-
两样本孟德尔随机化分析炎性因子与前列腺癌因果关系
编辑人员丨1天前
目的:采用两样本孟德尔随机化方法来评估 91 种炎性因子与前列腺癌的潜在因果关系.方法:选取91 种炎性因子的全基因组关联分析(GWAS)汇总统计数据(n=14 824)结合FinnGen最新第9 版数据库中选取前列腺癌作为结局进行孟德尔随机化分析.通过逆方差加权法(IVW)、MR-Egger回归、简单中位数法(SM)、加权中位数法(WM)、加权中值法(WME)等回归模型的OR值和95%CI评估炎性因子与前列腺癌的因果关系,其中IVW法得出的因果关系相对稳定,作为本研究的主要统计方法.进一步采用贝叶斯分析法对孟德尔分析结果进行验证.使用Cochran's Q检验评估遗传工具变量的异质性,使用MR-Egger截距检验评估多效性,使用留一法评估作为工具变量的单核苷酸多态性(SNPs)对暴露和结局因果关系影响的敏感性.结果:IVW法结果显示,91 种炎性因子中白介素-22 受体 A1(IL-22RA1)、磺基转移酶 1A1(ST1A1)与前列腺癌发病风险呈正向因果关联:IL-22RA1:IVW[OR(95%CI):1.12(1.00~1.25),P=0.04];ST1A1:IVW[OR(95%CI):1.08(1.00~1.16),P=0.03].趋化因子配体 11(CXCL11)、白介素 17A(IL-17A)与前列腺癌发病风险呈反向因果关联;CXCL11:IVW[OR(95%CI):0.88(0.81~0.95),P=0.00];IL-17A:IVW[OR(95%CI):0.91(0.84~0.98),P=0.02].MR-Egger截距分析未检测到潜在的水平多效性(P 均>0.05,IL-22RA1=0.885,ST1A1=0.949,CXCL11=0.391,IL-17A=0.884).MR-PRESSO 未检测到偏倚 SNPs(P 均>0.05,IL-22RA1=0.479,ST1A1=0.629,CXCL11=0.326,IL-17A=0.444),未发现异质性(P均>0.05,IL-22RA1=0.543,ST1A1=0.677,CXCL11=0.336,IL-17A=0.494),留一法敏感性分析结果图提示无个别单核苷酸多态性位点对整体因果关系预测产生明显影响,故分析结果可靠.结论:91 种炎性因子中IL-22RA1、ST1A1 与前列腺癌有正向因果关系,随着这些因子的水平增加,前列腺癌发病的风险升高;CXCL11、IL-17A与前列腺癌有反向因果关系,即随着这些因子的水平增加,前列腺癌发病风险降低.
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
心脏结构和功能与髋部骨折疾病风险遗传预测的两样本双向孟德尔随机化研究
编辑人员丨1天前
目的 通过孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)方法来研究心脏结构和功能是否与髋部骨折有因果关系.方法 基于大规模全基因组关联研究(GWAS)汇总数据,主要分析方法是逆方差加权法(IVW),使用加权中位数(WM)和MR-Egger作为补充分析方法对心脏结构和功能与髋部骨折的双向因果关系进行探讨.并进行敏感性分析保证结果的稳定性.结果 未发现遗传预测的12种心脏磁共振成像(MRI)表型与髋部骨折间的因果关联.在反向MR分析中,髋部骨折与左室每搏输出量(β=-0.04,95%CI=-0.08~-0.00,P=0.032)、右室舒张末容积(β=-0.03,95%CI=-0.07~0.00,P=0.047)、右室收缩末容积(β=-0.04,95%CI=-0.07~-0.00,P=0.047)存在因果关联,而与其他心脏MRI表型无显著关系.结论 缺乏强有力的证据支持心脏结构和功能与髋部骨折的因果关系.反之,从基因层面证明了髋部骨折可增加心脏结构和功能异常的风险.
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
基于两样本孟德尔随机化分析体质量指数与妊娠期高血压的关系
编辑人员丨1天前
目的:利用两样本孟德尔随机化探究体质量指数(BMI)与妊娠期高血压的关系。方法:利用BMI与妊娠期高血压的全基因组关联研究汇总数据(数据纳入截止时间为2023年10月31日),通过逆方差加权法、MR-Egger回归法、加权中位数法、简单模型和加权模型进行两样本孟德尔随机化分析。采用Cochrane Q检验评估结果的异质性,MR-Egger回归截距和漏斗图检验结果的水平多效性。 结果:固定效应和随机效应模型下的逆方差加权结果显示,随着BMI的升高妊娠期高血压的风险也增加( OR = 1.62和1.62,95% CI 1.39~1.88和1.39~1.88, P<0.01)。敏感性分析结果显示,MR-Egger回归法、加权中位数法和加权模型提示随着BMI的增加妊娠期高血压风险增加( OR = 1.51、1.56和1.71,95% CI 1.01~2.26、1.23~1.99和1.09~2.69, P<0.05或<0.01)。尽管Cochrane Q检验结果显示存在异质性( P = 0.04),但随机模型下的逆方差加权结果依然提示BMI会增加妊娠期高血压的风险,且未观察到水平多效性( P = 0.73)。 结论:肥胖会增加妊娠期高血压的风险,孕妇要注意控制体质量以降低妊娠期高血压的风险。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
自身免疫性疾病与结核病的因果关系:一项两样本孟德尔随机化研究
编辑人员丨1天前
目的:分析6种自身免疫性疾病[类风湿关节炎(RA)、系统性红斑狼疮(SLE)、强直性脊柱炎、1型糖尿病、炎症性肠病和银屑病]与结核病之间是否存在因果关系。方法:基于大样本全基因组关联研究汇总数据,采用逆方差加权法(IVW)、MR-Egger回归法和加权中位数法3种方法进行两样本孟德尔随机化分析,探究自身免疫性疾病与结核病之间因果关联。其中,以IVW为主要分析方法,其他2种方法作为进一步的验证,同时进行了水平多效性检验、异质性检验和留一法检验等敏感性分析检验结果可靠性。结果:IVW结果显示,RA和SLE与结核病存在正向的因果关系( ORRA=1.08,95% CIRA:1.01~1.14, PRA=0.023; ORSLE=1.06,95% CISLE:1.02~1.20, PSLE=0.002)。WME结果支持RA与结核病之间的因果关联( ORRA=1.12,95% CIRA:1.04~1.21, PRA=0.002; ORSLE=1.05,95% CISLE: 0.99~1.10, PSLE=0.096)。而MR-Egger回归法结果无统计学意义( PRA=0.062, PSLE=0.205)。其他4种自身免疫性疾病并未发现与结核病存在因果关联(均 P>0.05)。敏感性分析结果显示,所有结果均不存在多效性和异质性,留一法也提示所得结果稳健。 结论:RA和SLE与结核病发生存在正向因果关系,RA和SLE患者结核病发生风险较高。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
基于横断面数据的慢性肾病与牙周炎相关性分析及致病机制探究
编辑人员丨1天前
目的:探讨成年人慢性肾病与牙周炎是否存在相关性,以及两种疾病的潜在致病机制。方法:下载美国国家健康和营养检查调查数据库(NHANES)1999—2014年慢性肾病与牙周炎相关调查资料数据,筛选出患有慢性肾病或牙周炎的对象,针对人口学和临床检验指标,采用加权的单因素和多因素Logistic回归分析,探讨慢性肾病与牙周炎的危险因素相关性。用公开的慢性肾病与牙周炎全基因组关联研究(GWAS)汇总数据集为结局变量,以OPEN GWAS数据库中731种免疫细胞表型和91种炎症蛋白为暴露因素,运用逆方差加权法进行两样本孟德尔随机化(TSMR)分析。结果:性别、年龄、种族、教育水平、婚姻状况、收入和健康等7项人口学指标与慢性肾病和牙周炎的发病率有关,其中高龄(≥60岁)、贫困(贫困收入比<1.3)、离婚或丧偶、男性比例在慢性肾病与牙周炎共病组[分别为67.12%(833/1 241)、36.83%(457/1 241)、34.41%(427/1 241)和57.78%(717/1 241)]均显著高于非共病组[分别为23.71%(4 179/17 623)、29.17%(5 141/17 623)、18.16%(3 200/17 623)和48.73%(8 587/17 623)](均 P<0.001),高学历(大学及以上)、自评健康状况为极好者在共病组占比较少[分别为14.10%(175/1 241)、8.22%(102/1 241)]。肾功能检测指标存在异常的人群(包括肾小球滤过率、尿蛋白/肌酐比值、血肌酐、血尿酸、血尿素氮)牙周炎患病率上升。单因素Logistic回归分析显示,牙周炎与慢性肾病的发病率呈显著正相关[优势比( OR)=2.14,95%置信区间(95% CI)为1.90~2.42, P<0.001],多因素Logistic回归分析也显示,慢性肾病与牙周炎互为潜在风险因素(牙周炎对慢性肾病: OR=1.22,95% CI为1.07~1.40, P=0.004;慢性肾病对牙周炎: OR=1.19,95% CI为1.04~1.37, P=0.012);根据人口学指标对模型进行调整后,慢性肾病与牙周炎仍存在显著相关性( P=0.010)。在机制上,TSMR分析结果支持慢性肾病与牙周炎之间存在免疫细胞介导的共同风险因素,即CD64在多种单核细胞上的表达介导慢性肾病和慢性牙周炎的发生,CD64 +单核细胞是关键的调控细胞。 结论:慢性肾病与牙周炎的发病率呈正相关,两者共同的发病机制涉及循环系统中CD64 +单核细胞,可针对CD64分子或单核细胞亚群开展有针对性的疾病干预。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
胃食管反流病与特发性纤维化间的因果关系:一项双向、两样本孟德尔随机化研究
编辑人员丨1天前
背景 在既往的观察性研究中,胃食管反流病(gastro-oesophageal reflux disease,GORD)与特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis, IPF)具有相关性。但目前尚不清楚这种相关性是由GORD导致了IPF,还是由IPF导致了GORD,或是由于与二者同时相关的混杂因素(如吸烟)所致。本研究采用了双向孟德尔随机化(Mendelian randomisation,MR)方法,将遗传变异作为工具变量,以评估暴露因素与结局之间的关系,从而探究GORD和IPF间的因果关系。方法 对目前最大的 GORD(78 707例患者和288 734例对照组)和 IPF(4 125 例患者和 20 464 例对照)全基因组关联分析(GWAS)的遗传数据进行了双向、双样本孟德尔随机化研究,以评估GORD 与 IPF 发病风险的因果关系及IPF与GORD发病风险的因果关系。结果 从GORD的GWAS结果中挑选出59个独立的与GORD具有显著相关性的单核苷酸多态性(SNPs),其中有2个SNPs在IPF的GWAS中缺失,选取了1个替代SNP,对上述SNPs进行MR研究,结果表明GORD会增加IPF的发病风险( OR=1.6,95% CI:1.04~2.49; P=0.032)。从IPF的GWAS结果中挑选出19个独立具有显著相关性的SNPs,其中有15个SNPs在GORD的GWAS中缺失,选取了9个替代SNPs,进行MR研究,结果表明IPF对GORD的发病风险无因果影响( OR=0.999,95% CI:0.997~1.000; P=0.245)。结论 GORD会增加IPF发病风险,但未发现IPF会增加GORD风险。在未来的IPF风险因素研究中,应重新将GORD纳入IPF患者的管理和治疗范围,并进一步探究GORD在IPF发病中的可能机制。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
血压表型、脂质成分与2型糖尿病的跨种族孟德尔随机化研究
编辑人员丨1天前
目的:采用两样本孟德尔随机化分析方法,探究在欧洲人群和东亚人群中2种血压表型和4种脂质成分与2型糖尿病的因果关联。方法:将分别来自2个种族的血压表型以及脂质成分和2型糖尿病遗传位点数据,匹配相同的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)位点,以与暴露表型密切相关的SNPs为工具变量,运用逆方差加权法分析不同种族中各血压表型及脂质成分对2型糖尿病的因果效应,同时利用MR-Egger回归模型、加权中位数法、MR-PRESSO、MR-Robust Adjusted Profile Score法和留一法进行敏感性分析。结果:在欧洲人群中,收缩压( OR=1.40, 95% CI 1.23~1.59, P<0.001)和舒张压( OR=1.24, 95% CI 1.08~1.42, P=0.002)的升高会增加2型糖尿病的风险,高密度脂蛋白胆固醇( OR=0.68, 95% CI 0.62~0.76, P<0.001)的升高会降低2型糖尿病的风险;在东亚种族中,舒张压( OR=0.75, 95% CI 0.59~0.95, P=0.007)的升高会降低2型糖尿病的风险。敏感性分析支持结果的稳健性。 结论:不同种族中血压表型和脂质成分对2型糖尿病的影响存在差异,可能与人群异质性和不同种族的暴露敏感性有关,因此在根据某一种族得到的结果对另一种族的患者进行治疗干预之前,需要考虑是否合理。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
孟德尔随机化研究无麸质饮食与类风湿关节炎的相关性
编辑人员丨1天前
目的:评价无麸质饮食(GFD)与类风湿关节炎(RA)的相关性。方法:从大规模全基因组关联研究(GWAS)中获取数据,选择相互独立且与欧洲血统人群GFD及RA相关的遗传位点作为工具变量。GFD GWAS数据包括64 949名个体和9 851 867名对照者。从GWAS中获取58 284例RA患者及13 108 512名对照者数据。利用逆方差加权法(IVW)、MR Egger及加权中位数法和加权模式进行了两样本孟德尔随机化(MR)分析,对GFD与RA的相关性进行探讨。应用Cochran Q检验及孟德尔随机多态性残差和离群值(MR-PRESSO)检测评估单核苷酸多态性(SNPs)的异质性。应用MR-Egger截距测试检验SNP的水平多效性。"留一法"敏感性分析评价MR研究是否受单个SNP的影响。 结果:在GFD与RA数据匹配后,3个SNP作为工具变量纳入研究。IVW显示GFD可显著降低RA的风险( β=-60.83, s x=3.82, P<0.001)。加权中位数法及加权模式同样显示无麸质饮食可以降低RA的风险( β=-57.97, s x=4.41, P<0.001; β=-55.81, s x=5.10, P=0.008)。对其进行敏感性分析,GFD与RA相关性的敏感性分析显示SNP之间可能存在异质性(Cochran Q检验, Q=12.80, P=0.002);MR-PRESSO结果显示未检测到异常的SNP( P=0.174)。森林图显示与GFD和RA密切相关的SNP具有稳定性。方法比较图显示多种检验方法结果基本一致。漏斗图显示SNP基本对称,提示MR分析没有多效性。MR Egger截距测试显示MR分析无水平多效性(截距值为-0.24, P=0.174)。"留一法"敏感性分析提示没有单个SNP对整体结果有较大影响。 结论:GFD与RA的风险降低有显著相关性。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
肠道微生物和肺功能(FEV1/FVC)的两样本孟德尔随机化研究及其在中医药领域应用的思考
编辑人员丨1天前
目的:利用两样本孟德尔随机化(MR)法探讨肠道微生物与肺功能(FEV1/FVC)的因果关系及其在中医药领域的应用。方法:MR法研究。采用公共数据库中MiBioGen联盟研究的肠道微生物全基因组关联研究(GWAS)数据和IEU OpenGWAS发布的肺功能(FEV1/FVC)的GWAS数据,根据预设的阈值提取工具变量。以逆方差加权法(IVW)分析为主,根据效应指标 β值和95% CI评估结果,当IVW分析有统计学意义时进行敏感性分析,使用留一法、异质性检验、水平基因多效性检验、MR-Egger回归截距分析等方法验证结果的稳定性与可靠性。 结果:通过IVW共确定了10种肠道微生物和肺功能(FEV1/FVC)之间的因果关系,分别为拟杆菌科S24.7组( β=-0.029, P=0.015)、梭菌科BB60组( β=-0.028、 P=0.040)、链球菌科( β=-0.056, P=0.042)、毛螺菌属FCS020组( β=0.025, P=0.029)、乳球菌属( β=-0.024, P=0.038)、消化球菌属( β=0.025, P=0.049)、瘤胃球菌属UCG011( β=-0.030, P=0.038)、瘤胃球菌属2( β=0.028, P=0.033)、土孢杆菌属( β=-0.030, P=0.018)、蓝菌门( β=0.027, P=0.039)。留一法分析显示结果稳定,且可剔除异质性和水平基因多效性对因果效应估计产生的影响。 结论:肠道微生物在肺功能变化中可能发挥一定作用,本研究在一定程度上印证了中医“肺与大肠相表里”理论思想,可为中医药研究方向提供一定参考。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
基于两样本孟德尔随机化的肠道微生物多尔氏菌属与急性呼吸窘迫综合征的因果关系研究
编辑人员丨1天前
目的:采用孟德尔随机化(MR)分析方法,探讨肠道微生物多尔氏菌属与急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的因果关系。方法:对全基因关联研究(GWAS)的汇总数据进行分析。多尔氏菌属的GWAS汇总数据来源于IEU数据库;ARDS的GWAS汇总数据来源于FinnGen数据库。多尔氏菌属数据包含14 306例样本,ARDS包含328例样本。筛选10个与多尔氏菌属密切关联的遗传位点作为工具变量。分别使用逆方差加权法、加权中位数法和MR-Egger回归分析等方法进行两样本孟德尔随机化分析,以 OR值和95% CI为评估指标,评估多尔氏菌属与ARDS之间的因果关系,同时进行基因多效性检验、异质性检验和敏感性分析来评估结果的稳定性和可靠性。 结果:逆方差加权法结果显示多尔氏菌属丰度升高可以明显降低ARDS的患病风险( P=0.034, OR=0.212,95% CI:0.050~0.891),加权中位数法的结果显示了相同的因果关系( P=0.017, OR=0.150,95% CI:0.031~0.714),MR-Egger回归结果无统计学意义( P=0.971)。MR-Egger截距法结果显示不存在基因的水平多效性( P=0.473)。异质性检验表明单核苷酸多态性存在异质性( P=0.024),使用随机效应逆方差加权法进一步分析显示多尔氏菌属与ARDS之间仍存在因果关联( β=-1.552, SE=0.733, P=0.034)。敏感性分析显示研究结果没有产生偏倚。 结论:利用两样本孟德尔随机化方法排除混杂因素和因果关联后,得到无偏倚估计结果,多尔氏菌属与ARDS之间存在因果关系。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
