-
基于TCGA和GEO分析m 6A调控基因在结直肠癌组织中的表达
编辑人员丨5天前
目的:探讨N6-甲基腺嘌呤(m 6A)在结直肠癌组织中表达及临床意义。 方法:2021年9月至2021年12月,利用癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)对结直肠癌中m 6A相关调控因子的表达进行汇总分析,对不同临床病理特征及分子分型下m 6A调控因子的基因表达进行对比统计,对不同表达m 6A的结直肠癌病例做生存分析。 结果:在TCGA数据库中,胰岛素样生长因子2 mRNA绑定蛋白1(IGF2BP1),胰岛素样生长因子2 mRNA绑定蛋白3(IGF2BP3)和YTH结构域m6A RNA结合蛋白1(YTHDF1)在结直肠癌组织中较正常组织高表达(TCGA-COAD比IGF2BP3:12.80比204.46,logFC=4.00, P=0.003;YTHDF1:2 347.56比3 712.77,logFC=0.66, P < 0.001;TCGA-READ比IGF2BP1:6.20比359.32,logFC=5.82, P=0.007;YTHDF1:2 470.10比4 369.09,logFC=0.82, P=0.020);将TCGA和GEO数据库做交集后,发现甲基转移酶样14(METTL14)、YTH结构域m6A RNA结合蛋白3(YTHDF3)和α-酮戊二酸依赖的加双氧酶AlkB同源蛋白5(ALKBH5)均在结直肠癌组织中下调(TCGA-COAD比METTL14:1 051.56比711.40,logFC=-0.56, P < 0.001;YTHDF3:4 613.85比3 155.05,logFC=-0.55, P < 0.001;ALKBH5:4 250.10比2 555.55,logFC=-0.73, P < 0.001;TCGA-READ比METTL14:1 113.3比674.36,logFC=-0.72, P < 0.001;YTHDF3:5 034.30比3 331.95,logFC=-0.60, P=0.004;ALKBH5:4 902.20比2 529.71,logFC=-0.95, P < 0.001;GEO-CRC比METTL14:6.58比6.33,logFC=-0.06, P < 0.001;YTHDF3:6.28比6.20,logFC=-0.02, P=0.002;ALKBH5:5.07比4.98,logFC=-0.02, P < 0.001)。在不同分子分型结直肠癌中IGF2BP2、HNRNPC、TP53和YTHDF2在KRAS突变中低表达(IGF2BP2:48.53比44.04, t=2.64, P=0.008;HNRNPC:121.30比112.60, t=2.32, P=0.020;TP53:65.30比60.26, t=2.11, P=0.034;YTHDF2:54.07比51.19; t=1.97, P=0.048)。不同临床病理特征分析显示,IGF2BP1在淋巴结阳性(8.97比6.11,W=20 008, P=0.002)、存在远处转移(8.94比6.41,W=19 104, P=0.009)及Ⅲ~Ⅳ期(7.46比7.13,W=8 779, P=0.025)的结直肠癌中较对照组升高。ALKBH5高表达、高龄、存在脉管侵犯和病理分期晚与较短生存期显著相关(ALKBH5高表达比ALKBH5低表达:5.85年比NA, HR:1.63,95% CI:1.071~2.491, P=0.021。> 68岁比 < 68岁:6.78年比NA,HR:1.59,95% CI:1.049~2.422, P=0.047。Ⅲ~Ⅳ期比Ⅰ~Ⅱ期:4.55年比8.33年, HR:2.89,95% CI:1.895~4.425, P < 0.001。有静脉侵犯比无静脉侵犯:5.48年比NA, HR:2.82,95% CI:1.672~4.783, P < 0.001)与生存时间短具有明显相关性。 结论:m 6A中的部分调控因子与结直肠癌的生物学特征及预后相关。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
PCI术后肾小管功能障碍患者的尿液代谢组学研究
编辑人员丨2023/8/5
目的 利用代谢图谱的差异,寻找经皮冠状动脉介入治疗(PCI)术后出现肾小管功能障碍患者的尿液代谢标志物.方法 筛选PCI术后6 h出现肾小管功能障碍的患者30例,收集其PCI术前尿液样本为对照组,PCI术后6 h尿液样本为观察组.采用超高效液相色谱-质谱联技术分析尿液样本,运用正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)模式对代谢数据进行分析.结果 与对照组相比,观察组尿液中α1-MG、NAG、Cys-C明显升高,差异有统计学意义(P<0.05).代谢分析模型建立成功,具有较好的稳定性及可预测性且不存在过拟合现象.与对照组相比,观察组尿液样本鉴定出16种潜在生物标志物:L-鸟氨酸、油酸酰胺、D-组氨酸、对羟基苯乳酸、乙酰蛋氨酸、N-(2-呋喃甲酰基)甘氨酸、胆固醇月桂酸酯、胆酸、1-甲基鸟嘌呤、L-氢化乳清酸、高香草酸、α-酮基异己酸、3β-羟基-D5-胆烯酸、腺嘌呤、棕榈酸、十五烷酸,其中L-鸟氨酸的含量显著增加、D-组氨酸的含量显著降低,且分别参与潜在目标代谢通路中的精氨酸与脯氨酸代谢、组氨酸代谢(Impact>0.10).结论 造影后肾小管功能出现障碍可能与组氨酸代谢、精氨酸与脯氨酸代谢紊乱相关.造影后肾小管功能障碍的程度可能与鸟氨酸的含量呈正相关,与组氨酸的含量呈负相关.鸟氨酸和组氨酸可能作为造影剂诱导肾小管功能障碍的潜在生物标志物,助力识别造影剂急性肾损伤(contrast-induced acute kidney injury,CI-AKI)高危患者、预警CI-AKI.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/5
