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基于多数据库分析转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的关键调控基因及其生物学特征
编辑人员丨1周前
目的:通过生物信息数据库的挖掘,探究转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的关键调控基因、生物学特征和通路。方法:使用基因表达综合(GEO)数据库中转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的样本数据集GSE8401、GSE46517和GSE12237进行差异基因筛选,设定 P<0.05及logFC>2具有统计学意义,找出差异基因(DEGs)。进一步对DEGs进行基因本体论(Gene Ontology)分析和DAVID数据库通路分析,使用String数据库制作DEGs的蛋白质相互作用(PPI)网络并利用Cytoscape可视化,使用分子复合物检测(MCODE)插件用于筛选Cytoscape中PPI网络的显著交互模块,使用cytoHubba插件对网络进一步分析,采用六种算法来选择枢纽基因,最后使用GeneMARIA数据库构建了枢纽基因和具有共同生物学功能的基因的共表达网络。 结果:最终得到158个DEGs( P<0.05,logFC>2),其中45个基因显著下调,113个显著上调。筛选所得的DEGs主要GO富集为:(1)生物过程(BP):DEGs主要富集在RNA剪接的调控,通过剪接体调控mRNA的剪接,DNA重组的正调控,双链断裂修复的正调控。(2)细胞成分(CC):DEGs主要集中在核小体,焦点黏附,细胞-基质结合点,核染色体,原始溶酶体,嗜酸性颗粒体。(3)分子功能(MF):DEGs主要集中在DNA转录因子结合和RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合上。通过string数据库,获得初步的DEGs的PPI网络(度截止=2,节点分数截止=0.2,k核心=2,最大深度=100),得到158个蛋白质节点和196条连线。通过Cytoscape筛选获得显著的交互模块,模块1的MCODE得分为4.8,而其seed基因为UBE2V1。筛选出核心DEGs 5个,分别为UBE2N、UBE2V2、RBX1、UBE2B和RXRA。 结论:泛素化途径和核调控的细胞死亡和代谢在转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移中发挥重要作用。
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编辑人员丨1周前
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一个Angelman综合征家系的临床表型及遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:明确1个Angelman综合征(Angelman syndrome,AS)家系的遗传学病因,为家系的遗传咨询提供理论依据。方法:应用高通量测序技术进行单基因遗传智力障碍相关基因检测;应用拷贝数变异测序技术(copy number variation sequencing,CNV-seq)进行染色体非整倍体、100 kb以上缺失/重复检测;应用甲基化特异性多重连接探针扩增(methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification,MS-MLPA)方法检测15q11.2-q13区域印记区缺陷、甲基化及单亲二倍体。Sanger测序对变异位点行家系验证。生物信息学分析变异对蛋白质功能及蛋白质结构的影响。结果:未发现先证者染色体非整倍体改变及致病CNV。先证者15q11.2-q13未检出印记区缺陷、异常甲基化及单亲二倍体。高通量测序结果显示先证者 UBE3A(NM_130838.4)基因存在c.1517G>A(p.R506H)杂合变异。Sanger测序显示先证者及其母亲和患病弟弟该位点杂合变异,其他家系成员该位点均无变异。生物信息学分析显示 UBE3A基因c.1517G>A(p.R506H)对UBE3A蛋白功能有害;与野生型UBE3A蛋白相比,变异蛋白的电荷量、氢键数量和盐桥的连接均发生了改变。 结论:UBE3A基因c.1517G>A(p.R506H)杂合变异为该家系的遗传病因,暂无该位点致病的文献报道。研究结果拓展了 UBE3A基因变异谱,有助于AS家系的遗传咨询与分子诊断。
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编辑人员丨1周前
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Angelman综合征的诊断与治疗
编辑人员丨1周前
Angelman综合征是由于母源染色体15q11.2-q13区域UBE3A基因功能缺陷所导致的基因组印记遗传病。临床上表现为严重神经发育障碍,包括智力障碍、语言缺失、癫痫发作及异常的脑电发放、运动障碍、睡眠及喂养问题、特殊面容及特异的行为特征。
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编辑人员丨1周前
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肝细胞生长因子促进人毛囊生长的作用研究
编辑人员丨1周前
目的:观察肝细胞生长因子(HGF)对人毛囊生长的影响,并探讨其促进毛发生长的作用机制。方法:毛囊来源于中国医学科学院整形外科医院4例除皱术后患者废弃的正常头皮组织,分离单根毛囊进行体外器官培养。以常规培养为对照组,培养液中添加浓度为10 ng/ml的HGF作为实验组,显微镜下测量不同培养天数毛囊的生长长度;通过观察培养毛囊毛球部毛基质与毛乳头的形态,评价HGF对毛囊生长周期的影响。分离培养人毛囊上皮细胞,应用流式细胞术对其表面标志进行鉴定;以常规培养的毛囊上皮细胞为对照组,以培养基添加10 ng/ml的HGF处理48 h后的毛囊上皮细胞为实验组,收集细胞提取RNA,转录组测序分析HGF对毛囊上皮细胞基因表达的影响,应用real-time PCR对测序分析结果进行验证。各项定量数据以均值±标准差表示,2组间比较应用独立样本 t检验, P<0.05为差异具有统计学意义。 结果:随着体外培养时间的延长,毛囊生长趋于停止;毛囊体外培养7、10、14 d时,对照组毛囊生长长度(单位0.1 mm)分别为12.210±4.191、13.710±3.518、14.000±4.057,实验组HGF促进毛发生长,生长长度分别为16.700±5.143、18.800±4.917、23.000±7.196,差异具有统计学意义( t=2.353, P<0.05; t=2.962, P<0.01; t=3.910, P<0.01);分离培养的毛囊上皮细胞呈典型的铺路石样形态,表达上皮细胞表面标志分子CD49f;转录组测序结果显示,毛囊上皮细胞高表达上皮细胞标志基因KRT14、KRT5、KRT6A、CDH1、SOX9、CD49f,FPKM值分别为6 012±2 141、4 072±1 369、3 896±1 991、95.06±21.48、101.30±38.52、162.00±47.83;不表达或极低表达间质细胞标志基因THY1、DPP4、CDH2 (N-cadherin)、ACTA2、PDGFRA、COL1A1、COL3A1,FPKM值分别为0.740±0.825、0.632±0.765、0.000±0.034、1.674±1.235、0.000±0.014、2.526±3.531、0.000±0.015;与对照组相比,实验组经HGF处理后毛囊上皮细胞中改变的基因显著富集于细胞周期及细胞分裂相关生物学过程,相关基因的表达下调;Real-Time PCR验证显示CENPA、CDC20、UBE2C、CDK1、AURKB、NDC80分别降为对照组的0.689±0.053 ( t=10.170, P<0.001)、0.676±0.121 ( t=4.652, P<0.01)、0.761±0.148 ( t=2.785, P<0.05)、0.599±0.153 ( t=4.530, P<0.05)、0.706±0.113 ( t=4.507, P<0.05)、0.579±0.092 ( t=7.931, P<0.01)倍,差异具有统计学意义。 结论:HGF促进毛囊体外器官培养的生长并延长其生长时间;但在细胞水平上抑制毛囊上皮细胞增殖相关基因表达。
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编辑人员丨1周前
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UBE3A基因新发变异致Angelman综合征1例并文献复习
编辑人员丨1周前
目的:提高对Angelman综合征(AS)临床表型及基因型的认识。方法:回顾性分析2018年5月新乡医学院第一附属医院小儿康复科收治的1例AS患儿的临床资料,并复习相关文献。结果:女童,2岁,发现不会独走半年余。查体:头围小,不能言语,步态不稳及双足尖足,发育商19分,大运动评分10分,语言评分7分。全外显子测序发现 UBE3A基因的c.580G>T杂合无义变异,该变异导致第194号氨基酸Glu变为终止(p.Glu194Stop,682),为无义变异,使该蛋白缺失了682个氨基酸。家系验证显示c.580G>T为新生变异,父母均为野生型。 结论:发现导致AS的新 UBE3A基因c.580G>T杂合无义变异。
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编辑人员丨1周前
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Angelman综合征发病机制与基因型-表型的研究进展
编辑人员丨1周前
Angelman综合征(AS)是以严重发育迟缓、智力低下、愉快表情、语言障碍、共济失调、癫痫发作为特征的神经发育障碍性疾病。母源染色体15q11-13上的 UBE3A等位基因功能丧失是AS发生的主要原因,但目前对AS的发病机制、基因型-表型的相关性还未明确。现对近年来AS相关研究进展进行综述。
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编辑人员丨1周前
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支气管哮喘差异表达基因的筛选和生物信息学分析
编辑人员丨1周前
目的:筛选支气管哮喘核心差异表达基因并对其进行生物信息学分析。方法:从基因表达数据库(GEO)下载哮喘患者巨噬细胞基因芯片数据GSE22528,该数据集包括了10份人肺泡灌洗液的转录组信息,其中哮喘患者和对照个体各5份。采用R 4.0.4软件筛选差异表达基因(DEGs)。利用DAVID 6.8数据库对筛选出的DEGs进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用STRING在线数据库对DEGs编码蛋白构建蛋白互作网络(PPI),采用Cytoscape软件构建核心模块并确定核心DEGs。结果:肺泡灌洗液标本均来自加拿大白种人,哮喘患者和对照个体年龄范围分别为20~37和18~36岁,各组男性均为3例。哮喘患者上调基因449个,下调基因47个。GO分析显示:哮喘患者上调基因主要涉及对未折叠蛋白的反应等生物过程,分子功能集中于未折叠蛋白和生长因子的绑定;下调基因主要涉及组蛋白脱乙酰作用和泛素介导的蛋白质降解等生物过程,分子功能集中于组蛋白脱乙酰酶活性。KEGG通路富集分析显示:通路主要由上调基因富集,涉及Hippo信号通路、肥厚型心肌病、雌激素信号通路、致心律失常性右心室心肌病、基底细胞癌、神经活化的受体配体相互作用、扩张型心肌病和黏附连接等信号通路。PPI分析共得到两个核心模块,筛选出14个核心DEGs,分别为促黑色素聚集激素(PMCH)、孤啡肽前体(PNOC)、鞘氨醇-1-磷酸受体2(S1PR2)、鞘氨醇-1-磷酸受体5(S1PR5)、CC型趋化因子配体21(CCL21)、Kelch样蛋白25(KLHL25)、泛素结合酶E2V2(UBE2V2)、F-box蛋白17(FBXO17)、味觉受体2型成员3(TAS2R3)、生长抑素受体2(SSTR2)、代谢型谷氨酸受体2(GRM2)、李斯特E3泛素蛋白连接酶1(LTN1)、LIM域特有蛋白7(LMO7)和环指蛋白19A基因(RNF19A),其中LTN1和UBE2V2下调,其余均上调。结论:哮喘患者与对照个体存在DEGs、PMCH、PNOC、S1PR2、S1PR5和CCL21基因等可能为哮喘发病机制中的核心基因。
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编辑人员丨1周前
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Kaufman Oculocerebrofacial综合征1例并文献复习
编辑人员丨1周前
目的:探讨新生儿Kaufman Oculocerebrofacial综合征患儿的临床表型、治疗及预后特点。方法:对贵阳市妇幼保健院新生儿科收治的1例Kaufman Oculocerebrofacial综合征患儿进行回顾性分析,并以“Kaufman Oculocerebrofacial综合征”、“睑裂狭小-上睑下垂-智障综合征”、“UBE3B基因”、“Kaufman Oculocerebrofacial syndrome”、“Blepharophimosis-ptosis-intellectual disability syndrome”、“UBE3B gene”等为检索词,检索中国知网、维普数据库、万方数据、中华医学期刊全文数据库、PubMed、Web of Science及Embase数据库,检索时间自建库至2022年6月,总结新生儿Kaufman Oculocerebrofacial综合征的临床特点、治疗及预后。结果:本例为男性患儿,临床表现为睑裂小、眼距宽、喂养困难,家系外显子检测结果提示UBE3B基因存在复合杂合变异c.1445_1448dupTCAC和c.1703dupA,国内外文献检索未见报道,为新发变异。共检索到11篇含新生儿病史记录的文献,包含本例共35例患儿,均有发育迟缓、特殊面容、睑裂狭小表现,部分患儿表现为喂养困难(94.3%)、耳部异常(94.3%)、肌张力减退(91.4%)、口部异常(88.6%)、呼吸困难(74.3%)、小下颌(71.4%)、低出生体重(45.7%)。目前Kaufman Oculocerebrofacial综合征尚无有效治疗方式,4例随访至16岁以上,均存在重度语言、智力发育落后等严重神经系统后遗症。结论:Kaufman Oculocerebrofacial综合征患儿新生儿期主要表现为发育迟缓、特殊面容、睑裂狭小、喂养困难、面部畸形、肌张力减退,可通过全外显子测序诊断,目前无有效治疗方式,多遗留严重神经系统后遗症。
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编辑人员丨1周前
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MiR-103a-3p与miR-107:骨关节炎进展过程中的潜在生物标志物
编辑人员丨1周前
目的:探讨OA发病机制中潜在的Hub基因、关键miRNAs、生物过程及相关信号通路,为OA的发病机制及治疗提供生物信息学依据。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载OA滑膜组织样本的表达谱芯片,鉴定差异表达基因DEGs,并进行功能富集分析。构建蛋白-蛋白相互作用网络(PPI),STRING和Cytoscape进行模块分析,进一步鉴定Hub基因,并对Hub基因进行更深一步的miRNAs挖掘。结果:最终鉴定出与OA进展相关的9个Hub基因[细胞因子信号转导抑制因子(SOCS)3、转导素重复序列包含蛋白(BTRC)、F-框蛋白32(FBXO32)、KLHL22、UBE3A、HUWE1、UBR4、ANAPC5、TRIM50]和2个关键miRNAs(hsa-miR-103a-3P、hsa-miR-107),可能是OA发病机制中的潜在生物标志物。信号转导、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控和蛋白丝氨酸/苏氨酸酶活性与OA的发病机制具有一定的相关性。此外,分析结果表明cAMP信号通路和Rap1信号通路也参与了OA的进展。结论:潜在生物学分子、生物过程及相关通路对于OA的病因研究及治疗研究具有重要的指导意义。
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编辑人员丨1周前
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一例 UBE3A基因移码变异所致Angelman综合征的临床特征和遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:对1例临床表现为发育迟缓、癫痫的患儿进行临床和遗传学分析。方法:对患儿进行临床和实验室检查,抽取患儿及其父母的外周血,应用高通量测序技术对患儿进行全外显子基因变异检测,并对疑似致病性变异进行患儿及其父母的Sanger测序验证及生物信息学分析。结果:基因检测结果显示患儿的 UBE3A基因存在c.1470delA(p.V491Ffs*6)杂合变异,父母均未携带此杂合变异,为新生变异。 结论:UBE3A基因c.1470delA(p.V491Ffs*6)杂合变异为患儿的遗传学病因。
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编辑人员丨1周前
