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基于m 6A相关lncRNA的女性肺腺癌预后风险模型
编辑人员丨1周前
目的:建立m 6A相关长链非编码RNA(lncRNA)女性肺腺癌患者的预后风险模型，并分析有代表性的m 6A相关lncRNA在女性肺腺癌患者治疗和预后中的作用。 方法:从TCGA数据库下载女性肺腺癌患者的RNA表达数据(291例肿瘤组织和34例正常组织)和临床数据(280例)。采用limma包分析23个m 6A甲基化修饰基因的表达情况。根据TCGA上关于基因集合ID的说明，检索并收集女性肺腺癌lncRNA表达的数据。从GENCODE下载m 6A调节基因的转录组学数据。采用共表达相关性分析筛选m 6A相关lncRNA。采用limma包对筛选的m 6A相关lncRNA进行差异分析。采用survival、Cox回归分析包进行Kaplan-Meier、单因素和多因素Cox回归分析、受试者操作特征曲线[曲线下面积(AUC)>0.65]分析，进一步筛选预后lncRNA。选取AUC最大的lncRNA(AP001981.2)作为代表性的m 6A相关lncRNA，用于确认预测特征。采用rms包，通过将AP001981.2表达水平与年龄和临床分期相结合建立列线图。采用校准曲线检验预测与现实之间的一致性。按照AP001981.2的logFC进行分组，logFC>0为高表达组(131例)，logFC<0为低表达组(131例)。采用oncoPredict包进行2组患者的药物敏感性分析。通过enrichplot包行基因集富集分析，探讨AP001981.2的参与通路。 结果:23个m 6A调节器分子中有15个基因差异表达，其中有6个基因表达下调，9个基因表达上调。共识别了16 876个lncRNA，并鉴定出了2 910个m 6A相关lncRNA，其中有1 156个差异表达m 6A相关lncRNA。经Kaplan-Meier、单因素Cox回归分析筛选，共有17个与女性肺腺癌患者预后相关的lncRNA。多因素Cox分析显示有10个lncRNA可作为独立预后因子，其中9个lncRNA可作为独立危险因子(AL157931.1、AL359853.1、AC007128.1、AC005618.1、LINC01138、AC103591.4、AP001981.2、AC243772.2和AC078983.1)，1个lncRNA可作为独立保护因子(AC018529.1)。选择AUC最大(0.736)的AP001981.2作为代表性的m 6A相关lncRNA。构建了预测女性肺腺癌患者1、3、5年生存率的列线图，校准图显示列线图预测与实际观察之间的良好一致性。低表达组和高表达组患者对11种药物(UMI-77、BMS-754807、AZD8055、Sabutoclax、Entinostat、PRT062607、ABT737、WEHI-539、Doramapimod、Elephantin、GSK269962A)的敏感性比较，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。AP001981.2参与α-亚麻酸代谢、致心律失常性右心室心肌病、胰岛素信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路和血管平滑肌收缩相关代谢通路。 结论:构建了一个m 6A相关lncRNA女性肺腺癌预后风险模型。AP001981.2作为代表性的m 6A相关lncRNA参与肿瘤相关通路，是潜在的治疗靶点，也是女性肺腺癌预后的独立危险因子。
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编辑人员丨1周前
