目的 对重庆市某高校一起鼠伤寒沙门菌引起的食源性疾病暴发事件进行实验室病原学分析.方法 按照食品安全国家标准(GB 4789.4-2016)对11株沙门菌分离株进行生化和血清型鉴定;使用微量肉汤稀释法进行药敏测试;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和全基因测序(WGS)进行分子分型、毒力和耐药基因分析.结果 11株沙门菌全部为鼠伤寒沙门菌;在测试的15种抗生素中,所有菌株仅对四环素耐药;所有菌株的PFGE带型一致;WGS鉴定与血清学表型实验结果一致,所有菌株均携带2个四环素类耐药基因和10个毒力岛;溯源分析结果显示所有菌株的ST型相同,wgSNP进化树显示所有菌株可聚为一簇.结论 11株鼠伤寒沙门菌序列高度同源,说明患者、环境和食品分离株来源相同,结合流行病学调查结果判定此次食源性疾病暴发事件是由食品加工人员使用器皿生熟不分引起食品污染所致.

目的:了解吉林省HIV-1（human immunodeficiency virus-1，HIV-1）感染者治疗前基因型耐药及分子网络传播情况。方法:选取2022年治疗前HIV感染者228名，提取血浆RNA、反转录PCR扩增HIV-1 pol基因片段。建立进化树确定亚型、解析基因型耐药突变（drug resistance mutations，DRMs）情况并构建HIV分子网络评估传播关系。 结果:从228例样本中成功获得206条 pol基因序列，基因亚型主要为CRF01_AE（60.68%，125/206）、CRF07_BC （30.10%，62/206）和B亚型（5.34%，11/206）。总耐药率为9.22%（19/206），耐药突变以非核苷逆转录酶抑制剂为主，占8.25%（17/206）。多因素logistic回归分析表明，40~49岁和≥50岁，离异或丧偶感染人群产生耐药的风险较高（ P<0.05）。白城地区和CRF07_BC感染者入网风险更大（ P<0.05）。有63条序列入网（30.58%，63/206），形成23个分子簇。入网病例中6例携带DRMs。出现本市和跨市连接边关系。异性与同性性传播感染人群存在混合连接边。 结论:吉林省HIV感染者治疗前耐药率处于中等水平，分子网络中的毒株呈地区聚集性，加强耐药监测，对网络桥梁人群进行有针对性的干预措施，减少治疗前发生耐药传播的可能性。

目的:对1例CHARGE综合征患儿进行遗传学分析，以明确其致病原因。方法:选取2022年9月29日于宁波市妇女儿童医院就诊的1例患儿作为研究对象。收集患儿的临床资料，通过全外显子组测序(WES)分析患儿携带的可疑变异，应用Sanger测序进行家系验证，并对变异进行保守性分析与蛋白结构预测。结果:WES检测结果显示患儿携带 CHD7基因c.2972T>C(p.L991S)杂合错义变异，其父母均为野生型。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南，该变异被判定为可能致病性(PM6＋PM2_Supporting＋PP2＋PP3＋PP4)。经生物信息学相关软件预测，该变异位点编码的第991位亮氨酸在进化上高度保守，变异型CHD7蛋白(p.L991S)第991位丝氨酸与993位精氨酸之间产生了新的氢键。 结论:CHD7基因c.2972T>C(p.L991S)杂合错义变异可能为上述CHARGE综合征患儿的致病原因。上述发现丰富了CHARGE综合征 CHD7基因的变异谱。

目的:分析中国流行的柯萨奇病毒A6型（coxsackievirus A6，CVA6）D3基因亚型中的D3a和D3b分支序列结构蛋白B细胞抗原表位氨基酸差异性来优化设计CVA6病毒样颗粒（virus-like particle，VLP）疫苗。方法:对GenBank下载的含有P1区核苷酸CVA6序列，使用MEGA.11.0软件基于VP1序列采用最大似然法构建进化树划分基因型及亚型。采用在线工具WebLogo并结合CVA6 B细胞抗原表位研究的相关文献，对D3a和D3b分支序列VP1-VP3区B细胞抗原表位氨基酸差异性分析，为筛选疫苗候选株进行CVA6 VLP的制备。结果:D3a与D3b分支序列在VP1 N末端P27位点分别是天冬酰胺（96.2%）和丝氨酸（92.9%）；在VP3 N末端P60位点为甘氨酸（98.8%）和丝氨酸（60.0%）。基于上述差异性选择具有D3a（VP3-N-P60）和D3b（VP1-N-P27）两分支序列共有的B细胞抗原表位D3a-JX2018（GenBank accession number：MN845862）作为疫苗候选株，并成功制备了CVA6 VLP。结论:本研究为疫苗候选株的选择提供了新的思路，为日后CVA6 VLPs疫苗和免疫诊断试剂的研发提供了基础。

目的:对活禽市场环境中检出的3份H5N6亚型禽流感病毒（avian influenza virus，AIV）标本进行测序鉴定和基因特征分析，为预防人感染H5N6亚型AIV提供依据。方法:通过实时荧光定量PCR确定病毒型别，采用二代测序方法对病毒血凝素（hemagglutinin，HA）和神经氨酸酶（neuraminidase，NA）基因序列进行测序。使用NCBI中BLAST模块进行比对，用Mega7.0软件构建进化树并进行基因特征分析。结果:3份H5亚型阳性标本经测序鉴定为H5N6亚型AIV，属于Clade2.3.4.4支系。病毒的HA蛋白存在6个连续碱性氨基酸（LRERRRKRGL，其中R，K为碱性氨基酸）；病毒HA蛋白的受体结合位点238~240位氨基酸是QRG（氨基酸排序以H3-HA为准），受体特征为禽源；NA蛋白第69~73位点氨基酸未出现茎缺失。结论:环境中3份H5亚型AIV核酸阳性病毒鉴定为新型H5N6亚型AIV，属于高致病AIV，但具有不容易感染人的受体结合特征。活禽市场中持续存在H5N6病毒，对人类健康和公共卫生存在威胁，需要继续加强监测。

目的:分析淮南市2016年度外环境标本中H7N9禽流感病毒基因组特征。方法:采集活禽市场禽类粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本，选取H7N9、H9亚型PCR检测阳性标本( Ct值≤30)，鸡胚分离培养后提取RNA，扩增8个基因节段进行基因序列测定、分子特征与进化分析。 结果:2016年150份淮南市外环境标本检出H7N9亚型46份、H9亚型71份、H5亚型38份；2份H7N9亚型分离成功。基因进化分析显示，淮南市2株H7N9禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因均处于长三角分支内，其余6个内部基因无明显地域分布聚类；HA氨基酸受体位点出现G186V、Q226L位点变异，NA茎区缺失了"QISNT"序列，R294K、E119V耐药位点没有发生突变；聚合酶发生PA基因I550L，PB1基因I368V，PB2基因I504V突变；NS1基因出现增强致病力的位点N205S、P42S改变；耐药相关位点出现M1基因N30D、T215A，M2基因S31N突变。结论:2016年淮南市活禽市场禽流感病毒高度流行，H7N9亚型感染人类的能力有所增强，M2离子通道抑制剂耐药，NA抑制剂仍为敏感有效药物。

目的:了解绵阳地区的流感样病例患者的鼻病毒(human rhinovirus，HRV)流行情况及病原特征。方法:收集2021—2022年绵阳地区哨点医院呼吸道感染且诊断为流感样病例(influenza-like illness，ILIs)患者的咽拭子，采用实时荧光定量PCR技术对16种常见病原体进行检测。巢氏PCR扩增HRV阳性样本的VP4/VP2编码区基因。从GenBank数据库下载国内外各血清型代表株进行系统发育、一致性及氨基酸变异分析。结果:共采集绵阳地区ILIs样本332例，病毒检出率为58.73%(195/332)。其中HRV阳性样本23例，检出率为6.92%(23/332)，成功扩增出18条HRV流行株序列。经比对发现绵阳地区ILIs病例流行的HRV涉及13种血清型，分属于HRV-A(12种)、HRV-B(5种)和HRV-C(1种)3种基因型。同源性分析表明其核苷酸和氨基酸相对保守，但与参考株相比，HRV-A型和HRV-B型存在多处变异。结论:HRV是2021—2022年绵阳地区ILI感染的病原体之一，以HRV-A型为主。

目的:了解2019年云南省曲靖地区手足口病（HFMD）病原学特征。方法:采集曲靖地区2019年HFMD患儿的粪便样本，从粪便悬液中直接提取病毒RNA，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒（EV）VP4区基因并测序，序列在GenBank确定病毒型别，用各型病毒的相关引物扩增病毒VP1区全序并测序，通过肠道病毒在线定型工具（Enterovirus Genotyping Tool Version 0.1）进行病毒型别初步鉴定，之后计算与原型株的核苷酸相似性并进行基因进化树分析定型。结果:470份样本中共检测到62株EV毒株，总阳性检出率为13.19%，其中EV-A组病毒42株（8.94%），EV-B组病毒9株（1.91%），EV-C组病毒11株（2.34%），全为脊灰病毒1型疫苗株（Sabin株），未检测到肠道病毒71型（EV-A71）和EV-D组病毒。检出率较高的病毒依次为柯萨奇病毒A10型（CV-A10，4.47%，21株）、柯萨奇病毒A16型（CV-A16，2.55%，12株）、脊髓灰质炎病毒1型疫苗株（2.34%，11株）和CV-A6（1.70%，8株）。结论:2019年云南省曲靖地区儿童HFMD病例的主要病原是CV-A10、CV-A16和CV-A6，未检出EV-A71。与往年国内其他省份相比，曲靖地区2019年HFMD病原体已经发生改变，今后要加强对CV-A10、CV-A16和CV-A6等病原的实验室监测工作。

目的:分析江苏省25株新型冠状病毒(2019-nCoV)全基因组序列，研究其进化特征。方法:使用高通量测序技术对确诊病例咽拭子样本进行测序，使用CLC Genomics Workbench 12.0分析单核苷酸多态性(SNP)，MEGA5.1分析病毒进化特征。结果:25株病毒共检测到52处碱基突变，进化分析显示25株病毒分成2个进化分支，分支1含有8 782和28 144位置CT连锁SNPs，而分支2此2位置突变为TC，即8 782 (ORF1ab: C8517T,同义突变)和28 144(ORF8: T251C, L84S)。分支2中5株病毒还含有24 034(S：C2 472T，同义突变)、26 729(M：T207C，同义突变)和28 077(ORF8：G184C，V62 L)连锁SNPs，聚成亚组A，不同分支/亚组在人群分布及与疾病关系无显著差异。结论:2019-nCoV出现了SNPs，其对病毒传播力、致病性等影响有待进一步研究。

目的:从福建省2016年输入性黄热病病例标本中分离黄热病毒(YFV)并分析其生物学特征。方法:将16份黄热病毒核酸阳性血清、尿液、唾液样品分别接种C6/36细胞，YFV实时荧光RT-PCR法鉴定检测培养物中特异性病毒核酸，通过高通量测序获得病毒全基因序列并绘制系统进化树。结果:从1例患者发病后3天的血清样品分离到一株病毒，通过YFV实时荧光RT-PCR鉴定为YFV病毒；BLAST分析显示该毒株全基因序列与2016年我国首例输入性黄热病病例中分离得到的毒株CNYF01R/2016(KX268355)序列完全一致；系统进化树显示该毒株与1971年安哥拉流行株Angola71分属同一进化树分支，与疫苗株17D vaccine strain(X03700)存在明显的差异，表明本研究分离到的YFV毒株是属于安哥拉型YFV野毒株。结论:福建省成功从2016年输入性黄热病病例样品分离到一株安哥拉型YFV毒株。