、多态性、甲基化、微卫星不稳定以及拷贝数改变等方面综述其与结直肠癌相关性研究进展。目前的研究证明肿瘤D-loop区突变的存在与不良预后相关，且可作为Ⅲ期结直肠癌患者术后辅助化疗效应的预测因子。高变区段1(HV1)中核苷酸16290T的次要单倍型和核苷酸16298T的频繁单倍型与结直肠癌的高生存率相关，其中16 290位点的多态性被认定可作为结直肠癌预后的独立预测因子。该区域的去甲基化可能参与到mtDNA拷贝数和NADH脱氢酶亚单位2(ND-2)表达的调节，且其微卫星不稳定(mtMSI)与基于氟尿嘧啶的辅助化疗的耐药性及不良预后相关。D-loop区作为mtDNA的重要转录起始区域，深入而全面的研究势必有助于我们了解其在结直肠癌的发病以及进展过程中的作用，并进一步为临床的诊断、治疗提供指导。

[目的]测定花胸姬蜂Gotra octocinctus线粒体全基因组序列,分析并探讨其基因组结构及姬蜂总科(Ichneumonoidea)的系统发育关系.[方法]采用Illumina NovaSeq测序平台,首次对花胸姬蜂线粒体全基因组进行测序,分析其基因组结构特点和碱基组成.基于13个蛋白编码基因序列,结合GenBank已有的姬蜂总科47个种的完整线粒体基因组序列,选取小蜂总科(Chalcidoidea)2个物种线粒体基因组序列作为外群,分别使用贝叶斯法(Bayesian inference,BI)和最大似然法(maximum likelihood method,ML)构建姬蜂总科系统发育树.[结果]花胸姬蜂线粒体基因组全长16 003 bp(GenBank登录号:OP850580.1),由22个tRNA基因、13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和1个控制区(control region,CR)组成.线粒体基因组碱基组成呈现明显的AT偏向性,AT偏斜和GC偏斜均小于0.花胸姬蜂线粒体基因组存在4处基因重排,基因组中有13处基因重叠区,共85 bp,以及17处基因间隔区,共1 072 bp.基于13个PCG序列构建的系统发育树显示,优姬蜂亚科(Eucerotinae)为自然单系群,蚜茧蜂亚科(Aphidiinae)与茧蜂科(Braconidae)的"圆口类"构成姐妹群.[结论]本研究测定并分析了花胸姬蜂线粒体全基因组序列,发现姬蜂科(Ichneumonidae)昆虫线粒体基因组普遍存在trnI-trnQ-trnM区域的基因重排现象,为进一步系统的研究姬蜂总科线粒体基因组提供数据支持.

为明确红胸黑翅萤(Luciola kagiana Matsumura,1928)(Coleoptera:Lampyridae)的线粒体基因组结构及熠萤亚科的分子系统发育关系,本研究对红胸黑翅萤的线粒体基因进行了测序、组装、注释和特征分析.结果表明,红胸黑翅萤的线粒体基因组全长为16 317 bp,包含了13个蛋白编码基因(proteincoding genes,PCGs)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一个非编码控制区.对21种萤火虫(其中19种为熠萤亚科,2种为萤亚科)的线粒体基因组的组成和结构进行分析,分析结果表明,萤科(Lampyridae)昆虫线粒体基因组组成和结构的基本特征一致,但在线粒体全长、控制区长度、A+T含量偏向性以及基因间隔特征上在亚科间存在一定的差异性.利用最大似然法构建基于这21种萤火虫的13个PCGs的系统发育树,结果显示,红胸黑翅萤与熠萤属(Luciola)萤火虫聚类在一个分支上;熠萤亚科与萤亚科萤火虫各自聚成一个分支;熠萤亚科间同属的萤火虫种类都分别单独形成一个分支.本研究表明分子分类技术能极大地促进萤火虫分类学系统的完善,提升萤火虫分类的便利性和准确性.

蚤亚科(Pulicinae)隶属于蚤目(Siphonaptera)蚤总科(Pulicoidea)蚤科(Pulicidae),是啮齿动物和猫犬常见的嗜血性体外寄生虫.已测定的蚤亚科共3属5种(猫栉首蚤、犬栉首蚤、东洋栉首蚤、印鼠客蚤和人蚤),其线粒体基因组的结构特征和变异情况具有以下特点:线粒体基因组保留了节肢动物典型的排列模式,未发生基因缺失、增加和重排现象;AT含量较高,且AT-偏斜和GC-偏斜均为负值,与大多数全变态类昆虫一样,密码子使用度具有明显的偏好性;人蚤的丝氨酸转运RNA(trnS1)呈典型的三叶草结构,其余物种与后生动物一样trnS1缺失D-臂,且5种蚤亚科物种的trnS1以UCU为反密码子代替了常见的GCU;蚤亚科控制区偏大,最大可达7 kb以上,主要以二核苷酸重复为主,NADH脱氢酶亚基4(nad4)～nad4L之间存在7 bp的保守重叠区,与多数全变态类昆虫一致.本文以期对今后蚤亚科在全变态类昆虫中的演化提供参考.

为探究光眉刺蛾Narosa fulgens(Leech,1889)的线粒体基因组结构及刺蛾科的系统发育关系,利用下一代测序方法获得光眉刺蛾线粒体全基因组序列.系统发育分析中使用斑蛾总科16个物种作为内群,并选择木蠹蛾科和网蛾科各 1个物种作为外群,利用最大似然法和贝叶斯法重建刺蛾科的系统发育关系.光眉刺蛾的线粒体基因组包含37个基因(13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因和2个核糖体RNA基因)和1个非编码控制区,全长为15 296 bp(GenBank登录号:OP919326).光眉刺蛾线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的起始密码子除cox1利用CGA开头外,其余蛋白质编码基因都是以ATN开头,终止密码子除cox2和nad4以不完整的T结尾外,其余蛋白质编码基因都是以TAA和TAG结尾.除trnS1因缺少DHU臂而形成一个简单的环,无法形成稳定的三叶草结构外,其余转运RNA基因均能形成典型的三叶草结构.rrnL的全长为1 335 bp,A+T含量为85.24％.rrniS的全长为732 bp,A+T含量为84.70％.两个方法构建的系统发育树的结果均表明:斑蛾科和刺蛾科为单系群,光眉刺蛾与龟形小刺蛾Narosa nigrisigna为姐妹群.

随着嘉陵江航道渠化工程建设逐步完成,由此造成的嘉陵江水生生境破碎化、鱼类资源衰退等问题日益凸显.在这种情形下,鱼类的遗传多样性是否受到影响,是非常令人关心的问题.2018年7-12月于嘉陵江干流朝天区(CT)、苍溪县(CX)、蓬安县(PA)、合川区(HC)4个区域采集蛇鮈(Saurogobio dabryi)样本113尾,以线粒体控制区序列和微卫星位点为分子标记,研究梯级水利工程背景下蛇鮈种群的遗传多样性与遗传结构.结果显示:在遗传多样性分析中,无论是线粒体数据还是微卫星标记,下游江段HC种群的遗传多样性参数(PIC=0.543,π=0.0264,Hd=0.940)均显著高于中上游江段CT、CX和PA种群,推测这种现象可能与HC种群地处于长江干流交汇口有关;相反处于上游江段的CT种群的遗传多样性和单倍型数量均较高,推测可能与近期种群扩张有关;在种群结构分析中,CT、CX和PA处于同一分支,HC种群成为独立一支,单倍型网络图和系统发育分析显示同样结果,推测与水利工程导致的地理隔离与开闸放水形成向下的基因流向有关.

线粒体基因组有助于对巢蛾总科的分子进化和系统发育的理解.本研究测序、分析了Atteva charopis Turner,1903的线粒体全基因组,并基于线粒体基因组的核苷酸和氨基酸数据重建了巢蛾总科的系统发育关系.在系统发育分析中,内群取样包含巢蛾总科的 10 种昆虫,外群选择 2 个谷蛾总科Tineoidea(Phyllocnistis citrella和Caloptilia theivora)昆虫;分别利用最大似然法和贝叶斯法重建巢蛾总科的系统发育关系.Atteva charopis的线粒体基因组全长为 15 163 bp(GenBank序列号:OQ130005),包含 37 个基因(13 个蛋白质编码基因、2 个核糖体RNA基因和 22 个转运RNA基因)和一段非编码控制区.与假定昆虫的trn基因(trnI-trnQ-trnM)相比,该线粒体基因出现了trn基因重排(trnI-trnM-trnQ).两种不同的系统发育分析方法构建的系统发育关系树显示,潜叶蛾科、Praydidae和斑巢蛾科为单系群,而菜蛾科为非单系群,斑巢蛾科和Praydidae亲缘关系较近,Atteva charopis与Atteva aurea形成姐妹群.本研究结果可为深入研究巢蛾总科的系统发育提供线粒体基因组数据.

为厘清异尾次目(Anomura)寄居蟹总科(Paguroidea)分类及系统发育关系,研究测定分析了活额寄居蟹科(Diogenidae)刺足真寄居蟹(Dardanus hessii)的线粒体基因组全序列,并与其他已公布的16种寄居蟹总科线粒体基因组进行了比较分析.所有寄居蟹总科种类线粒体基因组均包含37个基因和1段长的非编码控制区.线粒体基因组相似性及共线性分析显示所有17种寄居蟹总科的线粒体基因组均经历了基因重排.重排可分为7种类型,其中寄居蟹科(Paguridae)占4种,活额寄居蟹科2种,门螯寄居蟹科(Pylochelidae)l种.遗传距离、序列相似性及系统发育树均显示长腕寄居蟹(Pagurus filholi)与日本寄居蟹(Pagurus japonicus)为同一物种,暗示其中至少有一个物种鉴定有误.系统发育树显示活额寄居蟹科物种并未聚为一支,其中下齿细螯寄居蟹(Clibanarius infraspinatus)与整个陆寄居蟹科(Coenobitidae)聚为一支,表明活额寄居蟹科为并系群.研究结果不仅有助于更好地理解寄居蟹总科的线粒体基因重排和系统发育,并为线粒体基因重排作为系统发育分子标记的适用性提供了见解.

[目的]元宝枫刺胫广肩小蜂Eurytoma acutibialis Yang,Liu et Cao是我国元宝枫种实Acer truncatum的主要害虫元宝枫籽象Bradybatus sp.的寄生蜂,是调查元宝枫籽象时发现的一个新种,在控制元宝枫籽象上可发挥重要作用.为进一步了解该新寄生蜂,测定和分析元宝枫刺胫广肩小蜂的线粒体全基因组序列,从而为膜翅目(Hymenoptera)小蜂总科(Chalcidoidea)广肩小蜂科(Eurytomidae)昆虫系统分类和发育系统关系等研究提供分子生物学证据.[方法]采用Illumina HiSeq?4000测序平台测定元宝枫刺胫广肩小蜂线粒体全基因组序列,并进行拼接、注释和分析.基于膜翅目小蜂总科40种昆虫线粒体的13个蛋白质编码基因(protein-coding genes,PCGs)的核苷酸序列,应用贝叶斯法(Bayesian inference,BI)和最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统发育树,分析元宝枫刺胫广肩小蜂与小蜂总科其他昆虫的系统发育关系.[结果]元宝枫刺胫广肩小蜂线粒体基因组全长15 849 bp,A+T含量为82.00％,由37个基因组成,包括13个PCGs、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区(control region,CR).13个PCGs中,使用频率由高到低的氨基酸依次为Leu,Ile,Met,Phe和Asn;13个PCGs均以标准的ATN(ATT,ATG和ATA)为起始密码子,并以传统的TAA/TAG为终止密码子.22个tRNA基因中,trnI缺受体臂,trnF缺TΨC臂,trnS1缺DHU臂,trnS2的DHU臂仅形成一个简单的环,其他均为典型的三叶草结构.基因发生显著重排,其中基因簇nad2-nad1-cytb-nad6-nad4L-nad4-nad5发生倒置,16个tRNA基因出现重排.系统发育分析的结果高度支持广肩小蜂亚科(Eurytominae)的单系性,并显示元宝枫刺胫广肩小蜂与Eurytoma sp.ZJUH 2016013亲缘关系最近.[结论]首次获得元宝枫刺胫广肩小蜂线粒体全基因组序列;基于线粒体基因组的系统发育分析结果表明元宝枫刺胫广肩小蜂隶属于膜翅目广肩小蜂科广肩小蜂属Eurytoma,支持传统形态学分类结果.