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云南省临沧市新型冠状病毒奥密克戎变异株BN.1的全基因组特征和进化分析（2022年）
编辑人员丨5天前
目的:了解2022年云南省临沧市8例SARS-CoV-2感染者的病毒全基因组测序结果及进化情况。方法:2022年10月30日至11月4日采集临沧市8例SARS-CoV-2感染者的鼻咽拭子样本进行MiniSeq illumina二代测序获得病毒的全基因组序列。应用在线分析平台判断病毒的类型，利用分子进化遗传分析软件鉴别基因的变异位点，与参考基因组进行比对，构建生物进化树。结果:8份样本ORF1ab基因的Ct值为19.16~23.64，N基因为16.71~24.08。全基因组序列显示，基因测序准确度Q30为90.1%（>80%），簇密度为256 K/mm 2。与武汉参考株（GenBank登录号：MN908947.3）序列比较，共检测出1份95处核苷酸突变位点，6份94处核苷酸突变位点，1份93处核苷酸突变位点。病毒分型结果显示，所有样本均属于奥密克戎变异株BN.1进化分支。进化分析结果显示，8份样本差异数小于3，属于同一条传播链。 结论:此次疫情病例为同一传染源，首例病例发病前有边境地区（缅甸）活动史，再结合云南省发生BN.1变异株疫情的地区均处于与缅甸交接处和基因测序结果等情况，综合分析本次疫情为境外（缅甸）输入新的病毒感染的可能性较大。
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编辑人员丨5天前
