目的:探究精神分裂症表达异常的致病风险基因。方法:选取56 418例精神分裂症患者与78 818名健康对照者的全基因组关联研究（genome-wide association study，GWAS）数据和大脑表达数量性状位点（expression quantitative trait loci，eQTLs），采用基于汇总数据的孟德尔随机化（summary data-based mendelian randomization analysis，SMR）整合分析精神分裂症的重要风险致病基因，并采用精神分裂症患者尸脑背外侧前额叶皮质第3层和第5层锥体神经元、人诱导多能干细胞（human induced pluripotent stem cell，hiPSC）和全血表达数据集进行差异表达分析，以验证风险基因表达失调情况。结果:基于SMR共发现16个精神分裂症风险基因（ PSMR<5×10 -6），分别为C4A、HLA-C、EMB、SLC9B1、PCDHA7、BTN3A2、KRT8P46、PCDHA8、SFMBT1、PCCB、WBP1L、BTN3A3、MUSTN1、PPM1M、TYW5和SF3B1。差异表达分析结果进一步验证显示，SF3B1在大脑背外侧前额叶皮质第3层和第5层锥体神经元（ Padjust=5.22×10 -3）和hiPSC（ Padjust=1.41×10 -4）中表达水平均显著下调。WBP1L在hiPSC（ Padjust=1.28×10 -8）和全血（ Padjust=1.17×10 -4）中表达水平均显著上调。TYW5（ Padjust=3.06×10 -6）在hiPSC中表达水平显著上调，PCCB（ Padjust=1.34×10 -4）、BTN3A2（ Padjust=1.48×10 -3）、PPM1M（ Padjust=5.13×10 -6）和PCDHA8（ Padjust=4.31×10 -2）在hiPSC中表达水平显著下调。BTN3A3（ Padjust=2.18×10 -2）在全血中表达水平显著下调。 结论:精神分裂症风险基因SF3B1、TYW5、PCCB、BTN3A2、PPM1M、PCDHA8、WBP1L和BTN3A3异常表达可增加发病风险。

目的 通过C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)亲本品系小鼠流感感染后相关表型及杂交子代BXD小鼠肺脏转录本数据的系统性分析进行基因筛选,以找到在流感病毒感染中发挥作用的候选基因.方法 共选取41个BXD小鼠及亲本品系B6和D2的雌性小鼠,在8～12周龄之间给予流感病毒甲型鼠肺适应株(H1N1,PR8M)得到相关表型及基因表达量数据,对基因表达量进行聚类分析及加权基因共表达网络分析,构建模块特征值与小鼠病毒载量的相关性,经表达数量性状座位分析,皮尔逊相关性分析,结合全基因组关联研究(GWAS)、小鼠基因组信息学(MGI)、国际小鼠表型联合会(IMPC)三个基因数据库中的信息分析筛选流感病毒感染相关的候选功能基因及确定该基因的遗传调控方式;最后将挑选出的基因进行通路富集分析.结果 通过聚类分析和加权基因共表达网络分析,将24 219个基因分为23个模块;通过模块与表型的相关性分析,发现MEred、MEgreen、MEma-genta模块与感染密切相关,将其作为核心模块;对核心模块基因通过KEGG和MPO富集分析,结果显示流感病毒相关基因显著参与MAPK信号通路、TNF信号通路等多个细胞免疫相关通路;对核心模块内基因与BXD小鼠流感病毒感染的3种表型(体质量减轻,平均死亡时间和感染后体质量减轻中位数)进行相关性分析,共发现21个基因的肺mRNA表达水平与3种表型均相关(P＜0.05);进一步通过GeneNetwork中GEMMA算法对这21个基因行表达数量性状座位分析,结果表明Acpl2受顺式遗传调控,Dusp12、Ovol2、Catsper4、Tmc5、Acsm 1、Fam81a、Rtn4、Rhpn1受反式遗传调控;通过结合MGI,IMPC,GWAS三个基因数据库中的信息分析发现部分基因在免疫通路方面发挥作用.结论 通过系统遗传学分析,在小鼠基因组上鉴定了影响流感病毒感染相关的21个候选基因,后续可做进一步的功能验证来阐明其参与流感病毒感染的遗传调控机制.

全基因组关联分析(GWAS)是动植物复杂性状相关基因定位的常用手段.高通量基因分型技术的应用极大地推动了GWAS的发展.在植物中,利用GWAS不仅能够以较高的分辨率在全基因组水平鉴定出各种自然群体特定性状相关的基因或区间,而且可揭示表型变异的遗传架构全景图.目前,人们利用GWAS分析方法已在拟南芥(Arabidopsisthaliana)、水稻(Oryza sativa)、小麦(Triticum aestivum)、玉米(Zea mays)和大豆(Glycine max)等模式植物和重要农作物品系中发掘出与各种性状显著相关的数量性状座位(QTL)及其候选基因位点,阐明了这些性状的遗传基础,并为揭示这些性状背后的分子机理提供候选基因,也为作物高产优质品种的选育提供了理论依据.该文对GWAS的方法、影响因素及数据分析流程进行了详细描述,以期为相关研究提供参考.

亚麻作为一种经济作物,综合利用价值高,亚麻籽丰富的营养成分和活性物质以及优质的纤维品质使得亚麻越来越受到青睐,因而培育高品质亚麻品种成为当前的育种目标.传统育种方法因周期长、选择有限等原因限制了育种进程,随着分子生物学和分子标记等技术的发展,传统育种手段结合分子育种在一定程度满足了育种需求.文章对分子标记在亚麻研究中的应用、遗传连锁图谱构建、数量性状基因座位定位、抗性及育性标记定位、全基因组关联分析等研究进展作一综述,并探讨亚麻分子标记辅助育种研究中存在的问题,为今后亚麻育种提供一些参考.