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沉默PSIP1基因对口腔鳞状细胞癌细胞迁移及侵袭的影响
编辑人员丨4天前
目的:探讨沉默人PC4和SFRS1互动蛋白1(PSIP1)基因在口腔鳞状细胞癌细胞中的表达以及沉默PSIP1对口腔鳞状细胞癌细胞迁移及侵袭能力的影响,并初步探究其机制。方法:采用RNA干扰技术沉默口腔鳞状细胞癌HN30细胞中PSIP1的表达,将细胞分为si-NC组(转染siRNA-NC)和si-PSIP1组(转染siRNA-PSIP1)。采用荧光实时定量PCR检测PSIP1的表达水平;细胞划痕实验和Transwell小室侵袭实验分别检测细胞迁移及侵袭能力;蛋白质印迹法检测两组HN30细胞内上皮间质转化(EMT)相关蛋白的表达情况。结果:PSIP1在si-NC组、si-PSIP1组HN30细胞中的相对表达量分别为1.00±0.00、0.21±0.06,差异具有统计学意义( t=22.30, P=0.002)。si-NC组、si-PSIP1组HN30细胞12 h的划痕愈合率分别为(48.21±4.66)%、(42.05±11.74)%,差异无统计学意义( t=1.46, P=0.173);24 h的划痕愈合率分别为(86.61±6.06)%、(67.76±3.62)%,差异具有统计学意义( t=8.01, P<0.001);两组细胞穿膜数目分别为(91.00±7.05)个、(23.34±4.98)个,差异具有统计学意义( t=19.20, P<0.001);与si-NC组相比,si-PSIP1组HN30细胞的迁移能力及侵袭能力均显著下降(均 P<0.001)。si-NC组、si-PSIP1组HN30细胞中上皮钙黏素的相对表达量分别为1.06±0.02、1.43±0.13,差异具有统计学意义( t=-4.94, P=0.036);神经钙黏素的相对表达量分别为1.00±0.04、0.57±0.14,差异具有统计学意义( t=5.03, P=0.007);与si-NC组相比,si-PSIP1组HN30细胞的上皮钙黏素蛋白表达上调,神经钙黏素蛋白表达下调。 结论:沉默PSIP1可显著抑制HN30细胞的迁移及侵袭能力,其作用机制可能与PSIP1对口腔鳞状细胞癌EMT途径的影响有关。
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编辑人员丨4天前
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基于生物信息学方法鼻咽癌预后和免疫相关细胞轨迹差异表达基因的筛选
编辑人员丨4天前
目的:基于生物信息学方法筛选鼻咽癌预后和免疫相关的细胞轨迹差异表达基因。方法:从基因表达综合(GEO)数据库下载鼻咽癌单细胞测序数据集(GSE150825)和转录组测序数据集(GSE102349)。GSE150825数据集包括11例鼻咽癌和3例鼻咽淋巴增生(NLH)组织共66 627个细胞的单细胞RNA测序结果,数据更新时间为2021年3月。GSE102349数据集包括113例鼻咽癌患者临床信息,数据更新时间为2017年。将GSE150825数据集中数据进行标化和重新聚类,并选取髓系细胞进行重新聚类,采用moncle2法进行拟时序分析。计算不同细胞状态的差异基因(细胞轨迹差异基因),并取并集得到并集基因。采用ClusterProfiler和ConsensusClusterPlus包对并集基因进行基因本体(GO)富集分析和临床分型。在GSE102349数据集中,根据细胞轨迹差异基因的并集基因,将患者分为两个亚组,分析两个亚组无进展生存(PFS)、临床分期、肿瘤免疫微环境的差异;CIBERSORT分析两个亚组免疫细胞浸润差异。使用LASSO回归构建预后预测模型。收集江苏省肿瘤医院2018年1月至2023年12月收治的经病理检查证实为鼻咽癌(14例)和正常鼻咽上皮(4例)的病理组织切片,采用免疫组织化学法检测筛选出的靶基因在正常鼻咽上皮和鼻咽癌肿瘤组织中的表达,并根据患者治疗前后核磁共振成像结果分析靶基因表达与鼻咽癌患者淋巴结治疗效果关系。结果:对单细胞测序数据集GSE150825数据进行过滤和质控,共64 312个细胞(48 604个来自鼻咽癌,15 798个来自NLH)进行后续分析。对质控后的细胞进行重新聚类分析,主要分为8种细胞类型:B细胞、T细胞、先天淋巴细胞、髓样细胞、成纤维细胞、肥大细胞和肿瘤细胞。髓样细胞特异性地分布在鼻咽癌患者中。拟时序变化的细胞轨迹差异基因主要富集在细胞质翻译、核糖体、局灶黏附、钙黏蛋白结合和细胞因子受体结合。在验证集GSE102349数据集中提取细胞轨迹差异基因并集并进行临床分型,亚组1、2的PFS比较差异有统计学意义( P=0.035);亚组1预后较好,临床分期Ⅰ期患者比例大;亚组2预后较差,临床分期Ⅳ期患者比例大。亚组1微环境中免疫成分比例高,体现了较活跃的免疫活动;亚组2的肿瘤纯度高于亚组1,其肿瘤成分所占比例高;记忆B细胞在亚组2中低表达,T细胞滤泡辅助细胞、NK活化细胞、静息和活化树突细胞在亚组1中低表达。根据细胞轨迹差异基因构建预后风险模型,风险评分=SDC3×1.588+ ODC1×1.122+ PSIP1×11.310+ P4HB×4.043。14例鼻咽癌组织中PSIP1蛋白H-score评分高于正常鼻咽组织[(96±11)分比(69±23)分, t=-3.38, P=0.004],P4HB蛋白H-score评分高于正常鼻咽组织[(64±35)分比(17±9)分, t=-2.65, P=0.018]。在鼻咽癌患者中,以H-score评分的中位数为cut-off值(PSIP1为97分,P4HB为63分),PSIP1高表达(≥97分)患者活化T细胞比例高于低表达(<97分)患者[(21±7)%比(13±4)%, t=-2.69, P=0.020],P4HB高表达(≥63分)患者NK细胞比例高于低表达(<63分)患者[(24±10)%比(14±6)%, t= -2.24, P=0.040]。 结论:PSIP1和P4HB可能是预测鼻咽癌预后和治疗效果的生物学标志物。
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编辑人员丨4天前
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多能干细胞关键因子Oct4 RNA结合蛋白的分离与鉴定
编辑人员丨2023/8/6
目的·分离多能干细胞关键因子Oct4的RNA结合蛋白.方法·培养小鼠胚胎干细胞(R1),从中提取细胞总RNA,反转录为cDNA,PCR扩增Oct4并转录为mRNA.采用链霉素亲和层析和质谱技术筛选候选RNA结合蛋白,采用RNA免疫沉淀技术鉴定候选RNA结合蛋白.结果·经高效液相色谱-质谱法鉴定和筛选出121个能与Oct43'非翻译区(untranslated region,UTR)和Oct45,UTR相结合的RNA结合蛋白,肽段图谱匹配数≥2的有11个.并对其中的7个候选RNA结合蛋白进行了进一步验证,结果显示Oct4可与DSP、SOD1、LMNA、NPM1、PSIP1、NCL和HDGF蛋白发生相互作用,其中HDGF与Oct4结合能力最强.结论·Oct4 RNA结合蛋白的鉴定将为Oct4的调控机制提供一定理论依据,为后续其功能研究提供基础.
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编辑人员丨2023/8/6
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MYH9 在食管癌细胞中的作用及其相互作用蛋白研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 研究非肌肉型肌球蛋白 MYH9 对食管癌细胞运动能力的影响,鉴定其尾部结构域( tail domain , TD )的相互作用蛋白.方法 利用 siRNA 在食管癌 KYSE5 1 0 细胞中敲降 MYH9 , Transwell 实验检测细胞侵袭和迁移能力,划痕实验检测细胞划痕愈合能力.构建MYH9 尾部结构域重组质粒 pGEX-KG-MYH9 ( TD ) ,诱导表达并亲和纯化 GST-MYH9 ( TD )融合蛋白.采用 GST pull-down 联合液相色谱-串联质谱技术,对 MYH9 尾部结构域相互作用蛋白进行鉴定分析.利用 clusterProfiler R 语言数据处理包对质谱分析发现的蛋白编码基因进行功能注释,利用免疫共沉淀( Co-immunoprecipitation , Co-IP ) 技术进一步鉴定.结果 敲降MYH9 显著抑制食管癌的细胞侵袭迁移( P <0. 001)和划痕愈合.质谱鉴定结果显示,食管癌 KYSE5 1 0 细胞中存在7 2 个潜在的与 MYH9 尾部结构域相互作用的蛋白. GO 富集分析结果显示,潜在的相互作用蛋白涉及多种生物学过程,包括 JAK-STAT 信号通路、细胞黏附调控、 NIK/NF-κB 信号通路、细胞周期检验点、膜脂筏形成、 DNA 转录起始、 mRNA 加工等. Co-IP 结果证实, PSIP1 和 BRG1 与 MYH9 存在相互作用.结论 MYH9 促进食管癌细胞侵袭运动,其尾部结构域介导多种与细胞运动相关蛋白的相互作用.
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编辑人员丨2023/8/6
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椎弓根螺钉联合伤椎骨水泥强化与联合伤椎置钉治疗骨质疏松性胸腰椎压缩骨折的疗效比较
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨椎弓根螺钉联合伤椎骨水泥强化(PSV)与椎弓根螺钉联合伤椎置钉(PSIS)治疗骨质疏松性胸腰椎压缩骨折的效果.方法 采用回顾性病例对照研究分析2012年1月1日 —2015年12月31日西安交通大学医学院附属红会医院收治的141例骨质疏松性胸腰椎压缩骨折患者的临床资料,其中男59例,女82例;年龄60~75岁,平均65.4岁.骨密度T值<-2.5 SD,后凸成角>15°或前柱压缩>40%.胸椎骨折(T10~T12)65例,腰椎骨折(L1~L4)76例.其中68例接受PSV治疗(PSV组),73例接受PSIS固定治疗(PSIS组).比较两组手术时间、术中出血量,以及术后3 d、3个月、6个月、1年及2年的视觉模拟评分(VAS)、伤椎前缘高度比值、中央高度比值、节段后凸Cobb角.观察并发症情况.结果 患者均获随访25~31个月,平均27.9个月.两组手术时间、术中出血量比较差异无统计学意义(P>0.05).两组术后随访各时相点的VAS均低于术前(P<0.05).PSV组VAS除术后3个月低于PSIP组外[(2.2±0.8)分:(2.6±0.6)分](P<0.05),其余时相点两组差异均无统计学意义(P>0.05).PSV组前缘高度比值在术后3个月、6个月、1年和2年均高于PSIP组[(95.2±5.2):(92.6±7.1)、(93.8±5.2):(91.4±3.2)、(93.3±4.9):(91.2±5.1)、(92.6±5.5):(90.1±4.7)](P<0.05).PSV组中央高度比值在术后6个月、1年和2年均高于PSIP组[(91.4±6.9):(88.9±7.2)、(90.8±7.4):(88.4±5.9)、(90.1±7.6):(87.1±7.2)](P<0.05).PSV组节段后凸Cobb角在术后3个月、6个月、1年和2年均低于PSIS组[(2.9±0.4)°:(3.2±0.9)°、(3.0±0.5)°:(3.2±0.3)°、(3.1±0.7)°:(3.4±0.4)°、(3.1±0.4)°:(3.4±0.7)°](P<0.05或0.01).PSV组2例和PSIS组3例发生空心螺钉周围的骨水泥渗漏,PSV组4例发生伤椎骨水泥渗漏,但均无临床症状.PSIS组2例分别于术后9个月和1年出现一侧棒断裂,复查CT见骨愈合良好,未予处理.结论 对于骨质疏松性胸腰椎压缩骨折,PSV较PSIS可获得相似的疼痛缓解,但前者更有利于减少伤椎前中柱高度的丢失并矫正后凸畸形.
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编辑人员丨2023/8/6
