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发育不良和歪头病对变态末期棘胸蛙皮肤菌群的影响
编辑人员丨2024/5/11
实验基于高通量测序技术,以健康(CTL组)、发育不良(DD组)和患歪头病(TD组)的棘胸蛙(Quasipaa spinosa)为研究对象,系统地探索宿主健康状态与皮肤微生物菌群组成、多样性及功能之间的潜在关系.所有样本经测序、质控及聚类获得2997条扩增子序列变体(ASVs),注释32个门,76个纲,167个目,259个科和402个属,其中变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidota)为棘胸蛙皮肤主要优势菌门(＞1％),但丰度受宿主健康状态的影响.在属水平上筛选获得50个菌群标志物,其中23个(如乳杆菌(Lactobacillus)、德沃斯氏(Devosia)、希瓦氏菌(Shewanella)和Luteolibacter)在CTL组中相对丰度较高,提示棘胸蛙的健康状态;19个(如短稳杆菌(Empedobacter)、芽孢杆菌(Bacillus)和短螺旋体(Brevinema))在DD组中相对丰度较高,提示棘胸蛙发育不良的病症;8个(如伊丽莎白菌(Elizabethkingia)、柠檬酸杆菌(Citrobacter)和不动杆菌(Acinetobacter))在TD组中相对丰度较高,提示棘胸蛙歪头病的病症.多样性分析表明,TD组的多样性和均一度与CTL组和DD组相比显著降低,微生物菌群组成也表现出明显分离.功能预测表明,CTL组和TD组皮肤微生物菌群之间功能差异主要富集在新陈代谢相关通路.总之,该项研究揭示不同健康状态下棘胸蛙皮肤微生物菌群的组成和变化,突出共生微生物菌群在两栖动物健康养殖和疾病预防中的潜在应用.
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编辑人员丨2024/5/11
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LncRNA63及其共表达基因Hr3在家蚕中的表达和功能分析
编辑人员丨2023/8/5
[目的]本研究旨在通过对一个新的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)及其共表达基因在家蚕Bombyxmori中的表达和功能进行分析,进一步阐明lncRNA在调控家蚕变态发育中的分子机制.[方法]基于前期家蚕脂肪体转录组测序数据,我们发现在蜕皮激素20E(2 μg/μL)处理5龄幼虫早期的脂肪体中lncRNA63表达显著上调,家蚕激素受体基因Hr3与之共表达.利用qRT-PCR对lncRNA63和Hr3在家蚕不同发育时期(4-5龄幼虫、蛹和成虫)、5龄幼虫不同组织(头、体壁、血淋巴、中肠、马氏管、脂肪体、丝腺、精巢和卵巢)和2 μg/μL 20E处理2,6,12和24 h后5龄幼虫脂肪体中的表达谱进行分析;采用核质分离检测和原位杂交技术检测lncRNA63在家蚕BmN细胞中的定位;利用dsRNA干涉家蚕5龄幼虫个体中lncRNA63的表达,并利用qRT-PCR检测RNA干涉lncRNA63对头、丝腺、脂肪体和体壁中Hr3表达的影响.[结果]qRT-PCR结果表明,1ncRNA63和Hr3在家蚕羽化前的蛹末期有一个表达高峰;二者在家蚕5龄幼虫头、体壁和丝腺中都有较高表达;lncRNA63和 Hr3在2 μg/μL 20E处理2,6和12 h的家蚕5龄幼虫脂肪体中较对照组(无水乙醇处理组)都显著上调,24 h下降到与对照组相当水平,二者的表达趋势完全一致.LncRNA63主要定位于BmN细胞核,但20E可诱导lncRNA63的核质迁移.利用dsRNA干涉lncRNA63表达后,Hr3的表达显著下调.[结论]20E不仅可调控lncRNA63的表达,还可诱导lncRNA63的核质迁移;lncRNA63可通过调控共表达基因Hr3的表达参与家蚕的变态发育过程.
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编辑人员丨2023/8/5
