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45例t(11;22)相互易位染色体核型的临床特征及1例断裂点检测
编辑人员丨5天前
目的:回顾性分析临床上t(11;22)相互易位核型分布及其携带者的临床特征,为t(11;22)相互易位核型携带者提供遗传咨询和合理的辅助生育意见。方法:分析2014年1月-2019年9月临床上t(11;22)相互易位核型的分布情况和临床特征,并对1例进行纳米孔测序与断裂点分析。结果:共获得45例t(11;22)相互易位核型,包括37例外周血染色体易位核型和8例胎儿羊水染色体易位核型。45例t(11;22)相互易位核型共分为7种类型,t(11;22)(q25;q13)例数最多。临床特征包括不良孕产史20例、原发不孕不育12例、t(11;22)携带者7例、正常生育史6例、产检异常者3例和出生异常者1例。纳米孔测序可以精确定位易位断裂点及破坏的基因。结论:t(11;22)相互易位的核型分布、临床特征和断裂点精确定位有助于解释临床表现的遗传学病因,为遗传咨询和辅助生育提供意见。
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编辑人员丨5天前
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三代测序技术在遗传病诊断中的应用进展
编辑人员丨5天前
遗传学检测技术的更新迭代不断推动着人类对遗传病的理解,但由于现有技术的局限性,无法识别部分变异或尚未构建部分变异与表型之间的联系,故仍有约半数的遗传病未得到明确诊断。近十余年来,以纳米孔测序和单分子实时测序为代表的三代测序技术,弥补了二代测序的技术盲区,在串联重复序列分析、结构变异、单倍型分析等遗传学检测的各方面展示出其优势。本文就测序技术的发展、三代测序技术的原理和技术特点、在遗传病诊断中的应用进行阐述。
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编辑人员丨5天前
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基于纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒的测序鉴定及其基因特征分析
编辑人员丨5天前
目的:利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法:对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件,分析病毒基因特点。结果:系统发育进化树显示,该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支,宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近,与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂,具有明显的遗传多样性。分子特征显示,该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征,倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上,该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论:本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒,分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低,但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。
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编辑人员丨5天前
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SRSF2通过诱导铁死亡抑制蛋白1选择性剪接抑制铁死亡促进胶质母细胞瘤细胞增殖
编辑人员丨5天前
目的:探讨富含丝氨酸/精氨酸剪接因子2(serine/arginine-rich splicing factor 2,SRSF2)对胶质母细胞瘤细胞铁死亡的影响及其可能的作用机制。方法:结合基因表达谱交互分析版本2(gene expression profiling interactive analysis 2,GEPIA2)与中国脑胶质瘤基因组图谱计划(Chinese Glioma Genome Atlas,CGGA)在线数据库,对收集的天津医科大学总医院胶质母细胞瘤组织和非肿瘤脑组织病理切片进行免疫组织化学染色,分析SRSF2在胶质母细胞瘤组织中的表达情况及其与患者预后的关系;运用小干扰RNA(siRNA)技术靶向沉默胶质母细胞瘤细胞中的SRSF2基因,经蛋白免疫印迹(Western blot)和CCK8法检测其沉默SRSF2的效果及其对细胞增殖能力的影响;利用表达质粒pcDNA3.1(+)-SRSF2进行挽救实验;通过检测胶质母细胞瘤细胞中铁离子和丙二醛的水平,以及谷胱甘肽和氧化型谷胱甘肽的比值变化研究铁死亡活性;牛津纳米孔技术(Oxford nanopore technologies,ONT)3代全长转录组测序分析SRSF2沉默后诱导的差异基因表达水平和差异选择性剪接(pre-mRNA alternative splicing,PMAS)变化。结果:与非肿瘤脑组织相比,SRSF2在胶质母细胞瘤组织中呈高表达,免疫组织化学结果阳性细胞率达88.48%±4.60%,远超非肿瘤脑组织中的9.97%±4.57%;高表达与患者总生存期和无病生存期呈负相关( P<0.01);经siRNA靶向沉默SRSF2的胶质母细胞瘤细胞增殖能力明显降低( P<0.01),引入外源性SRSF2后增殖能力恢复;SRSF2 siRNA处理的胶质母细胞瘤细胞内铁离子和丙二醛水平升高( P<0.05),谷胱甘肽/氧化型谷胱甘肽比值及谷胱甘肽途径中关键蛋白的表达均无明显变化( P>0.05);转录组测序结果显示SRSF2沉默后胶质母细胞瘤细胞中铁死亡抑制蛋白1(ferroptosis suppressor protein 1,FSP1)发生显著的3′端PMAS改变。 结论:胶质母细胞瘤细胞中SRSF2抑制铁死亡、促进增殖可能是通过调控FSP1 PMAS实现的。
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编辑人员丨5天前
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结核病介入诊断与治疗年度进展2023
编辑人员丨5天前
2023年,国内外同道在结核病的介入诊治方面进行了一系列的研究和探索。经多途径、多腔道内窥镜检下的微创介入、导航技术等引导下取样及高准确度的实验室检测技术的临床联用越来越广泛,为疑难结核病的精准诊断发挥了重要作用。针对肺结核、气管支气管结核、纵隔淋巴结结核及肺外结核的诊断技术,包括经传统的可弯曲常规支气管镜、超细支气管镜、超声支气管镜等特殊类型支气管镜检术,经支气管镜透壁针吸活检术、超声及虚拟导航等引导下活检技术,经胸腔镜胸膜冷冻活检术,经皮穿刺活检等技术。经介入技术取样标本的Xpert、Ultra、环介导等温扩增、宏基因组学二代测序及纳米孔测序等技术,显著缩短了诊断的时限并提高了诊断效能。介入治疗集中在肺结核大咯血、气管支气管结核、胸膜结核与结核相关瘘等疾病。气管支气管结核的介入治疗主要包括硬镜的应用,肺结核大咯血的介入治疗涉及血管内栓塞、覆膜支架置入等;经支气管镜冷热消融技术、狭窄气道的球囊扩张及支架置入术等;胸膜结核的介入治疗有胸腔镜技术,经内镜钳夹、支架等封堵器置入及自体脂肪移植等瘘口封堵术。本文就2022年10月至2023年9月已发表的文献进行综述。
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编辑人员丨5天前
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纳米孔测序技术在呼吸系统感染性疾病中的应用
编辑人员丨5天前
下呼吸道感染在我国所致的社会和经济负担巨大,针对下呼吸道感染的病原体进行早期快速检测,是提高患者救治成功率的重要途径。经典的微生物分离和培养等传统的病原学检测方法存在如操作复杂、耗时长、阳性率低等诸多局限,因此,临床实践中迫切需求呼吸道病原体的新型快速精准检测方法。近年来,纳米孔基因测序技术飞速发展,其具备长读长、设备便携、可进行实时测序和直接分析等技术优势,使其在呼吸系统感染中的病原学诊断方面展示出了巨大的潜力。本文将从纳米孔测序技术的进展及其在呼吸系统感染性疾病中的应用做一综述,以期为临床病原学快检提供新思路,更好的为临床服务。
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编辑人员丨5天前
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基于纳米孔测序技术的临床检测研究进展
编辑人员丨5天前
鉴于目前一代测序通量低,二代测序读长短的限制,一种新的克服上述缺点的技术应运而生。基于纳米孔的三代测序技术不依赖DNA聚合酶的链式反应,通过识别电信号判别碱基,具有广泛的应用前景,同时也面临着更多挑战。目前在在感染性病原、传染病防控、遗传变异及肿瘤诊断等方面有诸多应用。
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编辑人员丨5天前
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18例内源性眼内炎患者的临床特征和纳米孔技术测序结果
编辑人员丨5天前
内源性眼内炎(EE)诊断金标准为病原体培养 [1]。但苛养微生物存在或接受抗生素治疗后其培养阳性率下降,目前感染性疾病中病原体培养阳性率为40%~70% [2]。纳米孔测序技术(NST)具有长读长测序、周转时间快、生信分析难度低、便携等优势,高覆盖读取深度能提供更精确的结果;不仅可以进行微生物物种鉴定,亦能提供毒力、耐药性、代谢、菌株等方面的信息 [3,4,5]。本研究回顾分析了一组EE患者的临床特征和NST测序结果,初步评估NST临床应用的可行性。现将结果报道如下。
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编辑人员丨5天前
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基因组光学图谱技术和纳米孔测序技术检测染色体相互易位的差异分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨基因组光学图谱技术(Bionano)和纳米孔测序技术(Nanopore)分析染色体相互易位的差异。方法:在外周血细胞染色体核型和荧光原位杂交结果的基础上,利用基因组光学图谱技术和纳米孔测序技术检测4例染色体相互易位的断裂区域及其断裂点情况。结果:基因组光学图谱技术能够分析出易位染色体和粗略断裂位点;纳米孔测序技术能够分析出易位染色体和精确断裂位点以及影响的基因。结论:两种技术检测染色体相互易位存在差异性,临床医生和患者可根据需求选择不同的检测方案。
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编辑人员丨5天前
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纳米孔测序技术在非经典型21-羟化酶缺乏症基因诊断中的应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨纳米孔测序对2例非经典型21-羟化酶缺乏症(NC 21-OHD)患者基因诊断的性能及应用。方法:2例NC 21-OHD患者于2019年5月就诊于郑州大学第一附属医院,收集其临床资料,采集患者及其父母外周血并提取基因组DNA,应用纳米孔测序技术和生物学信息分析患者的基因变异情况,进一步通过一代测序对患者检测到的致病性CYP21A2基因变异进行验证。结果:患者1平均测序读长12 792 bp,测序深度27.19 ×,携带CYP21A2基因c.293-13C>G/c.844G>T(p.Val282Leu)复合变异。患者2平均测序读长13 123 bp,测序深度21.34 ×,携带CYP21A2基因c.332_339delGAGACTAC(p.Gly111Valfs)/c.844G>T(p.Val282Leu)复合杂合变异。进一步验证显示,例1的c.293-13C>G变异遗传自父亲,c.844G>T(p.Val282Leu)遗传自母亲;例2的c.844G>T(p.Val282Leu)遗传自父亲,c.332_339delGAGACTAC(p.Gly111Valfs)遗传自母亲。2例患者基因检测均符合非经典型先天性肾上腺皮质增生临床表型。结论:CYP21A2基因复合杂合突变是两例非经典型21羟化酶缺陷症患者的病因,纳米孔测序为其基因诊断提供新的检测方法。
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编辑人员丨5天前
