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黑色素瘤缺乏因子2通过磷酯酰肌醇3激酶/蛋白激酶B通路调控胰腺癌细胞增殖、凋亡的作用机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨黑色素瘤缺乏因子2(AIM2)对胰腺癌恶性细胞生物学行为的影响及其作用机制。方法:通过慢病毒转染技术构建AIM2稳定过表达的胰腺癌细胞株BxPC-3和PANC-1,并分别通过定量反转录聚合酶连锁反应(qRT-PCR)和蛋白质印迹法(Western blot)验证AIM2的mRNA及蛋白水平。通过BrdU增殖实验、划痕实验、Transwell侵袭实验、细胞凋亡以及细胞周期实验检测过表达AIM2对胰腺癌细胞株功能的影响。通过转录组测序探究AIM2在胰腺癌中的作用机制并进行验证,使用基因表达差异分析评估多组样本之间的差异,组间差异采用 t检验分析。 结果:慢病毒转染可成功构建AIM2稳定过表达的胰腺癌细胞株。BrdU增殖实验结果表明,BxPC-3和PANC-1细胞LV-AIM2-OE组的增殖能力显著低于LV-NC组(吸光度值:0.502±0.006比0.543±0.005、0.956±0.032比1.235±0.091, t=5.568、2.903, P<0.05);划痕及Transwell实验结果表明,过表达AIM2后BxPC-3、PANC-1细胞的迁移[(51.960±4.347)%比(43.070±3.546)%、(33.380±1.562)%比(37.950±2.441)%, t=1.584、1.578, P>0.05]及侵袭能力[(66.730±2.588)个比(60.800±1.506)个、(119.900±4.410)个比(112.900±2.461)个, t=1.981、1.399, P>0.05]不受影响;流式细胞术分析细胞凋亡及细胞周期显示,BxPC-3、PANC-1细胞株LV-AIM2-OE组的早期凋亡[(6.073±0.206)%比(2.825±0.111)%、(5.230±0.247)%比(4.165±0.385)%, t=13.890、2.425, P<0.05)]以及总凋亡[(16.420±0.662)%比(10.650±0.169)%、(25.920±0.829)%比(20.710±2.697)%, t=8.441、2.116, P<0.05]比例均显著高于LV-NC组,并且AIM2过表达后可改变细胞周期分布。转录组测序(RNA-Seq)结果显示,BxPC-3和PANC-1细胞LV-AIM2-OE组中蛋白激酶B(Akt)3基因表达水平显著下调;蛋白印迹结果显示,LV-AIM2-OE组的磷酸化Akt(p-Akt)蛋白水平显著低于LV-NC组(0.647±0.027比1.451±0.030、0.408±0.019比0.978±0.026, t=19.810、17.650, P<0.001),并且人第10号染色体同源丢失性磷酸酶张力蛋白基因(PTEN)水平显著高于LV-NC组(0.908±0.099比0.627±0.013、1.231±0.027比0.557±0.016, t=2.810、21.820, P<0.05)。 结论:磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/Akt信号通路参与调控AIM2过表达BxPC-3和PANC-1胰腺癌细胞株的生物学功能,从而抑制其增殖能力,促进细胞凋亡,改变细胞周期分布。
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编辑人员丨5天前
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云南省曲靖地区手足口病病原学监测(2019年)
编辑人员丨5天前
目的:了解2019年云南省曲靖地区手足口病(HFMD)病原学特征。方法:采集曲靖地区2019年HFMD患儿的粪便样本,从粪便悬液中直接提取病毒RNA,先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒(EV)VP4区基因并测序,序列在GenBank确定病毒型别,用各型病毒的相关引物扩增病毒VP1区全序并测序,通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping Tool Version 0.1)进行病毒型别初步鉴定,之后计算与原型株的核苷酸相似性并进行基因进化树分析定型。结果:470份样本中共检测到62株EV毒株,总阳性检出率为13.19%,其中EV-A组病毒42株(8.94%),EV-B组病毒9株(1.91%),EV-C组病毒11株(2.34%),全为脊灰病毒1型疫苗株(Sabin株),未检测到肠道病毒71型(EV-A71)和EV-D组病毒。检出率较高的病毒依次为柯萨奇病毒A10型(CV-A10,4.47%,21株)、柯萨奇病毒A16型(CV-A16,2.55%,12株)、脊髓灰质炎病毒1型疫苗株(2.34%,11株)和CV-A6(1.70%,8株)。结论:2019年云南省曲靖地区儿童HFMD病例的主要病原是CV-A10、CV-A16和CV-A6,未检出EV-A71。与往年国内其他省份相比,曲靖地区2019年HFMD病原体已经发生改变,今后要加强对CV-A10、CV-A16和CV-A6等病原的实验室监测工作。
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编辑人员丨5天前
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一个丙酸血症家系的 PCCB基因两个新变异鉴定
编辑人员丨5天前
目的:分析1个丙酸血症(propionic acidemia,PA)家系的致病变异。方法:通过多重探针杂交富集患儿 PCCA和 PCCB基因的全部编码外显子及其侧翼区序列进行高通量测序,检测可疑变异,运用Sanger测序在家系中进行变异验证。提取患儿父亲外周血淋巴细胞RNA,应用逆转录-聚合酶链反应联合Sanger测序对新剪切变异进行验证;采用多种在线软件对错义变异进行致病性分析。 结果:在患儿 PCCB基因第1内含子和第7外显子检出复合杂合变异,分别是c.184-2A>G剪切变异和c.733G>A(p.G245S)错义变异,Sanger测序验证表明二者分别来自父母。mRNA水平验证表明,c.184-2A>G变异可导致 PCCB基因转录产物第2外显子的缺失;多个软件预测c.733G>A错义变异具有致病性,245位置的氨基酸在不同物种均具有高度保守性。 结论:PCCB基因变异可能是该家系患儿的致病原因,新变异的检出丰富了 PCCB基因的变异谱。
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编辑人员丨5天前
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长脉宽1064 nm Nd∶YAG激光重塑兔耳软骨分子作用机制研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨长脉宽1064 nm Nd∶YAG激光照射兔耳软骨后,导致兔耳软骨重塑的分子作用机制。方法:将33只兔按照随机数表法分为6组,分别用于以下实验:筛选激光能量(6只),观察激光照射术后即刻(6只)、1周(6只)、3周(6只)、6周(6只)兔耳软骨组织的变化,以及转录组测序和样本验证(3只)。采用自身对照研究,左耳为不做处理,为正常对照侧;右耳进行激光照射(照射侧)。(1)激光能量筛选:使用长脉宽1064 nm Nd∶YAG激光以不同能量密度(50、60、70、80、90、100 J/cm 2)照射6只兔耳右侧软骨后,取双侧厚度一致、相同规格、去除皮肤及软骨膜的软骨,进行组织学切片HE染色,观察软骨细胞的变化,确定最适宜塑形的激光能量密度(简称最适能量密度)。(2)兔耳软骨组织学观察:采用最适能量密度的激光照射24只兔右耳,分别于术后即刻及1、3、6周取材双侧软骨进行组织学观察(HE、Masson和天狼星红染色)。(3)转录组测序和样本验证:采用最适能量密度的激光照射3只兔右耳,照射后6 h内取下兔耳右侧软骨组织进行混合,设为激光照射组;取左耳相同部位、等体积的软骨组织,设为空白对照组,进行转录组RNA测序,并采用定量聚合酶链式反应(qPCR)和蛋白质印迹法检测相关基因和蛋白的表达。 结果:(1)经50~100 J/cm 2不同能量密度的激光照射后,HE染色显示,激光能量密度为80 J/cm 2时能使软骨细胞有改变但未发生空泡变形及凝固性坏死,损伤程度适宜。(2)80 J/cm 2的激光照射后,组织学观察显示,术后即刻出现激光辐射带,辐射带上软骨细胞整体形态拉长,呈梭形细胞样改变,基质染色深,折光明显,Ⅱ型胶原相对增多,1周时辐射带变浅,细胞大小较前恢复;3周到6周时辐射带周围基质染色又逐渐加深,整体形态又拉长。(3)转录组RNA测序发现:激光照射组与空白对照组相比,有198个差异表达基因(70个基因上调、128个基因下调)。通过进一步筛选和研究,激光照射组中CREB3L2基因表达上调。qPCR结果显示,激光照射组中CREB3L2 mRNA相对表达量明显高于空白对照组,差异有统计学意义( P<0.01);蛋白质印迹法检测显示,CREB3L2蛋白相对表达量高于空白对照组,且具有时间依赖性,差异有统计学意义( P<0.01)。 结论:长脉宽1064 nm Nd∶YAG激光照射兔耳软骨后,上调了CREB3L2基因的表达,引起软骨细胞重排及增殖,导致耳软骨形态和生物力学发生改变。
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编辑人员丨5天前
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蕈样肉芽肿患者瘙痒与趋化因子CCL17相关性研究
编辑人员丨5天前
目的:寻找参与蕈样肉芽肿(MF)患者瘙痒发生的相关分子。方法:纳入2009年10月至2021年8月于北京大学第一医院就诊的522例MF患者作为研究对象,统计瘙痒发生率。根据是否有瘙痒症状对患者进行分组,分析其中49例患者皮损活检组织的RNA测序数据,寻找有瘙痒症状与无瘙痒症状患者的差异表达基因;使用酶联免疫吸附试验和免疫组织化学技术分别检测88例MF患者血清和81例MF患者组织CC趋化因子17(CCL17)蛋白表达量;使用流式细胞仪检测46例患者外周血T淋巴细胞活化和分化标记,寻找与瘙痒症状相关的外周血淋巴细胞亚群。使用 χ2检验、Mann-Whitney U检验、Spearman相关性检验进行统计分析。 结果:522例患者中,男305例,女217例;早期MF 347例,进展期MF 175例。MF患者瘙痒发生率为67.2%(351例),进展期患者瘙痒发生率(81.7%,143/175)较早期患者(59.9%,208/347)上升( χ2 = 25.03, P<0.001)。RNA测序结果显示,瘙痒MF患者CCL17 mRNA表达量高于无瘙痒MF患者(差异表达倍数= 10.09, P<0.001)。瘙痒患者血清CCL17浓度[1 017.05(377.12,4 831.80)pg/ml]较无瘙痒患者[361.66(180.47,500.08)pg/ml]上升( Z = -4.57, P<0.001),且与瘙痒评分呈正相关( r = 0.57, P = 0.010)。在早期和进展期MF患者中,瘙痒患者血清CCL17浓度均高于无瘙痒患者( Z = -3.68, P<0.001; Z = -2.54, P = 0.011)。瘙痒患者与无瘙痒患者CCL17免疫组化相对定量评分差异无统计学意义( Z = -1.84, P = 0.066)。瘙痒患者CD3 +CD4 +CD26 -CCR4 +恶性T细胞百分比高于无瘙痒MF患者( Z = -2.03, P = 0.043),且与血清CCL17浓度呈正相关( r = 0.49, P<0.001)。 结论:MF瘙痒患者皮损组织CCL17mRNA和血清CCL17浓度上升,CCL17与MF患者瘙痒发生相关,可能通过招募CD3 +CD4 +CD26 -CCR4 +恶性T细胞参与瘙痒发生。
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编辑人员丨5天前
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干扰circ_0063865的表达影响食管鳞状细胞癌的恶性表型
编辑人员丨5天前
目的:探讨circ_0063865在食管鳞状细胞癌(ESCC)组织和细胞中的表达及其对细胞生物学特性的影响。方法:应用Sanger测序、背靠背引物验证以及核糖核酸外切酶(Ribonuclease R,Rnase R)耐受实验鉴定circ_0063865的环状结构及稳定性。RNA荧光原位杂交实验检测ESCC病理组织芯片中circ_0063865的表达并分析其临床相关性。实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测正常食管上皮细胞系以及ESCC细胞系中circ_0063865的表达水平。Cell Counting Kit-8实验、集落形成实验、划痕实验、transwell侵袭实验以及流式细胞术分别检测circ_0063865对细胞增殖、迁移、侵袭能力以及凋亡水平的影响。结果:Sanger测序、背靠背引物和Rnase R耐受实验验证了circ_0063865的成环性。RNA荧光原位杂交结果显示,circ_0063865在ESCC组织中表达的平均荧光强度显著高于其配对癌旁正常组织( t=2.267, P<0.05),circ_0063865表达与淋巴结转移显著相关( χ2=4.356, P<0.05),circ_0063865高表达ESCC患者的平均总生存时间低于低表达患者。RT-qPCR结果表明,与正常食管上皮细胞系相比,circ_0063865在ESCC细胞系中的表达水平显著升高( F=18.413, P<0.05)。此外,敲低circ_0063865后,KYSE-30和KYSE-150细胞的增殖、迁移和侵袭能力显著降低,凋亡水平显著升高(均 P<0.05)。 结论:ESCC中circ_0063865呈高表达,其表达变化与淋巴结转移显著相关,而且circ_0063865可促进ESCC细胞的增殖、迁移和侵袭。
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编辑人员丨5天前
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lncRNA MIR210HG在子痫前期胎盘组织中的表达及其功能分析
编辑人员丨5天前
目的:研究子痫前期(PE)产妇胎盘组织中长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达及其中之一MIR210HG对绒毛膜滋养层细胞系HTR8/SVneo细胞生物学特性的影响,并对MIR210HG进行功能分析。方法:选取2018年7月至2019年7月青岛大学附属医院收治的PE产妇39例(PE组)和同期正常妊娠产妇39例(对照组)。(1)采用转录组测序(RNA-seq)技术分析两组产妇胎盘组织中差异表达的lncRNA;实时荧光定量PCR技术方法检测两组产妇胎盘组织中差异表达的lncRNA之一MIR210HG的表达水平,并分析MIR210HG表达水平与收缩压、舒张压和新生儿出生体重的相关性。(2)构建小分子干扰RNA(siRNA),转染HTR8/SVneo细胞以敲低MIR210HG的表达,实验分为两组,即MIR210HG敲低(KD)组(HTR8/SVneo细胞转染siRNA敲低了MIR210HG的表达)和阴性对照(NC)组(HTR8/SVneo细胞转染NC siRNA),采用活细胞计数(CCK-8)法、穿膜小室(transwell小室)体外实验检测两组HTR8/SVneo细胞增殖和迁移能力的变化。(3)采用RNA相互作用百科全书(ENCORI)数据库预测与MIR210HG相互作用的RNA,并采用基因本体(GO)功能注释、京都基因和基因组百科全书(KEGG)和BioCarta通路富集方法对MIR210HG的功能进行分析。结果:(1)RNA-seq技术共检测出显著差异表达的lncRNA 26个,其中表达上调21个、下调5个。MIR210HG在PE组产妇胎盘组织中的表达水平显著高于对照组(分别为9.30 ±1.90、1.10 ±0.20; t=4.425, P<0.01);MIR210HG的表达水平与收缩压( r2=0.234, P<0.05)和舒张压( r2=0.190, P<0.05)均呈线性正相关关系,与新生儿出生体重呈线性负相关关系( r2=0.157, P<0.05)。(2)与NC组相比,KD组HTR8/SVneo细胞的增殖和迁移能力均显著增强( P均<0.05)。(3)ENCORI数据库分析共预测出可能与MIR210HG相互作用的RNA 38个。GO功能注释分析显示,MIR210HG可能参与免疫应答分子中介物产生的调控等27条通路的功能;KEGG通路富集显示,MIR210HG可能参与同种异体移植物排斥等8条通路的功能;BioCarta通路富集显示,MIR210HG可能参与翻译起始因子通路等8条通路的功能。 结论:lncRNA MIR210HG在PE产妇的胎盘组织中表达上调,降低MIR210HG的表达水平可促进HTR8/SVneo细胞的增殖和迁移,MIR210HG可能是滋养层细胞生物学行为的调节因子。
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编辑人员丨5天前
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基于生物信息学和机器学习算法鉴定PDR铁死亡关键基因
编辑人员丨5天前
目的::联合生物信息学分析方法和机器学习算法筛选增殖性糖尿病视网膜病变(PDR)中铁死亡关键基因和治疗靶点。方法::从GEO数据库和FerrDb数据库中下载PDR转录组测序数据集、基因芯片数据集和铁死亡相关基因列表;筛选出铁死亡相关差异基因并行功能富集分析;通过WGCNA分析方法筛选PDR中铁死亡相关疾病特征基因;综合LASSO算法与SVM-RFE算法筛选出铁死亡关键基因并通过受试者工作特征曲线评估诊断能力;对铁死亡关键基因行GSEA分析;通过DGIdb数据库构建铁死亡关键基因的药物调控网络;应用CIBERSORT算法分析PDR中免疫细胞浸润分布特征。组间比较采用独立样本 t检验或Mann-Whitney U检验。Pearson相关分析用于不同基因模块与临床性状之间的相关性分析。 结果::从3 678个差异基因中筛选出83个铁死亡相关差异基因。功能富集分析结果显示,这些基因参与铁死亡、长寿调节、自噬等信号通路。通过WGCNA分析方法从中筛选出17个铁死亡相关疾病特征基因。联合LASSO算法与SVM-RFE算法从17个疾病特征基因中筛选出3个铁死亡关键基因为PPARA、ABCC5、TSC1,并证明这些基因有很高的诊断效能。单基因GSEA分别展示了3个关键基因高低表达组中富集到的信号通路。从DGIdb数据库中筛选出20个相关药物并构建3个关键基因的药物调控网络。CIBERSORT结果显示,M1巨噬细胞、中性粒细胞等在PDR样本中浸润程度较高。结论::本研究分析鉴定出PDR中3个铁死亡关键基因,为进一步研究PDR的病理分子机制和诊断治疗靶点提供了新的思路与参考。
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编辑人员丨5天前
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CRL4B复合物抑制分泌型卷曲相关蛋白1促进胰腺癌的发生发展
编辑人员丨5天前
目的:探讨CRL4B复合物在胰腺癌发生发展中的作用及其分子机制。方法:将胰腺癌细胞分为对照组(转染阴性对照慢病毒)、shCUL4B组(转染CUL4B慢病毒)、shDDB1组[转染DNA损伤结合蛋白1(DDB1)慢病毒]和shCUL4B+siSFRP1组[转染CUL4B慢病毒+分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)-siRNA]。对敲低CUL4B和DDB1的胰腺癌细胞系进行RNA测序(RNA-seq),寻找CRL4B复合物调控的靶基因,采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测靶基因mRNA的表达,染色质免疫共沉淀(ChIP)-PCR实验鉴定CRL4B复合物直接调控的靶基因,Western blot法检测上皮-间充质转化(EMT)标志物蛋白的表达水平,EdU细胞增殖实验检测细胞增殖能力,划痕实验和Transwell实验检测细胞迁移和侵袭能力。采用GEO、TCGA和GTEx数据库中胰腺癌相关肿瘤样本和正常组织样本的测序数据,分析CUL4B、DDB1和其下游靶基因的表达相关性。结果:RNA-seq结果显示,CRL4B复合物调控的靶基因涉及多种恶性肿瘤相关信号通路。qRT-PCR检测结果显示,shCUL4B和shDDB1组待验证靶基因的mRNA表达水平均高于对照组,差异有统计学意义(均 P<0.05)。ChIP-PCR实验结果显示,CRL4B复合物直接结合在NME1和SFRP1靶基因启动子区,敲低CUL4B的表达后,靶基因启动子区域组蛋白H2A第119位赖氨酸单泛素化富集减少。对照组PANC-1细胞增殖率为(32.10±3.58)%,高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(13.95±1.66)%和(22.38±0.77)%,均 P<0.05];对照组AsPC-1细胞增殖率为(35.47±7.80)%,高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(19.60±3.58)%和(30.09±0.81)%,均 P<0.05]。细胞划痕实验显示,对照组PANC-1细胞迁移率为(53.18±3.70)%,高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(17.46±2.62)%和(44.99±9.18)%,均 P<0.05]。Western blot结果显示,对照组细胞上皮标志物α-catenin和γ-catenin的表达分别为1.00±0.03和1.01±0.11),低于shCUL4B组(分别为1.44±0.01和1.21±0.06,均 P<0.05),对照组细胞间充质标志物Fibronectin和Vimentin表达水平分别为1.01±0.14和1.02±0.18,高于shCUL4B+siSFRP1组(分别为1.53±0.13和1.22±0.07,均 P<0.05)。对照组细胞的迁移率为(100.00±3.96)%,与shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(35.49±0.34)%和(107.06±2.77)%]比较,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。CUL4B和DDB1在胰腺癌中表达升高,且与SFRP1的表达呈负相关( r分别为-0.342和-0.264)。 结论:胰腺癌中CRL4B复合物转录抑制靶基因SFRP1进而促进胰腺癌的发生发展,且CRL4B复合物在胰腺癌中的高表达支持了其作为胰腺癌治疗的潜在靶点。
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编辑人员丨5天前
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呼吸道病原体多重核酸扩增在老年患者呼吸系统感染检测中的应用
编辑人员丨5天前
目的:了解多重RT-PCR方法检测13种常见呼吸道感染病原体,在老年患者呼吸系统感染病原体检测中的应用价值。方法:317例2016年6月至2017年5月在石家庄市第一医院老年科就诊的具有呼吸系统感染症状的老年患者,年龄60~98岁,采集其抽吸痰液,提取病毒DNA/RNA,利用多重RT-PCR技术扩增,通过毛细管电泳,同时检测13种呼吸道病原体;并以直接测序方法和荧光实时PCR法为标准,评价该试剂的临床性能。结果:使用直接测序和荧光实时PCR结果为参照,多重RT-PCR技术的准确性为99.93% (95% CI: 99.79%~99.98%),阳性预测值为99.24% (95% CI: 97.78%~99.74%),阴性预测值为100% (95% CI: 99.9%~100%),Cohen’s kappa值为0.9958 (95% CI: 0.965 2~1.026)。在317例老年患者中,呼吸道病原阳性检出率为75.7% (240/317),其中甲型流感病毒最高,为20.2% (64/317),主要为H3亚型(70.3% (45/64);其次为鼻病毒、腺病毒、肺炎支原体和乙型流感病毒,检出率分别为15.5% (49/317)、13.6% (43/317)、11.0% (35/317)和10.1% (32/317)。此外,同时检出2种以及2种以上病原体的老年患者为81例,检出率为25.6% (81/317)。 结论:多重RT-PCR方法能满足临床对呼吸道病原体检测的需求,并为老年患者呼吸系统感染的防治提供有效的临床资料。
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编辑人员丨5天前
