-
电离辐射诱导的突变签名研究进展
编辑人员丨1周前
近十年来，高通量测序技术提供了海量的基因组突变数据，对肿瘤样本突变数据的解析显示出与致癌因素密切相关的突变特征，称为"突变签名"，可用来分析肿瘤多阶段发展过程中各类致癌因素的贡献度。电离辐射诱导的基因突变是其致癌效应的分子基础，阐明电离辐射诱导的突变签名的规律，对于深入理解随机性效应具有重要意义。本文介绍了突变签名的研究历史与分析方法，全面总结了目前电离辐射诱导的突变签名的研究现状，并展望了该领域的发展。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
基于高通量RNA测序分析Wilms瘤中关键基因对预后及免疫应答的影响
编辑人员丨2024/6/22
目的 探索肾母细胞瘤(WT)中关键基因及其对预后和免疫应答的潜在影响.方法 采用高通量RNA测序技术分析临床肿瘤样本和配对正常组织的mRNA全面表达谱,并鉴定差异表达基因.使用GO、KEGG和GSEA富集分析探索差异表达基因在肾母细胞瘤中的潜在生物学功能和机制.使用STRING数据库鉴定HUB基因.LASSO回归用于构建HUB基因预后模型.基于cBioPortal平台分析关键HUB基因的突变特征并对其免疫治疗效果进行预测.采用qPCR验证关键HUB基因的差异表达.结果 本研究筛选出1612个差异表达基因,其中1030个上调,582个下调.GO、KEGG或GSEA富集分析显示,差异基因集与细胞周期和免疫应答有关,一定程度上参与了WT的发生发展.基于STRING数据库构建差异基因的PPI网络,进一步确定了10个HUB基因.其中4个HUB基因(TP53、MED1、CCNB1和EGF)被证实与WT患儿的生存密切相关.通过LASSO回归分析构建WT患者的三基因预后签名,根据该签名将患者分为高危或低危组,生存分析显示显著的预后差异(HR=1.814,Log-rank P=0.002).该模型的3年、5年和7年生存ROC曲线的AUC值均大于0.7.突变分析显示,关键HUB基因整体突变或TP53/CCNB1的单独突变与较低的生存率密切相关,其中TP53高表达与较差的免疫治疗疗效有关.qPCR结果显示,关键HUB基因在肿瘤组织和细胞中呈现出显著的表达差异.结论 TP53基因在WT中发挥重要作用,可能成为新的免疫治疗生物标志物和治疗靶点.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2024/6/22
-
基于肿瘤免疫微环境鉴定IDH突变型弥漫性胶质瘤的预后标志物
编辑人员丨2023/8/5
异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变存在于大多数低级别胶质细胞瘤中,免疫逃逸是肿瘤标志性特征之一,免疫治疗在胶质瘤的治疗中的作用越来越重要.利用生信手段分析TCGA、CGGA、GEO数据集中IDH突变胶质瘤的770个免疫相关基因及其临床相关数据,从而获得每个患者的免疫风险评分(IMRS);结合IMRS和临床信息,筛选出6个差异表达基因(TRAF3、ATG10、BID、TAB1、MAP3K1、RPS6)组成IMRS模型并生成诺莫图对患者预后进行评估,发现低风险组患者的总生存期(OS)较高风险组均明显延长.此外,签名相关免疫细胞浸润分析发现肿瘤相关巨噬细胞浸润评分(TAM)与肿瘤相关T细胞浸润评分(TIS)呈明显的负相关,表明高IMRS富集了促肿瘤免疫浸润,而低IMRS则富集了相对较多的抗肿瘤免疫浸润.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/5
