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SRSF2通过诱导铁死亡抑制蛋白1选择性剪接抑制铁死亡促进胶质母细胞瘤细胞增殖
编辑人员丨2天前
目的:探讨富含丝氨酸/精氨酸剪接因子2(serine/arginine-rich splicing factor 2,SRSF2)对胶质母细胞瘤细胞铁死亡的影响及其可能的作用机制。方法:结合基因表达谱交互分析版本2(gene expression profiling interactive analysis 2,GEPIA2)与中国脑胶质瘤基因组图谱计划(Chinese Glioma Genome Atlas,CGGA)在线数据库,对收集的天津医科大学总医院胶质母细胞瘤组织和非肿瘤脑组织病理切片进行免疫组织化学染色,分析SRSF2在胶质母细胞瘤组织中的表达情况及其与患者预后的关系;运用小干扰RNA(siRNA)技术靶向沉默胶质母细胞瘤细胞中的SRSF2基因,经蛋白免疫印迹(Western blot)和CCK8法检测其沉默SRSF2的效果及其对细胞增殖能力的影响;利用表达质粒pcDNA3.1(+)-SRSF2进行挽救实验;通过检测胶质母细胞瘤细胞中铁离子和丙二醛的水平,以及谷胱甘肽和氧化型谷胱甘肽的比值变化研究铁死亡活性;牛津纳米孔技术(Oxford nanopore technologies,ONT)3代全长转录组测序分析SRSF2沉默后诱导的差异基因表达水平和差异选择性剪接(pre-mRNA alternative splicing,PMAS)变化。结果:与非肿瘤脑组织相比,SRSF2在胶质母细胞瘤组织中呈高表达,免疫组织化学结果阳性细胞率达88.48%±4.60%,远超非肿瘤脑组织中的9.97%±4.57%;高表达与患者总生存期和无病生存期呈负相关( P<0.01);经siRNA靶向沉默SRSF2的胶质母细胞瘤细胞增殖能力明显降低( P<0.01),引入外源性SRSF2后增殖能力恢复;SRSF2 siRNA处理的胶质母细胞瘤细胞内铁离子和丙二醛水平升高( P<0.05),谷胱甘肽/氧化型谷胱甘肽比值及谷胱甘肽途径中关键蛋白的表达均无明显变化( P>0.05);转录组测序结果显示SRSF2沉默后胶质母细胞瘤细胞中铁死亡抑制蛋白1(ferroptosis suppressor protein 1,FSP1)发生显著的3′端PMAS改变。 结论:胶质母细胞瘤细胞中SRSF2抑制铁死亡、促进增殖可能是通过调控FSP1 PMAS实现的。
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编辑人员丨2天前
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SR蛋白家族在细胞凋亡过程中的作用及机制
编辑人员丨2天前
细胞凋亡是多基因严格控制的程序性细胞死亡方式,与多种疾病的发生发展密切相关,目前,凋亡调控的确切机制尚不完全清楚。参与细胞凋亡外源性或内源性调控的相关基因在转录水平可被选择性剪接产生不同的亚型,从而增加了细胞凋亡调控的复杂性。丝氨酸/精氨酸(SR)蛋白是前体信使RNA(pre-mRNA)剪接所需的基本剪接因子,作为选择性剪接的关键调节器,在细胞凋亡调控过程中具有重要的作用。人类SR蛋白家族根据被发现的时间顺序分别命名为富丝氨酸/精氨酸剪接因子1-12(SRSF1-12),由于其自身的特殊结构域,它们在细胞凋亡中的调控作用及机制不尽相同。本文主要综述SR蛋白家族成员在细胞凋亡中的作用和调控机制。
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编辑人员丨2天前
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雄激素受体变异体7在去势抵抗性前列腺癌中的功能和调节机制
编辑人员丨2天前
雄激素受体(AR)在去势抵抗性前列腺癌(CRPC)的发生过程中具有关键的调控作用,其中以雄激素受体变异体7(AR-V7)为代表的组成型活性变异体水平在CRPC进展过程中不断升高,可以作为判断CRPC患者疾病进展和预后的分子标志物,是克服去势抵抗、提高患者生存质量和生存期的重要靶标。研究结果表明,AR-V7的生成与AR基因结构重排、基因扩增和AR基因转录本选择性剪接有关,且受转化生长因子-β(TGF-β)等多个信号通路分子的协同调节;AR-V7改变了AR蛋白的转运与核定位机制,并进一步影响下游靶基因的转录表达。AR-V7拮抗AR活性而阻断AR和雄激素驱动的分化过程,阻遏抑癌基因的表达,刺激肿瘤细胞增殖,从而促进前列腺癌进展。相关靶向研究目前主要集中在AR-V7蛋白降解、mRNA表达抑制和N端结构域靶向干预等3个方面。随着研究的深入开展,AR-V7在前列腺癌进展中的分子机制将逐步阐明,将对CRPC的预防和治疗起到更大的推动作用。
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编辑人员丨2天前
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血小板衍生生长因子A不同转录变体对膀胱癌细胞增殖和侵袭的影响
编辑人员丨2天前
目的:探讨血小板衍生生长因子A(PDGFA)的不同转录变体PDGFA-L和PDGFA-S对膀胱癌细胞增殖和侵袭的影响。方法:通过生物信息学方法对肿瘤基因组图谱(TCGA)中的外显子测序数据进行分析,筛选出膀胱癌中PDGFA发生的异常选择性剪接事件。在膀胱癌细胞株(EJ和T24)中分别过表达PDGFA-L和PDGFA-S。设置组别为EJ和T24细胞株对照组和稳定过表达PDGFA实验组的EJ(EJ-PDGFA-L组和EJ-PDGFA-S组)和T24胞株(T24-PDGFA-L组和T24-PDGFA-S组)。通过细胞计数试剂盒(CCK-8)实验、平板克隆形成实验、Transwell实验观察PDGFA对膀胱癌增殖与迁移的影响。采用独立样本 t检验进行组间比较。 结果:通过生物信息学方法分析各肿瘤中PDGFA基因的外显子测序数据,可见PDGFA在多种癌症中发生异常选择性剪接,其中包括膀胱癌;与正常组织比较,肿瘤组织中PDGFA-L的表达高于PDGFA-S( P<0.05)。CCK-8结果显示,过表达PDGFA组细胞增殖能力明显高于对照组[EJ细胞株中PDGFA-L和PDGFA-S组吸光度值明显高于对照组(1.958±0.081比0.982±0.357, t=12.765, P<0.05)和(1.324±0.476比0.982±0.357, t=17.977, P<0.05);T24细胞株中PDGFA-L和PDGFA-S组吸光度值明显高于对照组(1.619±0.053比0.821±0.029, t=17.61, P<0.05)和(1.219±0.073比0.821±0.029, t=16.32, P<0.05)];集落形成实验结果显示,过表达PDGFA组细胞增殖能力明显高于对照组[EJ细胞株中PDGFA-L和PDGFA-S组集落数明显高于对照组(235.50±10.50比160.10±2.11, t=5.12, P<0.05)和(181.30±6.32比160.10±2.11, t=3.15, P<0.05);T24细胞株中PDGFA-L和PDGFA-S组集落数明显高于对照组(590.0±27.0比351.0±16.0, t=6.713, P<0.05)和(527.0±23.3比351.0±16.0, t=6.907, P<0.05)];Transwell实验结果显示,过表达PDGFA组细胞迁移能力明显高于对照组[EJ细胞株中PDGFA-L和PDGFA-S组迁移数明显高于对照组(635.0±15.0比125.0±7.5, t=17.32, P<0.05)和(611.0±19.0比125.0±7.5, t=18.55, P<0.05);T24细胞株中PDGFA-L和PDGFA-S组迁移数明显高于对照组(733±13比117±9, t=21.18, P<0.05)和(607±12比117±9, t=22.37, P<0.05)]。 结论:PDGFA能够促进膀胱癌细胞的增殖和侵袭,且全长转录本PDGFA-L有更强的促癌作用。
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编辑人员丨2天前
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RNA选择性剪接对肿瘤细胞放射敏感性影响的研究进展
编辑人员丨2天前
放射治疗是恶性肿瘤最主要的治疗方式之一,放射敏感性是影响肿瘤患者放疗疗效的关键因素,也一直是研究的热点。选择性剪接是基因表达过程中转录后关键的调控步骤,选择性剪接可以使前体mRNA产生多种不同的剪接异构体,进而产生不同的蛋白质,它们在维持机体正常生命活动中起着至关重要的作用。肿瘤细胞相对正常细胞而言,有着更高比例的剪接失调事件发生。选择性剪接的失调,可以导致基因组不稳定性、血管生成等病理过程的发生,从而导致疾病的进展。肿瘤细胞中发生的异常剪接事件,可以作为新的治疗靶点。本文将对RNA选择性剪接、剪接事件与放射敏感性相关研究,以及研究展望进行综述。
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编辑人员丨2天前
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植物同源结构域锌指蛋白5A在肝细胞癌中的表达及其临床意义
编辑人员丨2天前
目的:基于生物信息学方法分析植物同源结构域锌指蛋白5A(PHF5A)在肝细胞癌(肝癌)中的表达及临床意义。方法:肿瘤免疫估计资源(TIMER)、UALCAN及临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)数据库分析PHF5A在肝癌中的表达。UALCAN数据库分析PHF5A表达与肝癌临床病理学特征的相关性,并利用癌症基因组图谱(TCGA)肝癌数据进行二元Logistics回归验证。基因表达谱交互分析(GEPIA)、Kaplan-Meier Plotter数据库分析PHF5A表达与肝癌患者预后的相关性,通过Cox回归模型评估PHF5A的预后价值并构建列线图预测患者的预后。LinkedOmics数据库分析肝癌中PHF5A的共表达基因,并进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,预测其生物学功能。基因集富集分析(GSEA)探讨PHF5A在肝癌中作用的机制。通过STRING数据库进一步构建PHF5A的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。单样本基因集富集分析(ssGSEA)研究PHF5A表达与肿瘤免疫浸润的关系,TIMER数据库分析PHF5A与免疫检查点基因的相关性。两组PHF5A表达比较采用 t检验或秩和检验,生存分析采用Kaplan-Meier法及Log-rank检验,采用Cox比例风险回归模型确定PHF5A对预后的价值。 结果:UALCAN数据库显示肝癌组织中PHF5A mRNA表达水平升高[癌比癌旁为23.761(18.367,30.691)比12.462(10.650,14.983), P<0.001]。CPTAC数据库进一步验证,肝癌中PHF5A蛋白表达量亦显著高于癌旁[0.006(-0.680,0.577)比-1.990(-2.582,-1.477), P<0.001]。PHF5A与肝癌患者临床分期(Ⅰ期比Ⅲ期)、组织学分级(G1比G3,G1比G4,G2比G3)显著正相关( P<0.05);Logistics回归分析显示,PHF5A与临床分期、组织学分级、T分期以及甲胎蛋白(AFP)水平显著相关[比值比( OR)=1.426、2.279、1.409、2.335, P<0.05]。GEPIA数据库显示PHF5A高表达组总生存期(OS)及无病生存期(DFS)更短[风险比( HR)=1.700,1.400, P<0.05];Kaplan-Meier Plotter数据库显示PHF5A高表达组OS、无进展生存期(PFS)、无复发生存期(RFS)、疾病特异性生存期(DSS)更短( HR=1.720、1.480、1.460、2.280, P<0.05)。多因素Cox分析结果显示,PHF5A是肝癌患者OS及PFS较短的独立危险因素( HR=1.928、2.272, P<0.01)。GO、KEGG富集分析结果显示PHF5A与RNA的剪接及加工、细胞周期、细胞分裂、正调控转录等显著相关( P<0.05)。GSEA富集分析结果显示PHF5A基因显著富集于剪接体、RNA降解、G2M检查点、细胞周期等信号通路( P<0.001)。ssGSEA分析表明PHF5A表达与肝癌组织中包括辅助型T细胞2、浆细胞样树突状细胞、细胞毒性细胞在内的多种免疫细胞浸润相关[相关系数(cor)=0.367,-0.278,-0.289, P<0.001]。PHF5A表达与常见的免疫检查点分子标志物PD1、PDL1、CTLA4、LAG3显著正相关(cor=0.246、0.267、0.273、0.168, P<0.01)。 结论:PHF5A在肝癌中高表达并提示预后不良,可能与异常的选择性剪接及抑制性免疫微环境相关。
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编辑人员丨2天前
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长链非编码RNA在皮肤鳞状细胞癌中的作用机制进展
编辑人员丨2天前
长链非编码RNA(lncRNA)主要通过表观遗传修饰、mRNA选择性剪接调控、结合微小RNA等机制参与皮肤鳞状细胞癌(cSCC)的发生发展。本文综述近年来lncRNA在cSCC中调控的研究,探讨其作用机制,寻找cSCC潜在治疗靶点及生物标志物。
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编辑人员丨2天前
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肠胃清对裸小鼠大肠癌皮下移植瘤生长及STAT3、Bcl-2剪接异构体表达的影响
编辑人员丨2024/6/15
目的 探讨肠胃清治疗大肠癌的可能作用机制.方法 选用HCT116肠癌细胞株,制备沉默多聚嘧啶区结合蛋白3(PTBP3)基因、过表达PTBP3基因稳转的肠癌细胞;72只裸小鼠随机分为3组,各组分别通过腋下注射沉默PTBP3的稳转细胞、过表达PTBP3的稳转细胞、未转染的肠癌细胞,构建沉默模型、过表达模型、对照模型3种大肠癌细胞皮下移植瘤模型,每种模型24只.造模成功后将对照模型裸小鼠随机分为对照模型组、对照肠胃清组、对照奥沙利铂组,沉默模型裸小鼠随机分为沉默模型组、沉默肠胃清组、沉默奥沙利铂组,过表达模型裸小鼠随机分为过表达模型组、过表达肠胃清组、过表达奥沙利铂组,每组均为8只.各肠胃清组肠胃清口服液灌胃剂量为35.9625 g/kg,腹腔注射0.2 ml生理盐水;各模型组以0.5 ml生理盐水灌胃,腹腔注射0.2 ml生理盐水;各奥沙利铂组腹腔注射奥沙利铂5 mg/kg(0.2 ml),以0.5 ml生理盐水灌胃,各组均灌胃每日1次,腹腔注射每周3次.给药31天后检测各组皮下瘤瘤重并计算抑瘤率,免疫组化法检测增殖细胞核抗原Ki67表达水平、细胞凋亡水平;实时荧光定量法、Western Blot检测各组皮下瘤组织PTBP3、信号转导及转录活化因子3(STAT3)剪接异构体α(STAT3α)、STAT3剪接异构体β(STAT3β)、B细胞淋巴瘤/白血病2(Bcl-2)剪接异构体α(Bcl-2α)、Bcl-2剪接异构体β(Bcl-2β)的mRNA及蛋白表达.结果 在对照模型、沉默模型和过表达模型中,各肠胃清组和奥沙利铂组皮下瘤瘤重、皮下瘤组织Ki67表达水平均低于各相应模型组,细胞凋亡水平均高于各相应模型组(P<0.05或P<0.01);沉默肠胃清组和过表达肠胃清组皮下瘤组织PTBP3、STAT3α、Bcl-2α的mRNA和蛋白表达水平均低于相应模型组,STAT3β、Bcl-2β的mRNA和蛋白表达水平均高于相应模型组(P<0.05或P<0.01).沉默各组皮下瘤瘤重、皮下瘤组织Ki67表达水平及皮下瘤组织中PTBP3、STAT3α、Bcl-2α的mRNA和蛋白表达水平均低于对照相应各组,细胞凋亡水平及皮下瘤组织STAT3β、Bcl-2β的mRNA和蛋白表达水平均高于对照相应各组;过表达各组皮下瘤瘤重、皮下瘤组织Ki67表达水平及皮下瘤组织中PTBP3、STAT3α、Bcl-2α mRNA和蛋白表达水平均高于对照相应各组,细胞凋亡水平及皮下瘤组织STAT3β、Bcl-2β的mRNA和蛋白表达水平均低于对照相应各组(P<0.05或P<0.01).各奥沙利铂组抑瘤率分别高于各肠胃清组.与对照相应各组比较,沉默相应各组抑瘤率均为正值,过表达相应各组抑瘤率均为负值.结论 PTBP3可促进肠癌细胞增殖、抑制细胞凋亡,上调肠癌细胞中STAT3α、Bcl-2α的表达,下调STAT3β、Bcl-2β的表达;肠胃清治疗大肠癌可能与其可抑制PTBP3,进而调控STAT3α、STAT3β、Bcl-2α、Bcl-2β表达作用相关.
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编辑人员丨2024/6/15
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高脂饮食介导Tau选择性剪接失衡并加重认知功能损伤
编辑人员丨2024/3/2
目的 探讨高脂饮食(High-fat diet,HFD)对认知功能的影响及HFD促进阿尔茨海默病(Alzheimer's Disease,AD)发生的可能机制.方法 将8~10周龄的表达人Tau的转基因(Human Tau,hTau)AD小鼠(性别不限)随机分成2组,给予12周的HFD或正常饮食,通过水迷宫实验及情景恐惧实验评估其学习记忆能力,之后对脑组织进行逆转录-聚合酶链反应以评估Tau病变情况;将8~10周龄的hTau AD小鼠(性别不限)随机分成2组,立体定位注射丝氨酸精氨酸蛋白激酶2 N342A的慢病毒(Lentiviral-green fluorescent pro tein-serine/arginine-rich protein-specific kinase 2 N342A,LV-GFP-SRPK2 N342A)[不被剪切的SRPK2,可下调4个微管结合重复Tau(Four-repeat tauopathies,4R-Tau)]或LV-GFP病毒后连续12周给予HFD,通过水迷宫实验及情景恐惧实验评估其学习记忆能力,后对脑组织进行RT-PCR、免疫荧光染色以评估Tau病变情况.结果 HFD可干扰Tau的选择性剪切,使4R-Tau/3个微管结合重复Tau(Three-repeat tauopathies,3R-Tau)比例升高,从而加重Tau病变、促进认知功能障碍的发生;通过抑制SRPK2的剪切来调节4R-Tau与3R-Tau的比例,可使HFD的hTau AD小鼠认知功能得到改善,Tau病变减轻.结论 HFD可以介导的Tau的选择性剪接失调明显促进认知功能障碍的发生、加重Tau病变.
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编辑人员丨2024/3/2
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基于WES识别中国人群甲状腺乳头状癌新易感基因变异EPB41L4A rs1455421289
编辑人员丨2024/2/3
目的 采用全外显子组测序(WES)结合靶向分析识别中国人群甲状腺乳头状癌(PTC)新的易感基因变异.方法 选取2018-2020年北京医院行手术治疗的PTC患者286例,用于识别PTC候选基因的变异位点.选取2021-2022年北京医院行手术治疗的PTC患者214例,用于验证变异位点的突变频率.采用WES检测所有研究对象外周血白细胞基因组DNA,并采用靶向分析识别全基因组关联研究(GWAS)定位的28个PTC候选基因的蛋白编码区,及其侧翼选择性剪接序列的罕见变异.检测变异携带者癌组织和癌旁组织中变异位点等位基因的表达情况.通过病例-对照关联分析评估变异位点对PTC发生风险的影响.对照人群的基因分型数据分别来自gnomAD数据库、TOPMed数据库、ChinaMAP数据库和HUABIAO数据库.结果 WES结合靶向分析识别出红细胞膜蛋白4.1样4A(EPB41L4A)基因上的2个极罕见错义突变(rs1455421289位点c.163G>C:p.D55H和rs761977647位点c.855G>C:p.W285C),可能潜在影响编码蛋白的功能.在用于识别PTC候选基因变异位点的286例PTC患者中,有3例携带rs1455421289位点c.163G>C:p.D55H变异,1例携带rs761977647位点c.855G>C:p.W285C变异.这2个位点在4个对照人群中的携带频率均<0.05%.在用于计算变异位点突变频率的214例PTC患者中,有1例携带rs1455421289位点c.163G>C:p.D55H变异,未发现rs761977647位点c.855G>C:p.W285C变异.EPB41L4A rs1455421289的突变频率为0.8%(4/500),rs761977647的突变频率为0.2%(1/500).EPB41L4A rs1455421289变异导致突变型mRNA的表达丰度显著高于野生型mRNA(P<0.01).与4个对照人群比较,携带rs1455421289位点c.163G>C:p.D55H变异者PTC发生风险显著升高[比值比(OR)]值分别为40.3、85.4、213.5、541.1,95%可信区间(CI)分别为4.5~361.5、9.5~765.4、57.2~797.2、98.9~2 960.8).结论 基于WES识别出1个新的PTC易感基因变异EPB41L4A rs1455421289,该变异位点携带者PTC的发生风险显著增高.
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编辑人员丨2024/2/3
