目的:基于生物信息学方法分析植物同源结构域锌指蛋白5A(PHF5A)在肝细胞癌(肝癌)中的表达及临床意义。方法:肿瘤免疫估计资源(TIMER)、UALCAN及临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)数据库分析PHF5A在肝癌中的表达。UALCAN数据库分析PHF5A表达与肝癌临床病理学特征的相关性，并利用癌症基因组图谱(TCGA)肝癌数据进行二元Logistics回归验证。基因表达谱交互分析(GEPIA)、Kaplan-Meier Plotter数据库分析PHF5A表达与肝癌患者预后的相关性，通过Cox回归模型评估PHF5A的预后价值并构建列线图预测患者的预后。LinkedOmics数据库分析肝癌中PHF5A的共表达基因，并进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析，预测其生物学功能。基因集富集分析(GSEA)探讨PHF5A在肝癌中作用的机制。通过STRING数据库进一步构建PHF5A的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。单样本基因集富集分析(ssGSEA)研究PHF5A表达与肿瘤免疫浸润的关系，TIMER数据库分析PHF5A与免疫检查点基因的相关性。两组PHF5A表达比较采用 t检验或秩和检验，生存分析采用Kaplan-Meier法及Log-rank检验，采用Cox比例风险回归模型确定PHF5A对预后的价值。 结果:UALCAN数据库显示肝癌组织中PHF5A mRNA表达水平升高[癌比癌旁为23.761(18.367，30.691)比12.462(10.650，14.983)， P<0.001]。CPTAC数据库进一步验证，肝癌中PHF5A蛋白表达量亦显著高于癌旁[0.006(－0.680，0.577)比－1.990(－2.582，－1.477)， P<0.001]。PHF5A与肝癌患者临床分期(Ⅰ期比Ⅲ期)、组织学分级(G1比G3，G1比G4，G2比G3)显著正相关( P<0.05)；Logistics回归分析显示，PHF5A与临床分期、组织学分级、T分期以及甲胎蛋白(AFP)水平显著相关[比值比( OR)＝1.426、2.279、1.409、2.335， P<0.05]。GEPIA数据库显示PHF5A高表达组总生存期(OS)及无病生存期(DFS)更短[风险比( HR)＝1.700，1.400， P<0.05]；Kaplan-Meier Plotter数据库显示PHF5A高表达组OS、无进展生存期(PFS)、无复发生存期(RFS)、疾病特异性生存期(DSS)更短( HR＝1.720、1.480、1.460、2.280， P<0.05)。多因素Cox分析结果显示，PHF5A是肝癌患者OS及PFS较短的独立危险因素( HR＝1.928、2.272， P<0.01)。GO、KEGG富集分析结果显示PHF5A与RNA的剪接及加工、细胞周期、细胞分裂、正调控转录等显著相关( P<0.05)。GSEA富集分析结果显示PHF5A基因显著富集于剪接体、RNA降解、G2M检查点、细胞周期等信号通路( P<0.001)。ssGSEA分析表明PHF5A表达与肝癌组织中包括辅助型T细胞2、浆细胞样树突状细胞、细胞毒性细胞在内的多种免疫细胞浸润相关[相关系数(cor)＝0.367，－0.278，－0.289， P<0.001]。PHF5A表达与常见的免疫检查点分子标志物PD1、PDL1、CTLA4、LAG3显著正相关(cor＝0.246、0.267、0.273、0.168， P<0.01)。 结论:PHF5A在肝癌中高表达并提示预后不良，可能与异常的选择性剪接及抑制性免疫微环境相关。

[目的]BBX(B-Box)作为锌指转录因子亚家族之一,广泛参与植物的生长发育过程.本研究旨在揭示猕猴桃BBX家族的基因特征和潜在功能.[方法]从全基因组水平对猕猴桃BBX基因家族进行鉴定,分析其蛋白质理化性质、亚细胞定位、系统发育特征、蛋白质保守结构域以及同源特性等,同时研究它们在不同组织部位和果实贮藏过程的表达模式.[结果]48 个AcBBX不均匀地分布于 22 条染色体上,编码的氨基酸长度 126-515 aa,蛋白分子量 14172.09-57905.84 Da,预测有 4 种亚细胞定位;家族成员有 0-4 个内含子;启动子含有光反应、植物激素调控、逆境胁迫调控、生长发育调控等多种顺式作用元件.结合进化树及保守结构域被聚为 5 个组,基因串联重复和片段复制是家族成员扩张的主要原因.AcBBXs在猕猴桃不同器官中的表达量有差异,7 个成员在成熟果中表达量较其他部位高,3 个成员在幼果中表达较高,7 个成员在叶中表达量较高,3 个成员在花中表达量较高;果实采后贮藏过程中,3 个成员受果实外源激素调控影响表达上调且高于其他处理组,6 个成员在果实室温贮藏一周后表达上调且高于其他处理组.在果实4℃低温贮藏过程中,10个成员的表达随时间增加而上调,5个成员的表达随时间增加而下调.[结论]揭示了BBX家族不同成员在猕猴桃生长发育和果实采后贮藏期间的转录特征,为后续猕猴桃BBX基因功能验证奠定基础.

锌指同源蛋白ZF-HD(zinc finger homeodomain)家族是植物中所特有的一类转录因子家族,在响应植物逆境胁迫,调控花发育以及种子寿命等方面具有重要作用,但其在草莓中的功能尚不清楚.该研究从森林草莓(Eragaria vesca)基因组数据库分离获得了10个ZF-HD家族的基因.进化树分析显示,按照亲缘关系远近该基因家族可分为6个不同的亚族;启动子顺式元件分析发现,该基因家族基因的启动子区域含有较多的逆境胁迫和激素响应相关的元件.荧光定量PCR检测发现,FvZF-HD7基因在花中的表达量显著大于其他基因;组织特异性表达分析表明,FvZF-HD7基因在花中表达量最高,在叶和茎中也有表达,在果实发育的前期表达量较高,而在果实发育后期急剧降低.利用森林草莓‘Yellow Wonder 5AF7'(YW)的cDNA成功克隆到FvZF-HD7基因,生物学信息学分析表明FvZF-HD7基因全长1 083 bp,编码360个氨基酸;序列比对结果显示,其编码的蛋白质同时含有ZF以及HD保守结构域;蛋白质的相对分子质量为39 153.89 Da,结构中富含a螺旋和无规则卷曲.成功构建表达载体pGWB5-FvZF-HD7,将目的基因载体转入烟草中,Confocal激光共聚焦显微镜观察发现,转基因烟草的细胞核中检测到GFP信号,表明FvZF-HD7蛋白定位于细胞核中.研究表明,FvZF-HD7可能广泛参与了植物花发育和逆境胁迫调控,为进一步分析森林草莓ZF-HD基因家族的功能奠定了理论与分子基础.

植物同源域锌指蛋白5A(PHF5A)是PHD-finger样蛋白超家族成员之一,广泛表达于真核生物细胞核中,其PHD-finger样结构域是蛋白质-DNA或蛋白质-蛋白质相互作用区.PHF5A除作为剪接体蛋白组成亚单位调控靶基因的选择性剪接外,还在胚胎干细胞的多潜能性维持、染色质结构重塑、DNA损伤修复、胚胎形成与组织形态发育等方面发挥重要作用.近年来,越来越多的研究集中在探索PHF5A的剪接体相关功能和非剪接体相关功能,及其功能异常与乳腺癌、肺癌、结直肠癌等多种恶性肿瘤的发生、发展及预后的关系,并发现其潜在机制可能包括介导靶基因的异常选择性剪接、作为原癌基因/蛋白激活下游信号通路、作为核转录因子或辅因子调控异常的基因转录等.此外,PHF5A还参与某些肿瘤干细胞的生长调控.本文就PHF5A的结构及功能特点及其在多种恶性肿瘤发生发展中的作用进行综述,以期为抗肿瘤治疗提供潜在作用靶点.