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基于病毒-宿主交互网络的加味芦根方治疗流行性感冒的生物信息学分析
编辑人员丨2024/4/27
目的 从病毒-宿主交互界面探讨加味芦根方(芦根、全蝉蜕、僵蚕、金银花、生甘草、薄荷、羌活、葛根、柴胡)治疗流行性感冒的分子机制.方法 从本草组鉴数据库收集复方的化学成分,经里宾斯基五原则筛选潜在的活性成分后,进一步在瑞士靶点预测网站预测活性成分的作用靶点;从GEO数据库挖掘人类流感芯片GSE90732 的差异表达基因;从病毒-宿主相互作用搜索工具检索H1N1 流感-智人蛋白交互组;整合上述生物信息集,通过Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用网络和加味芦根方-病毒-宿主交互网络,使用R软件对交集基因进行功能富集分析,最后对关键活性成分及靶点进行分子对接验证.结果 获得 1 252 个活性成分,1 415 个作用靶点,951 个流感差异表达基因和 10 142 对H1N1-智人蛋白互作信息.加味芦根方与流感的交集靶点有 72 个,功能富集显示这些靶点与宿主防御和程序性细胞死亡密切相关.交互网络拓扑分析表明,加味芦根方通过齐墩果酸、γ-十一碳酸内酯、长棘素等多种活性成分调控病毒M2、NA、NS1 和HA蛋白和/或宿主HSP90AA1、NRAS和ITGB1 等多个关键靶标发挥治疗作用,分子对接结果表明活性成分与靶点具有较好的结合能力.结论 加味芦根方通过多种活性成分直接靶向流感病毒蛋白和/或宿主因子,从抑制病毒复制、调节宿主防御和细胞死亡等多个维度发挥抗击流感的作用.该研究为进一步实验解析加味芦根方治疗流感的分子机制提供了理论基础.
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编辑人员丨2024/4/27
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抗病毒免疫中干扰素与炎症信号通路的交互调控:防御反应与维持稳态
编辑人员丨2023/8/5
天然免疫是机体通过识别自身或外部危险信号后,为维持体内稳态而逐步建立起来的一系列防御反应,当宿主细胞内的模式识别受体识别胞内病原相关分子模式后激活干扰素(interferon,IFN)、核因子-kappa B(nuclear factor-kappa B,NF-κB)和炎性小体等信号通路.IFNs 在天然免疫应答中发挥重要作用,它诱导的抗病毒基因能够通过多种方式抵御病毒的感染,炎症反应则是机体自动的防御反应,能够在病毒感染机体时释放促炎性细胞因子以调控机体的免疫反应,进而发挥抗病毒作用.在病毒感染过程中,IFN信号通路与炎症反应调控网络中的关键分子如NF-KB/RelA、PKR等存在一定的交互作用,此外,IFN信号通路及其产生的细胞因子又影响其他信号通路的活化,进而调控机体的免疫应答以维持自身稳态,它们之间的交互调控失衡将会引起过度炎症反应,导致组织器官的免疫病理损伤,例如SARS-CoV-2感染机体时产生的过度炎症反应.本文综述了机体抗病毒免疫过程中干扰素信号通路与炎症反应之间的交互调控,为研发抗病毒策略提供新思路.
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编辑人员丨2023/8/5
