利用生物信息学方法筛选与宫颈癌发生、发展和预后相关的血管生成相关基因(angiogenesis related gene,ARG),并进行相关预后风险模型的构建与验证.首先,从TCGA数据库中检索宫颈癌患者的表达谱和临床特征,并提取差异表达的ARG;其次,采用Lasso Cox回归筛选预后ARG,构建相关预后模型;再次,使用GSE52903和GSE44001数据集进行外部验证;最后,利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)探讨宫颈癌预后机制.筛选结果显示,共获得15个预后ARG,分别为EFNA1、ITGA5、EPHB4、NRP1、CDH5、PLAU、BMP6、DLL4、JUN、CA9、MMP1、BAIAP2L1、SERPINF1、F2RL1 和 FGFR2.GSE52903 和 GSE44001 数据集的Ka-plan-Meier 生存曲线显示,高风险组的总生存期(overall survival,OS)(P=0.005)和无病生存期(disease-free sur-vival,DFS)(P＜0.001)显著低于低风险组.受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析结果显示,GSE52903验证集在1年、3年和5年的曲线下面积(area under the curve,AUC)值分别为0.84、0.77和0.73,C-指数为0.72;GSE44001验证集在1年、3年和5年的AUC值分别为0.71、0.72和0.70,C-指数为0.70,说明该模型对患者预后具有很强的预测效能.GSEA分析富集的通路主要涉及DNA复制、细胞外基质(extracel-lular matrix,ECM)受体相互作用、补体和凝血级联等,这些过程与宫颈癌发生、发展紧密相关.以上结果表明,这15个关键ARG可能是宫颈癌预后潜在的生物标志物.

目的 从生物信息学角度分析脑组织特异性血管生成抑制因子1关联蛋白2同类基因2(BA-IAP2L2)在肝癌(LIHC)中的表达模式与预后关系、及其潜在的作用机制,并在临床病例中探讨其在LIHC中的表达与临床特征的相关性.方法 在TCGA、GEPIA、GEO和TIMER数据库分析BAIAP2L2在泛癌组织和正常组织的差异表达情况,通过单因素和多因素回归分析BAIAP2L2的表达与预后的关系,采用Spearman分析法评估BAIAP2L2表达与肿瘤的基因组不稳定性的相关性;通过ssGSEA算法和KEGG富集分析与BA-IAP2L2表达相关的信号通路.在临床病例中,采用免疫组化方法检测BAIAP2L2在55例LIHC组织、癌旁组织和10例正常肝组织的表达,分析其表达与病理特征、预后的相关性.结果 BAIAP2L2在泛癌中普遍高表达,与相应癌旁组织、正常组织的表达有差异,与肾上腺皮质癌(ACC)、低级别胶质瘤(LGG)、间皮瘤(MESO)、前列腺癌(PRAD)、黑色素瘤(SKCM)、子宫内膜癌(UCEC)、葡萄膜黑色素瘤(UVM)等7种肿瘤的不良预后显著相关.BAIAP2L2的表达水平与食管癌(ESCA)、胰腺癌(PAAD)、UCEC的肿瘤突变负荷(TMB)正相关(P＜0.05);与胆管癌(CHOL)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBC)、UVM和LGG的微卫星含量(MSI)正相关(P＜0.05),与结直肠癌(READ)的MSI负相关(P＜0.05).BAIAP2L2主要参与了LIHC中16条信号通路调控,与鞘糖脂生物合成/新乳糖合成、G2/M期检查点、肿瘤增殖、鞘脂代谢和糖胺聚糖生物合成硫酸角蛋白等通路正相关,与脂肪酸降解、初级胆汁酸生物合成、β-丙氨酸代谢、生物素代谢、丁酸代谢、赖氨酸降解、D-精氨酸/D-鸟氨酸的代谢、硒化合物代谢、缬氨酸/亮氨酸/异亮氨酸的降解、色氨酸代谢和咖啡因代谢等通路负相关.临床病例资料显示,LIHC组织BAIAP2L2的表达明显高于癌旁组织(P＜0.000 1)和正常肝组织(P=0.003 6),与LIHC的肿瘤数目(P=0.038)、直径(P=0.010 1)和分化程度(P=0.031 4)相关;BAIAP2L2高表达组的术后总生存期低于低表达组(P=0.018 2);单因素分析结果表明,BAIAP2L2表达水平与LIHC患者生存预后相关.结论 BAIAP2L2通过调控TMB、MSI和多种信号通路促进肿瘤的发生、发展.BAIAP2L2在LIHC表达水平显著高于对应的癌旁组织和正常肝组织,与肿瘤数目、直径和分化程度密切相关,是促进肿瘤进展和导致不良预后的重要因素.

目的:探讨高氨诱导的肝细胞中凋亡相关长链非编码RNA(LncRNA)表达谱的变化.方法:将人正常肝细胞LO2细胞分为3组,对照组常规培养,高氨1组、高氨2组分别用10 mmol/L氯化铵溶液诱导24、48 h,以制备高氨肝细胞模型.应用人凋亡通路LncPathTM芯片筛选3组肝细胞差异表达的LncRNA和mRNA,并进行GO注释和KEGG通路分析,使用Cytoscope构建ceRNA网络图.结果:3组间差异表达的LncRNA有8个,差异表达的mR-NA有13个.GO注释和KEGG通路分析结果显示,差异表达LncRNA及mRNA主要参与的信号通路有孕激素介导的卵母细胞成熟通路、神经营养因子信号通路、卵母细胞减数分裂和MAPK信号通路;ceRNA网络分析结果提示MAPK12是LncRNA BAIAP3的靶基因.结论:LncRNA BAIAP3可能通过靶向MAPK12在高氨致肝细胞凋亡过程中发挥重要作用.