目的:评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法:回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本，分别对样本进行分枝杆菌、需氧菌和厌氧菌常规培养，结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。采用卡方检验或Fisher确切概率法比较mNGS和常规培养病原体及单纯细菌感染检出率。以临床确诊为金标准，比较常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测对骨关节结核分枝杆菌感染的诊断效能，同时采用受试者工作特征曲线(ROC)评估三种方法在骨关节结核诊断中的价值。采用配对 t检验比较患者抗感染治疗前后白细胞(WBC)计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白。 P<0.05为差异有统计学意义。 结果:37例患者年龄32～90岁。感染部位：31例为脊柱，6例为其他骨关节。入院前症状：12例患者表现为感染部位疼痛和发热，11例表现为疼痛，5例表现为疼痛和活动受限，5例表现为疼痛、发热、乏力及食欲减退，2例表现为疼痛、发热及活动受限，1例表现为疼痛伴体质量减轻，1例表现为疼痛、发热伴腹泻。mNGS共发现3类病原微生物，累计检出频次为42例次，其中细菌39例次(包括10个菌属)，占92.8%(39/42)；真菌2例次，占4.8%(2/42)；柯克斯体1例次，占2.4%(1/42)。37例患者中单纯细菌感染29例，占78.4%(29/37)；单纯真菌感染2例，占5.4%(2/37)；单纯柯克斯体感染1例，占2.7%(1/37)；5例患者同时检测出两种及以上病原体，占13.5%(5/37)。37例患者mNGS和常规培养病原体检出率分别为100.0%(37/37)和67.6%(25/37)，差异有统计学意义( χ2＝13.987， P<0.05)；29例单纯细菌感染患者mNGS和常规培养检出率分别为100.0%(29/29)和69.0%(20/29)，差异有统计学意义( χ2＝16.913， P<0.05)。常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测诊断骨关节结核分枝杆菌感染的ROC曲线下面积分别为0.958(95% CI：0.866～1.000， P<0.05)、1.000(95% CI：1.000～1.000， P<0.05)和0.958(95% CI：0.866～1.000， P<0.05)，诊断效能均较好。37例患者均根据mNGS及常规培养结果进行针对性抗感染药物治疗，其中28例接受手术干预。随访至2020年4月30日，1例患者死亡。随访3个月后患者WBC计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白分别为(5.5±1.5)×10 9/L、(41±38)mm/h和(5.0±4.6)mg/L，均低于抗感染治疗前水平[(8.0±2.9)×10 9/L、(79±42)mm/h和(63±52)mg/L]，差异均有统计学意义( t＝6.536、8.302和6.373， P均<0.05)。 结论:mNGS对于骨关节感染的鉴别诊断可能具有重要临床价值。

目的:利用宏基因二代测序(mNGS)技术，检测其和传统培养法的区别，探讨病原微生物及检出序列数与感染患者病情程度和预后的相关性。方法:选取2018年5月至2019年9月在上海市第十人民医院就诊的94例患者样本。分别进行传统培养和mNGS检测，对2种技术的诊断效果、假阳性率、假阴性率进行了分析。然后收集感染组75例患者的血液标本和临床信息，根据mNGS是否检出病原体将患者分为检出组(51例)和未检出组(24例)。测定外周血白细胞、C反应蛋白、降钙素原和中性粒细胞计数，用酶联免疫吸附试验法测定血清中细胞因子的浓度。分析患者病原体检出率与病情严重程度、住院时间等相关性分析。结果:纳入的94例样本中，感染组75例(79.79%)，非感染组16例(17.02%)，未知组3例(3.19%)。样本类型中血液占比最多(34/94)，其次为肺泡灌洗液(28/94)、组织、痰液、胸水、脓液等。下呼吸道感染所占比例最高(60/94)，其次是血流感染、胸水、中枢系统感染、心血管系统感染等。mNGS的敏感度显著高于培养法( χ2＝－223.107， P<0.05)。mNGS的特异度与培养法差异无统计学意义( χ2＝3.840， P＝0.05)。感染未检出组患者住院时间也明显高于检出组( t＝4.724， P<0.05)。单因素分析发现检出组患者外周血白细胞计数、中性粒细胞计数、C反应蛋白、降钙素原显著高于未检出组( t值分别为－8.848、－4.724、－4.335、－4.335， P值均<0.05)；检出组中肿瘤坏死因子α、白细胞介素2R、白细胞介素8水平均高于未检出组( t值分别为－5.585、－7.258、－4.678， P值均<0.05)。logistic多因素回归分析去除混杂因素后，显示性别、年龄、白细胞介素2R与病原体检出阳性有关。 结论:mNGS在结核、真菌、病毒和厌氧菌诊断方面优势更明显，其阳性率高于传统方法3倍以上。感染患者的病原体检出率较高，其检出病原体核酸序列是患者预后不良的高危因素，有显著的临床价值。

患者，男，74岁。因右"眼红痛伴视力下降5 d"于2018年6月5日于上海交通大学医学院附属第九人民医院眼科就诊。患者入院前5 d，无明显诱因下突现右眼红痛伴视力下降，因在国外诊治不便，遂于1 d前回国，至某专科医院急诊就诊，查体右眼视力无光感可疑，眼睑肿胀，前房积脓，诊断为"右眼眼内炎，右眼眶蜂窝织炎待排"，给予头孢他啶2.0 g和奥硝唑0.5 g静脉滴注，同时给予局部抗生素（可乐必妥、托百士滴眼液点眼1次/h，迪可罗眼膏每晚点眼）及散瞳（l%阿托品眼膏点眼2次/d）治疗。患者于外院治疗1 d后，自觉右眼眼睑肿胀，睁眼困难加重，因病情发展较快，且合并全身疾病，转至我院就诊。既往病史：肝硬化6年，2年前因肝癌行肝切除手术；21个月前因牙齿松动缺损行整牙修复手术；20个月前因右手、双足甲癣行中药化腐清创术。否认糖尿病史、高血压史、心脏疾病史，反复询问患者及其家属，均否认眼部外伤史，其余个人史及家族史均无阳性发现。全身查体示：神志清，精神稍差，表情较痛苦，体质瘦弱；体温37.0℃，脉搏72次/min，呼吸18次/min，血压130/52 mmHg（1 mmHg=0.133kPa）；头颈、胸腹部检查未见异常，左下肢中部胫骨前区局部红肿，约5 cm×10 cm，触之有痛感，皮温高于周围，表面破溃、结痂、干燥（见图1）；双下肢皮肤色素沉着，下肢及踝部浮肿色稍红，皮温不高，双足背动脉搏动正常，未见足癣表现。眼科专科检查示：右眼视力无光感，眼压无法精确测量，指触大致正常；右眼眶周软组织高度红肿、触痛；右眼睑肿胀且睑裂不能睁开，眼球突出伴眼球运动障碍；右眼球结膜混合充血、高度水肿，角膜雾状混浊，角膜上皮片状脱落，前房可见黄白色积脓约4 mm，房闪（++），虹膜纹理尚清，瞳孔圆、小，直径1 mm，直接对光反射迟钝，晶体混浊，余结构窥不清；左眼裸眼视力0.6，前节及眼底未及明显异常；右眼眶压升高（T+2）/左眼眶压正常（Tn）。初步诊断为：右眼眼内炎，右眼全眼球炎，肝硬化、肝癌术后，收入我院眼科治疗。入院后完善相关辅助检查示：血液检查、眼分泌物及皮肤破损处分泌物分别送微生物培养。血常规检查示：白细胞5.20×10 9/L（3.50~9.50 9/L），中性粒细胞百分比82.5%（40%~75%）；淋巴细胞0.48×10 9/L（0.80~4.00/L）、血小板数目68×10 9/L（125~350/L）、血小板百分比10.4%（20.0%~40.0%）、红细胞计数3.15×10 9/L（4.30~5.80/L）以及血红蛋白91 g/L（130~175 g/L）均较之前明显降低；尿常规示：尿蛋白（++），尿葡萄糖（弱阳）。血生物化学检查示：空腹血糖8.9 mmol/L（3.9~6.1 mmol/L）、糖化血红蛋白7.0%（4.0%~6.0%）、白蛋白31 g/L（32~48 g/L）、球蛋白45 g/L（23~35g/L）、白/球蛋白比0.7（1.1~1.9）、肌酐103 μmol/L（55~96）。血培养结果示：无真菌、厌氧菌生长，结膜囊分泌物细菌培养显示无细菌生长。来我院就诊前2 d，外院眼部B超示：右眼玻璃体混浊伴后脱离可能、视网膜脱离可能、脉络膜水肿增厚、球壁水肿（见图2）；外院眼眶CT示：右眼睑、眼球壁表面及其周围、视神经前段及眶周弥漫性软组织肿厚，伴泪腺稍肿大。考虑为炎症性病变（见图3）。患者右眼眼内炎诊断明确，考虑眼内炎已快速进展为全眼球炎，同时患者年龄大、全身合并肝硬化且有肝癌手术史，入我院后发现糖尿病，且下肢存在感染灶，若保眼球治疗则感染扩散的风险大，结合患者自身及其家属要求，故在麻醉监护下行右眼球内容物剜出术。术中沿角膜缘做切口后可见晶状体及大量黄白色黏稠脓液溢出，眼内容物均为脓性物。将色素膜去除干净，注射10 mg/ml万古霉素于巩膜壳内浸泡，5 min后采用37℃大量0.9%氯化钠溶液冲洗。将眼内容物送检验科行细菌培养及药敏，结果显示：无乳链球菌感染；敏感抗生素：苄青霉素、万古霉素、四环素等；耐药抗生素：左氧氟沙星、莫西沙星、红霉素等。无乳链球菌感染致内源性眼内炎极少见，进一步追问病史得知患者曾于2周前无明显诱因下出现左下肢红肿伴痛感，未予诊治，肿痛自行有所缓解；就诊7 d前曾同家人至俄罗斯旅行，否认疫区及动物接触史。最终诊断为：右眼内源性无乳链球菌感染性全眼内炎，右眼全眼球炎；左下肢感染，2型糖尿病，肝硬化（代偿期），肝癌术后。右眼眼内容物剜除术后4 d，患者眼部情况及眶周症状明显好转，转至内科住院继续治疗2周。术后2周患者至我科复查（见图4），右眼眶区无肿胀，眼睑无红肿，结膜囊薄壳在位，未见脓性分泌物，结膜无红肿、渗出，切口对合良好，缝线在位。随访3个月全身情况稳定，未见复发。

慢性功能性便秘是一种以排便困难、排便次数减少或排便不尽感为主要症状，且不符合肠易激综合征诊断标准的疾病。该病发病率较高，且易引发肠梗阻、结直肠癌等疾病，严重影响患者的生活质量。传统治疗以药物治疗为主，但效果不佳，甚至可能引起电解质紊乱、结肠黑变病等并发症。慢性功能性便秘的发病机制复杂，近年来有研究表明其可能与肠道菌群失调有关，主要表现为厌氧菌减少、某些有害菌和真菌增多。粪菌移植是一种新兴的特殊器官移植，通过重建肠道菌群结构、调整体内的代谢过程和信号通路而调节肠道蠕动。本文对粪菌移植治疗慢性功能性便秘疗效的研究进展进行综述，旨在为进一步优化粪菌移植的临床应用提供参考。

坏死性筋膜炎是临床上比较少见但死亡率极高的一种感染性疾病，主要为需氧菌及厌氧菌感染，真菌感染较为少见，但是真菌感染死亡率却高达58% ［1］。本科于2022年5月19日收治热带假丝酵母菌致会阴部坏死性筋膜炎患者1例，经过手术清创引流、换药、抗感染及高压氧治疗后，恢复良好出院。现报道如下。

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight massspectrometry,MALDI-TOF MS)技术,简称飞行质谱技术,可在短时间内完成对微生物种属水平的鉴定[1].基本原理是使用已知菌种的蛋白质图谱建立数据库,利用不同菌种核糖体蛋白(2～20 kD)大小的差异,将未知样本的检测图谱与数据库中的微生物参考图谱进行比对,鉴定结果[2-3].与传统的微生物表型和生理生化检测方法相比,质谱鉴定的分子量范围大、扫描速度快、操作通量高,且对样品纯度要求不高[4].除了可鉴定常见细菌和真菌,对临床厌氧菌、苛养菌、丝状真菌以及分枝杆菌等疑难微生物和相对复杂样品的鉴定能力也更强,同时对耐药微生物的鉴定准确性相对较好[5].

气候暖干化导致高寒地区泥炭地土壤氮排放急剧增加,但是潜在的微生物调节机制尚不清楚.本文综述了高寒泥炭地土壤氮转化与排放过程对温度升高、水位变化的响应,土壤厌氧氨氧化(Anammox)与NO3-异化还原过程的相互作用,土壤N2O产生路径及其贡献.当前研究的不足体现在:1)只关注土壤N2O排放,忽视了 N2的释放,导致高寒地区泥炭地氮的损失量被严重低估;2)Anammox过程对泥炭地N2排放的贡献未被量化;3)Anammox、细菌反硝化和真菌协同反硝化过程对N2损失的相对贡献缺乏定量评估;4)气候暖干化情景下Anammox和NO3-还原过程的解耦机制尚不清楚.未来研究重点应着力于:构建野外增温、水位控制暖干化模拟试验平台,结合稳定性同位素、分子生物学和宏基因组学技术,围绕格局-过程-机理这条主线,系统评估高寒地区泥炭湿地氮排放(N2O、NO、N2)的量级、组成比例与主控因素,探讨土壤主要脱氮过程的相互作用规律,量化硝化、厌氧氨氧化和反硝化对N2O、N2产生的相对贡献,甄别对暖干化响应敏感的微生物类群,明晰土壤脱氮转变与微生物群落演替之间的耦联关系,揭示土壤脱氮过程对气候暖干化响应的微生物学机理.

为探究体外发酵牦牛瘤胃源厌氧真菌 Orpinomyces sp.YF3 在不同碳源诱导下的产酶机制,本研究利用厌氧培养管在 10 mL 基础培养基中分别添加不同碳源复杂度的葡萄糖(glucose,Glu)、滤纸(filter paper,Flp)、微晶纤维素(avicel,Avi)各 8 g/L作为唯一碳源进行体外发酵,检测发酵液中的纤维降解酶活性和挥发性脂肪酸,并利用转录组学探究Orpinomyces sp.YF3的产酶机制.结果表明葡萄糖诱导下的发酵液中羧甲基纤维素酶、微晶纤维素酶、滤纸酶和木聚糖酶的活性,及乙酸的比例显著升高(P＜0.05),丙酸、丁酸、异丁酸的比例显著降低(P＜0.05).进一步分析发现与纤维降解酶相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)在Glu组中显著上调.基因本体论(gene ontology,GO)功能富集显示DEGs主要集中在木聚糖酶、纤维素酶、葡萄糖和碳水化合物等的分解代谢过程及相关酶活性,京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析富集到的纤维降解酶相关的差异通路主要是淀粉和蔗糖代谢途径、其他聚糖降解途径.以上结果表明,以葡萄糖为碳源底物的Orpinomyces sp.YF3可增加纤维素降解酶活性,提高乙酸比例,通过调控纤维降解酶基因的表达及相关代谢通路来提高对底物的降解能力,提高能量利用效率.这为Orpinomyces sp.YF3 在实际生产中的应用提供了理论基础.

目的 探讨毅新博创Clin-TOF-I基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)分析性能验证方法,使之满足实验室对临床常见病原微生物的检测需要,为临床提供及时准确的鉴定结果.方法 选取标准菌株、质控菌株和临床菌株共167株,包含常见的革兰氏阳性及阴性杆菌67株、革兰氏阳性及阴性球菌45株、真菌33株,厌氧菌10株、苛养菌12株,所有菌株均经VITEK2 XL、Clin-TOF-II鉴定,必要时进行细菌16S rDNA验证.采用该质谱检测系统推荐的方法对以上菌株进行鉴定,完成准确度验证试验;选取标准菌株10株,采用该质谱检测系统对10株菌株每天进行质谱鉴定3次,连续鉴定3d,从而验证鉴定结果的重复性,即完成精密度验证.结果 毅新博创质谱对标准/质控菌株的鉴定符合率为100％;对临床菌株的属水平鉴定符合率为100％;对常见革兰氏阳性及阴性杆菌的种水平鉴定符合率95.5％;对常见革兰氏阳性球菌的种水平鉴定符合率为100％;对真菌的种水平鉴定符合率为90.9％;对苛养菌的种水平鉴定符合率为100％;对厌氧菌的种水平鉴定符合率为100％.精密度验证试验结果重复性为100％.结论 MALDI-TOF MS系统在革兰氏阳性及阴性杆菌、革兰氏阳性及阴性球菌、真菌、苛养菌鉴定的准确度和精密度均符合规定要求,验证通过.

目的:探讨原发性泪小管炎的临床特征、诊疗经验以及病原微生物的分布特征,为原发性泪小管炎的诊治提供一定的参考.方法:回顾性临床研究.纳入2019-06/2023-02期间在无锡市第二人民医院眼科诊断为原发性泪小管炎119例120眼.治疗方法主要分为保守治疗(经泪点清除泪小管结石联合管内注入抗生素眼膏)和手术治疗.病原微生物检查方法包括分泌物涂片镜检和微生物培养.结果:原发性泪小管炎多见于中老年女性,主要表现为长期眼红、分泌物增多,但多不伴有流泪症状.118例(99.2％)单眼发病,下泪小管发病63例63眼(52.5％).实验室检查:119例120眼中有4例4眼未行实验室检查,余115例116眼检查结果如下:分泌物涂片革兰染色镜检,102例103眼(88.8％)检出放线菌,真菌涂片均为阴性;微生物培养,85例86眼(74.1％)细菌培养阳性.共培养出111株细菌,26种菌株.其中需氧菌32株(28.8％),厌氧菌26株(23.4％),兼性厌氧菌53株(47.7％).最常见菌种为:链球菌20株,葡萄球菌13株,丙酸杆菌和二氧化碳嗜纤维菌各10株.放线菌仅4例4眼(3.4％)培养阳性,真菌培养均为阴性.治疗情况:119例120眼中,114例115眼(95.8％)通过保守治疗经泪点清除泪小管结石联合管内注入抗生素眼膏(微创治疗方法,IOI)后痊愈,5例5眼保守治疗效果不佳,接受手术治疗后均达到治愈,总的治愈率100.0％.结论:原发泪小管炎发病率低,好发于中老年女性,单眼下泪小管多见,临床易漏诊误诊,放线菌为主要致病菌,多为混合感染,菌种异质,厌氧或兼性厌氧菌为主,链球菌、葡萄球菌最为常见.真菌性泪小管炎罕见.泪小管炎确诊后治愈率高,推荐IOI法作为泪小管炎初始治疗.