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利用加权基因共表达网络分析构建食管腺癌预后枢纽基因网络
编辑人员丨2023/8/6
目的 利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建食管腺癌预后枢纽基因网络,筛选与食管腺癌预后相关的枢纽基因.方法 提取癌症和肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库中食管腺癌的标本数据,利用WGCNA匹配基因表达数据与临床预后数据,构建食管腺癌的基因共表达网络模块,并筛选出与预后最相关的模块和枢纽基因,再根据共表达权重系数大小在Cytoscape软件中进行可视化.结果 共获得9例正常食管组织和78例食管腺癌的标本,其中男67例,女11例;年龄28.0～86.6[68.4(58.0,77.1)]岁;TNM分期:Ⅰ期10例,ⅡA期9例,ⅡB期16例,Ⅲ期33例,Ⅳ期10例.共筛选得到的多个模块中深蓝色模块与预后最相关,在深蓝色模块中识别出19个枢纽基因(PAQR8、MAMDC4、CEP44、SCRG1、UGT2B15、NUDT9、FOLH1、SFTPB、FBXO8、TENM1、CASR、NEB、SMIM19、SLC20A2、RNF170、SCN2A、GOLIM4、ICK、DNAH2),并构建了枢纽基因的共表达网络.其中基因间共表达权重系数最大的3对基因分别是FOLH1和SCRG1、FOLH1和UGT2B15、FOLH1和SFTB.结论 利用WGCNA可识别与食管腺癌预后相关的枢纽基因,为食管腺癌的治疗提供新靶点.
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编辑人员丨2023/8/6
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二代测序检测上行型与下行型鼻咽癌中高频突变基因的研究
编辑人员丨2023/8/5
目的 本文利用二代测序(Next-generation sequencing,NGS)技术对上行型及下行型鼻咽癌基因突变特征进行分析,寻找两者间的差异,探讨高频突变基因与鼻咽癌侵袭及局部区域淋巴结转移的相关性.方法 收集2014年1月—2018年12月于贵州省人民医院确诊的鼻咽癌患者的肿瘤组织样本40例(上行型及下行型鼻咽癌各20例),进行DNA提取,采用Illumina测序平台对400个肿瘤相关基因进行捕获测序,检测突变情况,测序结果结合相关临床资料进行分析.结果 在40例鼻咽癌病理组织标本中,检测到ABCA13、CACNA1F、CELSR2、中心体蛋白170B(Centrosomal protein,CEP170B)基因在下行型鼻咽癌中突变高于上行型鼻咽癌;ABCC2、ALPK2、ASB15、ASRGL1、ATXN2L、BCL9L、C5orf42、CCDC88A、CEBPZ、CELSR3、CEP290、COL4A2、COL6A5、LGR5、LSR、SPEG基因在上行型鼻咽癌中突变高于下行型鼻咽癌.其中CEP170B在下行型鼻咽癌中突变率最高,其突变率为57％;上行型鼻咽癌组与下行型鼻咽癌组肿瘤突变负荷及肿瘤异质性差异均无统计学意义.结论 CEP170B基因在下行型鼻咽癌组高频率突变,因下行型鼻咽癌易发生淋巴结广泛多处转移,结果提示CEP170B基因可能与鼻咽癌发生局部区域淋巴结转移密切相关,可能成为鼻咽癌临床治疗的潜在靶点.
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编辑人员丨2023/8/5
