目的 目前关于PCDHA13启动子甲基化在乳腺癌中的作用机制尚未阐明,文中探讨PCDHA13基因启动子甲基化在乳腺癌发生发展中的作用.方法 应用MassARRAY质谱甲基化测序检测人乳腺癌组织PCDHA13基因启动子甲基化状态,用培养基配置100μmol/L的5-氮杂胞苷储存液,取融合度60％的ZR-75-1细胞分别加入终浓度为5μmol/L(低浓度组)和10μmol/L(高浓度组)的5-氮杂胞苷储存液,对照组仅加入未经处理的培养基,重亚硫酸盐测序法和甲基化特异性PCR法检测人乳腺癌细胞中PCDHA13基因启动子甲基化状态,并结合半定量RT-PCR的方法分析PCDHA13基因甲基化状态与其mRNA表达的关系.Western blot、MTT以及DAPI染色检测5-Aza处理对乳腺癌ZR-75-1细胞增殖和凋亡的影响.结果 乳腺癌组织中PCDHA13基因启动子在第1,4-6,9,10,11个CpG位点甲基化程度明显高于正常乳腺组织[(0.2639±0.1575)vs(0.1612±0.1706)、(0.2509±0.1377)vs(0.1688±0.0992)、(0.4204±0.2087)vs(0.2621±0.1731)、(0.3761±0.1407)vs(0.2824±0.1486)、(0.3922±0.1294)vs(0.3072±0.1496)],差异有统计学意义(P<0.05),MDA-MB-231细胞和Bcap-37细胞中PCDHA13基因启动子CG位点甲基化率在40％～100％;MCF-7细胞中PCDHA13基因启动子甲基化率在10％～50％之间,呈现低甲基化状态,ZR-75-1细胞中PCDHA13基因启动子表现为高甲基化状态,第4个CG位点甲基化率为60％,第1、8、12个CG位点甲基化率为90％,其余CG位点甲基化率全部为100％,PCDHA13基因在MDA-MB-231和Bcap-37细胞系中低表达,MCF-7细胞系中高表达,而在ZR-75-1中表达缺失;对照组ZR-75-1细胞仅扩增出甲基化PCR产物,而经5-Aza处理的ZR-75-1细胞甲基化和非甲基化引物均扩增出特异性条带,并且高浓度组明显高于低浓度组(P>0.05).对照组ZR-75-1细胞PCHDA13基因mRNA表达缺失,经5-Aza处理后,ZR-75-1细胞PCDHA13基因mRNA重新恢复表达,高浓度组PCDHA13基因mRNA表达明显高于低浓度组(P>0.05).对照组ZR-75-1细胞PCHDA13蛋白表达缺失,经5-Aza处理后,ZR-75-1细胞PCDHA13蛋白重新恢复表达,而且高浓度组PCDHA13蛋白表达水平明显高于低浓度组(P>0.05).经5-Aza处理后24、48和72 h后,低浓度组细胞生长抑制率均较高浓度组降低(P<0.05).未经药物处理的ZR-75-1细胞核形态基本正常,未出现细胞凋亡.经5-Aza处理后,部分ZR-75-1细胞出现核固缩、染色质凝集、着色较重的现象.结论 乳腺癌中PCDHA13启动子高甲基化状态与其mRNA低表达或缺失有关,ZR-75-1细胞PCDHA13表达可被5-Aza逆转,PCHAD13基因重新表达后不仅抑制细胞增殖,而且促进细胞凋亡.PCDHA13基因异常甲基化有望成为乳腺癌潜在的肿瘤生物标志物.

目的 旨在通过转录组测序,明确胃癌患者产生伊立替康耐药前后的基因表达谱差异.方法 取胃癌患者用药前后的穿刺组织,进行RNA-seq,测序的覆盖度100×;对测序得到的原始数据通过生物信息学软件进行一些分析.结果 生物信息学分析发现,胃癌患者耐药前后的组织转录水平分别有22003和21127个表达基因,其中有541个差异基因达到显著性水平;GO和KEGG分析发现这些差异基因主要富集在26条生物通路;这些通路与PI3K-Akt信号通路、胃酸分泌、黏附连接、蛋白质的消化和吸收、细胞周期和胆汁分泌相关;最终筛选得到的与胃癌产生伊立替康耐药密切相关的基因包括ABCA3、ADAMTS15、ALMS1、BCL2L11、C1QTNF6、CAPN9、COL12A1、COL5A3、COL7A1、IRF4、KRAS、MPP6、PCDHA1、PIK3CA、POU2AF1和USP13等.结论 本研究提供了胃癌患者耐药前后的转录本信息,获得了与胃癌患者产生伊立替康耐药密切相关的潜在候选基因,为胃癌的个性化精准治疗提供一定的理论基础.

目的 探讨促进三阴性乳腺癌(TNBC)发生侵袭转移的microRNAs(miRNAs)及其调控的mRNAs网络,确定影响TNBC无远处转移生存期(DMFS)的目标mRNAs.方法 利用生信技术筛选TNBC转移灶与原发灶之间表达差异的miRNAs及预测miRNAs-mRNAs调控网络.对目标mRNAs进行GO富集、KEGG分析、PPI分析以及生存分析.结果 在TNBC转移灶及原发灶中发现hsa-miR-548k表达差异上调,hsa-miR-2113表达差异下调.GO富集、KEGG分析发现目标mRNAs主要参与细胞间黏附、转录调节、癌症通路.生存分析发现CNKSR2、PALM2、PAK3、PCDHA1、PCDHA12、PCDHA13、PCDHA11、PCDHA10、PCDHA2、PCDHA4、CHFR、ACTN1、S100PBP、STAB1、USP9Y、ZBTB37、NTNG1对DMFS有统计学意义(P＜0.05).结论 hsa-miR-2113及其mRNAs网络可能调控TNBC发生转移,可能成为TNBC预后预测指标和治疗新靶点.

目的 分析宫颈脱落细胞CADM1、C13ORF18、PCDHA4和TERT 4种基因的甲基化水平在识别宫颈癌及癌前病变中的价值.方法 收集2019年9月至2020年8月在上海交通大学医学院附属新华医院妇科就诊的101例女性患者及20例健康女性(对照组)的宫颈脱落细胞,提取基因组DNA进行人乳头瘤病毒(HPV)16/18检测及CADM1、C13ORF18、PCDHA4和TERT 4种基因的甲基化特异性PCR检测,分析4种基因甲基化单项或联合HPV16/18检测在宫颈癌或癌前病变中的诊断性能.结果 C13ORF18和TERT基因的甲基化阳性率在对照组、低级别鳞状上皮内病变(LSIL)组、高级别鳞状上皮内病变(HSIL)组和宫颈癌组4组间比较,差异有统计学意义(P<0.01).CADM1和PCDHA4基因的甲基化阳性率在4组间差异无统计学意义(P>0.05).C13ORF18和TERT基因甲基化单项检测用于宫颈癌的筛查具有良好的诊断性能,C13ORF18基因甲基化单项检测诊断宫颈癌的特异度为93.94％,TERT基因甲基化单项检测诊断宫颈癌的灵敏度为86.36％,联合HPV16/18检测并没有明显提高诊断性能.结论 宫颈脱落细胞CADM1、C13ORF18、PC-DHA4和TERT这4种基因中,TERT和C13ORF18基因甲基化单项检测在宫颈癌及癌前病变的筛查中体现了较好的临床价值.